genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.719.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  719  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227342486--227342697	80	2.7	80	89	2	320	23	21	28	26	1.99
227350208--227350379	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
227350200--227350375	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
227352760--227352848	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
227352760--227352839	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
227352771--227352848	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
227355800--227355971	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
227355792--227355967	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
227358903--227359110	79	2.7	79	88	3	305	24	19	28	27	1.99
227358906--227359110	39	5.2	40	88	4	285	23	20	29	27	1.99
227381297--227381325	14	2.1	14	100	0	58	34	24	13	27	1.93
227386518--227386587	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
227389004--227389147	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
227389041--227389170	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
227397089--227397218	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
227397053--227397218	80	2.1	78	81	8	194	25	24	27	22	2.00
227405826--227405895	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
227409964--227410212	40	6.2	40	89	2	376	25	24	28	21	1.99
227409964--227410212	79	3.1	79	91	2	374	25	24	28	21	1.99
227418131--227418380	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
227423165--227423343	40	4.5	40	77	7	161	24	26	22	26	2.00
227432335--227432487	40	3.8	40	90	2	220	24	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227433754--227433794	21	2.0	21	85	9	57	36	26	2	34	1.70
227433765--227433804	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
227436045--227436143	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
227444015--227444113	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
227452030--227452128	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
227459000--227459150	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
227459037--227459166	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
227467001--227467130	40	3.2	40	76	10	106	27	22	26	23	2.00
227468803--227468918	43	2.7	43	82	4	137	21	16	31	31	1.95
227469669--227469712	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
227473575--227473618	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
227480301--227480452	40	3.8	40	80	5	155	24	23	27	25	2.00
227485026--227485155	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
227490598--227490746	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
227490639--227490746	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
227498687--227498835	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
227498728--227498835	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
227504509--227504609	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
227512442--227512542	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
227519530--227519608	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
227523522--227523587	28	2.3	28	89	7	98	30	24	13	31	1.94
227526550--227526645	29	3.4	29	92	5	153	31	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227531737--227531806	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
227539660--227539729	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
227545377--227545475	28	3.5	29	94	5	168	28	12	27	32	1.92
227548342--227548490	79	1.9	79	87	2	219	25	20	9	44	1.81
227548263--227548500	27	8.9	27	83	7	227	28	22	7	41	1.81
227548478--227548639	27	6.1	27	68	16	79	39	20	8	30	1.83
227548316--227548512	106	1.9	106	82	2	252	27	20	8	42	1.81
227549908--227549955	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
227550003--227550056	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
227549998--227550056	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
227550105--227550270	24	7.0	24	92	4	248	28	22	22	26	1.99
227550105--227550271	70	2.3	70	89	5	246	28	22	22	26	1.99
227550461--227550524	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
227553221--227553301	27	3.0	27	81	5	92	39	18	8	33	1.81
227553230--227553347	27	4.4	27	75	7	98	39	21	8	30	1.83
227553312--227553570	80	3.2	80	77	5	236	30	20	7	41	1.80
227553332--227553560	27	8.6	27	85	3	250	28	18	8	44	1.79
227553324--227553560	107	2.2	107	81	3	271	28	19	8	43	1.79
227553511--227553703	27	7.1	27	73	11	92	38	18	8	34	1.81
227553552--227553628	26	2.9	26	79	9	93	42	19	6	31	1.76
227553765--227553829	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
227553783--227553839	27	2.1	27	83	6	71	31	24	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227555066--227555124	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
227555175--227555315	24	6.0	24	90	5	207	27	22	22	26	1.99
227555176--227555315	47	3.0	47	91	5	212	27	22	22	27	1.99
227555505--227555582	30	2.5	31	93	2	131	43	11	19	25	1.84
227557620--227557786	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
227565589--227565755	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
227569075--227569117	17	2.4	19	92	7	72	0	32	0	67	0.91
227569395--227569432	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
227573086--227573185	28	3.5	28	83	5	94	30	15	27	28	1.96
227580954--227581054	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
227580983--227581058	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
227583821--227583950	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
227583821--227583984	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
227591870--227591999	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
227591870--227592033	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
227593674--227593698	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
227596631--227596729	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
227604308--227604406	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
227605960--227606143	40	4.6	39	81	5	194	24	20	28	26	1.99
227605960--227606137	78	2.2	80	83	6	220	24	21	28	25	1.99
227614108--227614293	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
227614161--227614316	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227615795--227615870	24	3.2	24	88	3	118	23	42	2	31	1.68
227620155--227620261	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
227624012--227624143	29	4.6	29	82	0	147	24	33	15	26	1.95
227631927--227632027	29	3.6	29	86	5	143	24	32	15	26	1.96
227636200--227636353	28	5.5	28	73	4	139	28	35	19	16	1.94
227636170--227636354	57	3.2	57	89	3	273	28	36	17	17	1.93
227638331--227638437	28	3.8	28	91	0	160	28	24	10	36	1.88
227643035--227643172	40	3.5	40	83	4	147	24	24	28	21	1.99
227642983--227643163	78	2.3	79	81	7	199	23	24	28	23	2.00
227651635--227651704	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
227651636--227651744	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
227659478--227659547	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
227659479--227659587	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
227662115--227662304	40	4.8	40	76	7	129	24	24	27	23	2.00
227662114--227662295	78	2.3	80	79	6	192	24	24	26	23	2.00
227665680--227665747	25	2.7	25	83	2	82	60	2	8	27	1.41
227665680--227665751	26	2.8	25	87	4	90	56	2	9	30	1.46
227667070--227667122	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
227668604--227668687	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
227671333--227671397	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
227671590--227671631	17	2.6	16	78	17	50	78	0	16	4	0.91
227674306--227674439	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227674306--227674439	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
227680139--227680272	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
227680139--227680272	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
227685972--227686105	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
227685972--227686105	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
227686563--227686605	22	2.0	22	86	9	61	37	0	18	44	1.50
227690078--227690229	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
227698132--227698232	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
227698132--227698282	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
227698128--227698299	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770