Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  142  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
41822670--41822867
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
41831457--41831559
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
41833788--41833814
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
41835481--41835647
40
4.2
40
81
2
176
24
27
22
25
2.00
41835497--41835647
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
41836473--41836518
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
41843483--41843649
40
4.2
40
81
2
176
24
27
22
25
2.00
41843499--41843649
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
41844475--41844520
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
41846015--41846136
45
2.7
45
75
2
120
33
27
13
26
1.93
41851442--41851485
20
2.2
20
100
0
88
45
4
15
34
1.67
41851450--41851494
20
2.2
20
88
0
63
53
4
13
28
1.59
41851967--41852143
45
4.0
45
77
7
177
25
16
24
32
1.96
41852796--41852896
51
2.0
51
98
0
193
24
11
38
24
1.89
41854089--41854236
29
5.1
29
80
2
138
27
13
31
27
1.94
41857251--41857304
27
2.0
27
88
0
81
33
37
1
27
1.68
41861094--41861132
8
4.9
8
83
0
51
43
23
23
10
1.84
41861090--41861124
16
2.2
16
94
0
61
51
22
20
5
1.68
41861089--41861135
24
2.0
23
91
4
76
46
23
21
8
1.78
41861090--41861140
8
6.4
8
80
8
50
49
19
21
9
1.77
41861365--41861464
29
3.5
29
80
1
112
28
16
30
26
1.96
41870137--41870275
40
3.5
40
83
2
120
27
23
27
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
41870173--41870301
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
41878115--41878281
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
41881362--41881387
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
41888543--41888708
40
4.2
40
89
6
230
26
27
21
25
1.99
41894594--41894655
31
2.0
31
100
0
124
29
9
12
48
1.73
41898470--41898532
30
2.1
30
87
0
90
31
17
19
31
1.95
41901159--41901197
19
2.1
19
85
9
53
46
2
5
46
1.38
41901225--41901276
27
1.9
27
88
0
77
28
5
9
55
1.55
41902592--41902711
19
6.1
18
78
11
96
58
3
0
38
1.15
41902591--41902708
39
3.0
38
81
16
134
60
3
0
36
1.14
41902592--41902711
29
4.1
30
79
12
133
58
3
0
38
1.15
41902591--41902737
29
5.0
28
76
17
122
58
4
0
36
1.24
41902603--41902882
10
28.2
9
69
19
100
58
5
2
33
1.33
41902804--41902885
29
2.8
28
80
10
85
60
2
2
34
1.23
41903152--41903202
20
2.5
20
90
9
86
62
1
0
35
1.06
41903342--41903433
9
9.4
9
76
16
60
36
1
1
60
1.11
41903333--41903432
29
3.4
29
75
8
105
39
1
1
59
1.11
41903336--41903433
20
4.9
20
72
18
71
39
1
1
58
1.12
41903599--41903723
60
2.1
60
98
0
241
40
4
17
38
1.69
41904569--41904626
18
3.2
17
73
21
55
29
5
5
60
1.40
41908115--41908227
37
3.1
37
100
0
226
38
7
15
37
1.77
41915432--41915532
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
41925087--41925125
20
2.0
20
84
0
51
25
7
15
51
1.70
41927159--41927222
29
2.2
29
83
2
85
31
18
28
21
1.97
41935010--41935073
29
2.2
29
83
2
85
31
18
28
21
1.97
41939717--41940038
69
4.7
69
76
2
261
22
18
20
37
1.94
41939717--41939970
138
1.8
138
81
0
310
22
18
21
37
1.94
41941078--41941113
16
2.2
16
90
0
54
30
25
8
36
1.85
41944113--41944157
18
2.5
18
92
7
74
22
26
28
22
1.99
41950930--41951000
18
3.9
19
74
9
58
40
1
0
57
1.07
41950945--41951000
9
6.2
9
74
14
53
39
1
0
58
1.08
41950938--41950995
17
3.4
17
79
15
66
34
1
0
63
1.04
41950921--41951005
36
2.4
36
86
4
118
44
1
0
54
1.07
41964337--41964392
27
2.1
27
93
0
94
12
19
35
32
1.89
41966724--41966759
17
2.1
18
89
5
56
13
44
22
19
1.86
41966995--41967031
14
2.6
14
95
0
65
35
24
24
16
1.95
41969925--41969986
30
2.1
30
100
0
124
41
12
3
41
1.59
41970231--41970269
18
2.3
16
86
8
51
20
7
2
69
1.26
41970387--41970436
26
1.9
26
91
0
82
50
16
4
30
1.63
41975047--41975114
35
1.9
35
82
5
84
20
17
26
35
1.95
41975064--41975114
17
2.9
18
76
5
50
19
15
29
35
1.93
41975124--41975161
18
2.1
18
85
9
51
23
23
18
34
1.96
41979415--41979446
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
41979952--41979991
21
1.9
21
84
0
53
47
2
20
30
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
41980485--41980526
12
3.5
12
83
0
57
35
26
35
2
1.70
41989255--41989345
28
3.2
28
75
14
80
36
14
18
30
1.91
41989223--41989358
56
2.4
56
81
2
148
36
14
18
30
1.91
41989267--41989345
14
5.6
14
71
11
54
35
13
20
30
1.92
41989289--41989358
14
5.0
14
75
6
61
35
15
18
30
1.92
41989268--41989358
28
3.2
28
76
6
94
35
15
18
30
1.92
41992645--41992774
29
4.6
29
85
2
156
24
30
15
29
1.96
41993257--41993549
143
2.1
142
97
1
552
38
29
10
21
1.87
42000436--42000571
29
4.7
29
86
3
157
24
30
15
29
1.95
42000411--42000570
58
2.8
58
81
0
176
23
33
15
27
1.95
42001054--42001338
133
2.1
135
91
7
443
39
28
9
22
1.85
42002060--42002146
37
2.4
37
80
3
104
27
17
22
32
1.96
42010836--42010984
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
42010877--42010984
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
42014440--42014695
58
4.4
57
77
4
246
32
17
17
32
1.94
42014451--42014695
115
2.1
116
92
0
411
32
18
16
32
1.94
42020098--42020426
164
2.0
164
90
0
523
31
12
16
40
1.85
42039264--42039300
17
2.2
17
100
0
74
56
0
0
43
0.99
42048021--42048078
10
5.5
10
75
16
55
24
1
6
67
1.25
42048021--42048080
11
5.5
11
71
9
52
25
1
6
66
1.25
42048076--42048138
18
3.2
19
80
15
67
41
0
4
53
1.22
42051309--42051441
58
2.3
58
89
2
205
27
18
24
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42054520--42054579
30
2.0
30
83
0
75
28
20
20
31
1.97
42054678--42054783
14
7.6
14
72
19
64
38
13
15
33
1.86
42054672--42054783
28
4.0
28
81
13
133
39
12
15
33
1.85
42054665--42054773
56
1.9
56
90
3
175
39
12
15
32
1.85
42058954--42059123
39
4.4
39
89
0
250
18
34
15
32
1.92
42058992--42059095
20
5.3
20
67
13
72
18
38
14
28
1.90
42059051--42059114
19
3.3
19
71
16
60
14
37
17
31
1.89
42060729--42060849
43
2.9
43
80
7
149
31
15
24
28
1.96
42063665--42063864
43
4.7
43
96
1
366
22
20
34
23
1.97
42063665--42063864
85
2.3
86
96
0
366
22
20
34
23
1.97
42063939--42064019
31
2.5
31
80
4
81
61
18
3
16
1.48
42064265--42064310
21
2.2
21
84
0
56
2
50
19
28
1.60
42069955--42070180
9
24.6
9
75
9
143
38
0
12
47
1.48
42069955--42070180
18
12.3
18
76
9
161
38
0
12
47
1.48
42070008--42070180
27
6.2
27
77
10
159
38
1
13
46
1.50
42069931--42070152
114
1.9
114
86
3
313
38
0
12
47
1.48
42070285--42070340
15
3.8
15
78
21
73
53
0
0
46
1.00
42070516--42070583
24
2.8
24
86
8
102
45
7
19
27
1.76
42070671--42071587
371
2.5
370
96
2
1694
38
10
14
36
1.81
42074655--42074786
59
2.3
58
84
4
158
25
31
15
27
1.96
42074704--42074786
29
2.9
29
100
0
166
26
28
14
30
1.95
42079406--42079440
15
2.3
15
95
0
61
34
8
0
57
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42079857--42079907
18
2.8
18
85
8
68
49
1
3
45
1.32
42080196--42080467
41
6.6
41
90
1
402
29
29
18
23
1.98
42083354--42083389
6
5.8
6
90
3
54
80
13
5
0
0.88
42092118--42092162
16
2.8
17
83
6
58
46
20
17
15
1.84
42092477--42092551
16
4.6
17
72
11
50
56
0
2
41
1.13
42093032--42093069
15
2.4
17
86
8
53
50
0
10
39
1.37
42093207--42093247
18
2.2
18
86
4
55
48
4
0
46
1.23
42100004--42100061
21
2.9
19
77
15
55
58
10
0
31
1.31
42101056--42101099
22
2.0
23
86
4
63
47
0
0
52
1.00
42102360--42102433
37
2.0
37
100
0
148
40
13
10
35
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770