genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  272  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82106610--82106780	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
82106605--82106777	46	3.7	46	75	13	192	29	27	20	22	1.99
82107201--82107260	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
82108270--82108315	24	1.9	24	95	0	83	41	17	19	21	1.90
82111908--82111955	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
82111999--82112060	20	3.2	19	86	9	90	32	11	24	32	1.90
82111999--82112055	18	3.1	18	89	5	87	33	12	22	31	1.91
82112105--82112252	24	6.2	24	90	3	219	29	20	20	29	1.98
82112105--82112252	47	3.1	47	87	4	217	29	20	20	29	1.98
82112105--82112252	71	2.1	71	96	0	269	29	20	20	29	1.98
82112462--82112525	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
82118866--82118899	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
82120021--82120068	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
82121666--82121795	28	4.5	28	85	3	134	26	14	26	31	1.95
82121666--82121765	28	3.5	28	91	2	146	24	15	27	34	1.94
82123231--82123294	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
82123235--82123289	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
82123339--82123491	24	6.4	24	86	3	202	28	20	21	30	1.98
82123339--82123491	47	3.2	47	87	5	218	28	20	21	30	1.98
82123339--82123491	71	2.1	71	90	1	234	28	20	21	30	1.98
82123698--82123761	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
82131481--82131745	45	6.0	45	91	2	394	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82132945--82132982	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
82133212--82133382	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
82133207--82133379	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
82140211--82140516	25	12.2	25	94	0	522	47	11	12	28	1.77
82145706--82145903	71	2.8	69	90	3	274	33	17	28	20	1.95
82145740--82145903	71	2.3	71	98	0	319	35	18	28	18	1.94
82147390--82147556	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
82147406--82147556	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
82158618--82158785	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
82164470--82164633	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
82164470--82164667	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
82170866--82170992	45	2.8	46	82	10	154	29	28	20	21	1.98
82171414--82171473	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
82187817--82187841	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
82192087--82192262	46	3.8	46	79	10	205	21	20	28	29	1.98
82192084--82192255	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
82196912--82197098	40	4.7	40	90	2	279	24	21	27	26	1.99
82196912--82197098	80	2.3	81	92	3	308	24	21	27	26	1.99
82198613--82198825	90	2.4	90	79	7	227	27	26	20	25	1.99
82198613--82198871	90	2.8	90	79	9	222	27	27	20	25	1.99
82200533--82200616	40	2.1	40	95	0	150	29	21	5	42	1.76
82203179--82203341	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82209652--82209811	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
82214432--82214594	39	4.2	39	91	0	245	22	19	32	25	1.97
82220500--82220707	40	5.2	40	80	2	211	25	23	27	24	2.00
82222534--82222801	48	5.6	48	83	4	326	27	15	30	26	1.96
82222527--82222801	96	2.9	96	87	2	390	26	16	30	27	1.96
82222535--82222801	144	1.9	144	86	6	389	27	15	29	26	1.96
82229124--82229202	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
82237750--82237783	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
82239647--82239686	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
82241636--82241683	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
82241727--82241785	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
82241731--82241785	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
82241835--82241999	24	7.0	24	91	4	246	29	21	22	26	1.99
82241835--82241999	47	3.5	47	91	4	244	29	21	22	26	1.99
82241835--82242000	71	2.3	70	89	4	244	29	21	22	26	1.99
82242191--82242285	31	3.1	31	92	3	138	36	16	24	22	1.94
82244292--82244331	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
82246366--82246424	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
82246370--82246424	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
82246475--82246641	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
82246475--82246642	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
82246833--82246927	31	3.1	31	92	3	138	36	16	24	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82248193--82248286	48	2.0	48	82	4	118	23	26	22	27	1.99
82248799--82248829	16	1.9	16	93	0	53	19	19	3	58	1.53
82261998--82262319	23	14.0	23	78	6	197	21	14	18	45	1.85
82261994--82262318	46	7.1	46	79	6	282	20	14	18	45	1.85
82261994--82262318	69	4.7	69	77	6	282	20	14	18	45	1.85
82262184--82262345	69	2.4	66	78	12	166	22	14	18	44	1.86
82266678--82266734	19	3.1	19	82	7	64	54	1	1	42	1.21
82266694--82266747	26	2.0	27	85	3	74	51	0	0	48	1.00
82266741--82266788	11	4.5	11	79	10	64	72	2	2	22	1.05
82266739--82266788	21	2.3	22	86	10	68	72	2	2	24	1.06
82277337--82277476	40	3.5	40	92	3	221	24	23	28	23	2.00
82277337--82277539	40	5.1	40	82	3	205	24	22	28	24	2.00
82285342--82285481	40	3.5	40	92	3	221	24	23	28	23	2.00
82285342--82285521	79	2.3	80	82	5	213	26	23	27	22	2.00
82285342--82285544	40	5.1	40	82	3	205	24	22	28	24	2.00
82288065--82288248	40	4.7	40	82	8	216	27	26	21	24	1.99
82288067--82288248	78	2.3	81	83	6	221	26	26	21	24	2.00
82293594--82293723	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
82296427--82296608	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
82296425--82296608	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
82304450--82304631	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
82304448--82304631	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82308411--82308536	43	2.9	43	85	2	164	34	26	13	24	1.93
82319264--82319304	5	8.2	5	94	0	73	0	17	0	82	0.66
82322141--82322183	12	3.6	12	81	6	52	53	0	0	46	1.00
82322138--82322179	22	2.1	19	86	13	57	52	0	0	47	1.00
82333306--82333364	30	1.9	31	86	3	84	42	5	23	28	1.75
82337292--82337463	93	1.8	93	91	0	281	27	28	22	22	1.99
82337283--82337459	46	3.8	46	78	10	198	28	27	21	22	1.99
82337339--82337478	46	3.0	46	72	18	128	30	28	19	22	1.98
82348496--82348637	53	2.6	53	80	6	160	35	19	23	20	1.95
82354755--82354855	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
82354755--82354855	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
82362695--82362824	30	4.4	30	86	8	169	32	13	25	28	1.94
82362695--82362824	58	2.2	58	86	4	172	32	13	25	28	1.94
82364211--82364321	39	2.8	39	93	0	186	18	26	31	23	1.98
82369064--82369174	40	2.8	40	82	9	129	24	27	24	23	2.00
82374166--82374372	53	3.8	53	76	3	198	36	16	25	21	1.94
82381542--82381704	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
82389454--82389615	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
82389462--82389617	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
82391732--82391834	29	3.6	28	77	5	98	26	16	30	27	1.97
82396855--82396886	15	2.0	17	88	11	50	56	18	12	12	1.67
82398485--82398523	11	3.6	11	86	3	53	56	10	0	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82398485--82398528	5	8.4	5	80	9	52	56	9	0	34	1.31
82398485--82398528	11	4.2	10	82	8	52	56	9	0	34	1.31
82400108--82400235	46	2.8	44	79	12	134	28	19	28	23	1.98
82400294--82400464	49	3.5	49	77	4	168	26	19	29	24	1.98
82405640--82405807	40	4.2	40	79	1	158	22	27	24	25	2.00
82411866--82412047	40	4.6	40	79	8	185	24	24	27	23	2.00
82411866--82412047	78	2.3	80	81	6	201	24	24	27	23	2.00
82421663--82421822	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
82426670--82426918	40	6.2	40	85	2	275	25	25	23	25	2.00
82426670--82426918	121	2.1	120	84	5	324	25	25	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770