genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.664.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  664  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208703213--208703434	72	3.0	72	80	11	241	31	16	18	32	1.94
208703298--208703438	72	2.0	72	97	0	264	33	14	18	33	1.92
208703392--208703487	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
208703320--208703559	121	2.0	121	94	0	426	30	16	18	34	1.93
208703441--208703787	76	4.6	74	84	7	450	31	15	19	33	1.93
208703441--208703787	150	2.3	148	87	4	484	31	15	19	33	1.93
208703792--208704127	88	4.1	78	74	12	208	27	17	19	35	1.94
208703980--208704015	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
208703924--208704085	88	1.8	88	86	2	236	26	17	19	35	1.94
208704109--208704169	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
208703792--208704338	253	2.2	247	85	5	721	27	17	18	36	1.93
208704991--208705053	29	2.2	29	88	8	101	77	14	3	4	1.05
208704989--208705045	17	3.7	16	71	23	59	73	19	3	3	1.12
208707597--208707632	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
208716024--208716141	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
208715992--208716155	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
208723596--208723713	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
208723564--208723727	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
208728626--208728809	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
208728666--208728854	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
208731362--208731422	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
208735265--208735313	20	2.5	19	83	9	55	42	0	20	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208736068--208736235	49	3.5	48	79	7	162	28	20	27	23	1.99
208739287--208739588	46	6.5	46	73	13	169	28	17	28	25	1.98
208741132--208741280	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
208741173--208741280	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
208744855--208744969	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
208744855--208744988	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
208752217--208752331	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
208752217--208752350	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
208756478--208756585	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
208761228--208761378	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
208768733--208768883	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
208772781--208772888	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
208773980--208774162	39	4.7	40	75	8	162	25	24	26	22	2.00
208774317--208774380	29	2.2	29	94	2	112	25	28	17	29	1.97
208775549--208775605	25	2.3	24	84	6	69	7	15	1	75	1.10
208782204--208782276	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
208783448--208783504	25	2.3	24	84	6	69	7	15	1	75	1.10
208788538--208788736	39	5.1	39	85	0	218	24	30	21	24	1.99
208791129--208791208	27	3.0	27	80	9	83	47	16	3	32	1.64
208796721--208796852	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
208796721--208796852	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
208807225--208807408	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208807265--208807453	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
208811857--208812008	39	3.9	39	93	0	250	23	21	31	23	1.98
208817072--208817376	49	6.3	49	94	0	483	31	7	30	30	1.85
208822943--208823166	48	4.8	48	75	7	208	27	25	20	26	1.99
208825959--208826185	81	2.8	81	86	2	305	25	18	24	32	1.97
208825959--208826185	41	5.6	41	80	8	243	25	18	24	32	1.97
208836044--208836293	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
208844219--208844428	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
208849348--208849498	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
208849385--208849514	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
208855544--208855753	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
208865838--208866022	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
208865831--208866022	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
208873868--208874052	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
208873861--208874052	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
208881907--208882091	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
208881900--208882091	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
208892043--208892229	40	4.8	40	85	3	211	26	22	26	24	2.00
208896343--208896444	39	2.6	39	85	1	141	25	22	29	22	1.99
208896344--208896482	40	3.5	39	85	4	165	24	23	29	23	1.99
208904738--208904810	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
208909825--208909988	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208909825--208910022	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
208916871--208917033	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
208916871--208917067	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
208922072--208922142	29	2.6	27	90	4	106	26	30	15	26	1.96
208926241--208926354	39	2.9	38	88	3	156	24	27	21	26	2.00
208926210--208926392	40	4.6	40	82	4	181	23	26	22	27	1.99
208934275--208934388	39	2.9	38	88	3	156	24	27	21	26	2.00
208934244--208934387	40	3.7	37	84	5	144	24	27	22	25	2.00
208934249--208934425	39	4.5	40	82	4	153	24	25	22	27	1.99
208938448--208938517	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
208939388--208939485	27	3.6	27	81	13	110	34	9	17	38	1.81
208939475--208939601	27	4.7	26	80	4	146	29	8	22	40	1.83
208939385--208939554	54	3.1	54	81	5	166	34	10	17	38	1.83
208939450--208939601	54	2.8	52	83	5	169	29	7	21	41	1.81
208939623--208939720	27	3.7	27	86	4	103	39	8	20	31	1.82
208939637--208939716	27	3.0	27	90	3	126	41	5	21	32	1.74
208939623--208939749	54	2.4	53	75	11	123	37	8	22	32	1.84
208940442--208940470	12	2.4	12	100	0	58	24	31	27	17	1.97
208941796--208941878	38	2.2	39	86	6	116	37	16	31	14	1.89
208941886--208941963	39	2.0	39	84	0	102	34	17	30	16	1.93
208944305--208944383	28	2.8	28	88	0	113	30	26	11	31	1.91
208944415--208944502	41	2.2	41	85	6	117	35	27	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208962745--208962774	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
208962931--208962982	23	2.3	23	82	0	59	32	3	0	63	1.12
208962962--208962989	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
208963016--208963053	20	1.9	20	88	0	58	34	0	2	63	1.09
208979034--208979163	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
208981961--208982090	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
208987251--208987464	49	4.4	49	95	1	367	28	9	32	29	1.88
208987251--208987469	97	2.2	98	91	0	368	29	9	31	29	1.88
208987566--208987650	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
208989692--208989842	29	5.3	29	96	2	263	25	16	33	24	1.96
208990325--208990423	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
208993145--208993454	48	6.4	49	95	2	536	27	9	33	30	1.88
208993145--208993454	97	3.2	98	95	1	545	27	9	33	30	1.88
208993145--208993467	145	2.2	146	90	3	510	28	8	32	30	1.87
208993556--208993640	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
209001364--209001535	43	4.0	44	78	7	183	25	16	24	33	1.96
209002878--209003021	28	5.2	28	88	1	211	34	21	25	18	1.96
209005820--209005930	40	2.8	39	83	9	127	21	28	25	24	1.99
209005820--209005968	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
209016636--209016771	47	3.0	43	77	14	132	29	27	19	22	1.98
209017180--209017239	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
209024659--209024717	29	2.0	30	83	3	75	30	23	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209031187--209031338	40	3.8	40	81	4	171	24	23	26	25	2.00
209031188--209031338	80	1.9	81	83	4	198	24	23	27	24	2.00
209031224--209031380	80	2.0	80	79	2	172	28	23	24	23	2.00
209034736--209034800	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
209042477--209042655	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
209042477--209042669	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
209042598--209042681	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
209047784--209047956	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
209050868--209050936	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
209050859--209050946	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770