genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.581.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  581  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181264937--181265079	24	6.0	23	85	10	191	25	23	21	28	1.99
181264938--181265078	47	3.0	46	88	8	187	26	24	21	27	1.99
181265130--181265189	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
181265130--181265184	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
181265232--181265279	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
181265331--181266474	571	2.0	571	99	0	2252	27	26	15	30	1.96
181273571--181273668	38	3.0	32	78	20	112	24	22	16	36	1.94
181273549--181273654	38	2.8	38	92	1	178	23	22	15	38	1.92
181273885--181273961	20	3.7	20	77	13	75	27	23	24	24	2.00
181273879--181273971	21	4.2	22	77	17	104	25	23	21	29	1.99
181274022--181274081	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
181283425--181283597	45	3.8	46	77	17	189	21	21	28	27	1.99
181291861--181291933	27	2.7	27	93	0	128	36	13	15	34	1.86
181291926--181292134	27	7.7	27	81	10	203	39	18	16	26	1.91
181291993--181292152	80	2.0	81	85	1	214	39	16	16	27	1.90
181291947--181292133	54	3.5	54	83	5	227	39	18	17	25	1.91
181291993--181292152	27	6.0	27	85	4	144	39	16	16	27	1.90
181298441--181298711	49	5.6	49	98	0	526	34	9	26	29	1.88
181298441--181298711	97	2.8	98	98	0	526	34	9	26	29	1.88
181298441--181298711	146	1.8	146	98	0	524	34	9	26	29	1.88
181298760--181298846	37	2.3	36	92	5	138	19	19	34	26	1.96
181302313--181302425	40	2.8	40	85	1	138	26	31	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181305727--181305798	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
181315955--181316138	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
181315995--181316183	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
181324056--181324239	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
181324096--181324284	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
181330123--181330342	110	2.0	109	94	0	386	29	15	17	38	1.90
181344240--181344415	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
181344237--181344408	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
181350572--181350710	33	4.0	34	79	17	160	25	20	28	25	1.99
181350550--181350780	36	6.2	39	78	13	254	25	22	29	22	1.99
181354403--181354610	40	5.2	40	90	1	303	26	28	21	23	1.99
181362605--181362812	40	5.2	40	90	1	303	26	28	21	23	1.99
181367000--181367103	40	2.6	40	83	6	122	33	25	15	25	1.95
181369517--181369642	42	3.0	42	77	7	130	30	18	23	26	1.97
181371943--181372261	49	6.7	47	76	10	249	27	19	28	23	1.99
181373022--181373206	55	3.4	54	88	4	246	25	20	27	27	1.99
181381212--181381415	39	5.2	40	97	1	360	22	22	28	26	1.99
181381200--181381415	79	2.7	79	94	2	364	23	22	28	26	1.99
181389279--181389488	38	5.5	39	90	6	306	23	22	26	26	2.00
181389279--181389488	77	2.7	78	90	7	324	23	22	26	26	2.00
181392151--181392239	27	3.2	28	88	4	126	30	13	28	28	1.94
181393410--181393462	18	3.0	18	77	2	54	43	5	16	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181396285--181396362	35	2.3	32	85	10	102	21	23	26	28	1.99
181396297--181396363	33	2.0	34	88	5	100	22	23	25	28	1.99
181398640--181398740	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
181406599--181406670	28	2.5	28	91	6	110	29	26	13	30	1.94
181412123--181412163	20	2.0	20	100	0	82	29	17	19	34	1.94
181416335--181416473	43	3.2	43	87	2	190	25	15	26	31	1.96
181416432--181416609	56	3.2	56	87	0	257	28	14	24	33	1.94
181420287--181420416	29	4.5	29	86	6	156	32	14	26	26	1.95
181428215--181428373	28	5.5	30	86	6	193	32	14	25	27	1.95
181428215--181428373	58	2.8	57	86	6	205	32	14	25	27	1.95
181431745--181431920	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
181431741--181431912	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
181440554--181440656	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
181447276--181447378	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
181455211--181455313	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
181463067--181463168	29	3.6	29	90	1	152	24	32	15	27	1.96
181469437--181469484	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
181469528--181469586	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
181469636--181469707	24	3.0	24	83	6	92	27	20	25	26	1.99
181469899--181470059	37	4.4	38	81	14	214	38	17	22	21	1.93
181469899--181470036	68	2.0	68	95	2	251	39	15	21	23	1.91
181477760--181477807	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
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181477851--181477909	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
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181478223--181478385	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
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181478223--181478362	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
181485851--181485980	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
181485867--181486017	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
181485851--181486017	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
181489023--181489070	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
181489114--181489172	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
181489223--181489317	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
181489224--181489317	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
181489509--181489671	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
181489533--181489648	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
181489509--181489648	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
181496989--181497036	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
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181497190--181497283	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
181497475--181497637	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
181497499--181497614	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
181497475--181497614	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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181519006--181519054	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
181519912--181520020	38	2.8	37	83	8	128	22	22	30	24	1.99
181519872--181520036	40	4.2	40	78	9	162	25	21	27	24	1.99
181521895--181521946	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
181521962--181522023	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
181526463--181526583	46	2.6	45	83	8	138	28	19	28	23	1.98
181526409--181526674	47	5.7	46	76	10	195	27	18	29	24	1.98
181544130--181544305	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
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181553464--181553669	79	2.6	80	88	3	310	27	28	21	22	1.99
181555812--181555926	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
181555837--181555926	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
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181557156--181557188	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
181563177--181563215	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
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181563677--181563767	28	3.3	27	86	7	121	32	23	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181563677--181563767	27	3.3	27	84	7	112	32	23	24	19	1.97
181563871--181563935	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
181570551--181570653	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
181573330--181573510	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
181573332--181573502	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
181576199--181576361	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
181583266--181583429	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
181597752--181597800	21	2.3	21	85	0	62	26	8	18	46	1.76
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181603193--181603217	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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