genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.514.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  514  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159438878--159439085	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
159438904--159439085	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
159442179--159442365	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
159442179--159442332	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
159442183--159442365	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
159442183--159442400	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
159455315--159455471	30	5.5	29	88	7	214	25	24	14	35	1.94
159455315--159455442	58	2.3	55	91	6	204	24	24	14	36	1.93
159455315--159455471	85	1.8	86	90	1	253	25	24	14	35	1.94
159463152--159463283	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
159463152--159463283	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
159465226--159465260	17	2.1	17	88	0	52	0	17	0	82	0.66
159465228--159465264	10	3.6	10	92	3	56	0	16	0	83	0.64
159476623--159476766	42	3.4	43	71	6	132	31	22	18	27	1.97
159476652--159476799	43	3.5	43	74	9	149	29	24	18	27	1.98
159476623--159476822	85	2.4	85	88	0	292	32	23	18	26	1.97
159483549--159483712	40	4.2	40	84	5	217	21	22	28	26	1.99
159487727--159487856	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
159487743--159487893	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
159487727--159487893	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
159495692--159495780	40	2.2	40	84	4	117	24	26	24	23	2.00
159495785--159495810	13	2.0	13	100	0	52	23	30	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159500541--159500724	40	4.6	40	78	4	140	22	24	29	23	1.99
159505767--159506041	39	7.1	39	92	0	444	23	28	25	22	1.99
159505759--159506041	116	2.4	117	92	1	462	23	27	25	23	2.00
159510428--159510458	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
159518664--159518747	42	2.0	42	100	0	168	50	11	9	28	1.70
159523635--159523734	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
159524576--159524600	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
159534043--159534090	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
159534134--159534192	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
159534243--159534361	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
159534243--159534361	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
159534553--159534654	31	3.1	31	78	17	123	39	15	21	23	1.92
159534570--159534677	38	2.8	38	94	1	189	39	14	22	23	1.91
159542347--159542394	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
159542438--159542496	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
159542548--159542591	22	2.0	22	100	0	88	27	22	22	27	1.99
159542548--159542626	28	3.0	28	82	13	82	30	18	24	26	1.98
159542836--159542936	38	3.1	31	80	19	132	38	15	21	23	1.92
159542853--159542959	38	2.8	38	94	1	187	39	14	22	23	1.91
159549045--159549252	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
159549045--159549251	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
159556959--159557163	40	5.2	39	81	4	200	25	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159559019--159559099	24	3.4	24	91	5	128	28	22	20	28	1.99
159559019--159559098	23	3.3	23	91	6	124	28	22	21	27	1.99
159559149--159559215	20	3.3	20	91	0	107	32	20	10	35	1.87
159566828--159566891	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
159573128--159573165	19	2.0	19	85	10	51	60	0	10	28	1.30
159573904--159574074	41	4.2	41	86	0	198	19	26	15	38	1.92
159576316--159576348	8	4.2	8	92	7	50	30	0	0	69	0.88
159580109--159580237	40	3.2	40	78	3	145	24	23	27	24	2.00
159588702--159588802	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
159592595--159592712	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
159592563--159592726	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
159600170--159600287	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
159600138--159600301	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
159607147--159607394	40	6.2	40	82	4	142	24	26	22	26	2.00
159607173--159607390	80	2.7	79	83	2	256	24	26	22	26	2.00
159609236--159609347	40	2.8	40	79	6	118	31	12	24	32	1.92
159609277--159609391	44	2.8	41	74	11	101	28	13	24	33	1.93
159613567--159613692	5	25.4	5	73	13	109	38	3	19	39	1.67
159615525--159615614	20	4.5	20	66	20	53	11	27	20	41	1.86
159615524--159615585	20	3.2	19	72	20	56	8	32	20	38	1.82
159615532--159615707	60	2.9	60	83	0	217	11	28	19	39	1.87
159615639--159615707	20	3.5	19	75	15	68	8	30	23	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159619826--159619866	22	1.9	22	90	5	66	39	17	7	36	1.77
159621282--159621393	44	2.6	44	78	12	122	30	29	17	22	1.97
159627378--159627544	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
159635380--159635546	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
159642953--159643120	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
159646703--159646987	40	7.2	40	84	9	282	26	26	21	25	1.99
159646703--159646987	80	3.6	80	85	7	325	26	26	21	25	1.99
159649644--159650132	244	2.0	244	98	0	951	28	23	19	28	1.98
159655710--159655867	47	3.4	47	81	3	167	44	13	10	31	1.77
159655739--159655864	46	2.7	45	83	4	135	46	13	9	30	1.75
159658329--159658418	28	3.2	28	78	6	101	30	23	13	33	1.93
159658476--159658638	57	2.9	57	82	0	173	26	23	17	31	1.97
159658550--159658640	29	3.2	29	71	14	89	25	24	21	28	1.99
159663869--159663898	15	1.9	16	93	6	53	20	3	26	50	1.64
159663869--159663901	8	4.1	8	88	11	50	21	3	24	51	1.62
159670161--159670368	40	5.2	40	89	1	303	23	21	28	27	1.99
159673628--159673799	40	4.3	40	77	4	141	22	23	29	23	1.99
159681398--159681603	39	5.2	39	73	9	132	22	23	29	24	1.99
159685368--159685516	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
159685409--159685516	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
159693485--159693633	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
159693526--159693633	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159704341--159704463	20	6.1	20	76	11	108	37	21	30	10	1.87
159709828--159710011	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
159709868--159710056	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
159717936--159718119	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
159717976--159718164	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
159720814--159720940	37	3.4	37	96	2	229	25	33	18	23	1.97
159720980--159721131	48	3.2	48	96	0	277	31	28	5	34	1.81
159721123--159721407	49	5.9	49	94	1	470	29	27	9	34	1.88
159721123--159721409	96	3.0	96	91	4	479	29	27	9	33	1.88
159728652--159728699	15	3.3	15	77	13	55	68	0	4	27	1.07
159728652--159728686	16	2.3	15	90	5	52	74	0	2	22	0.95
159731096--159731270	39	4.5	38	78	12	124	26	22	26	24	2.00
159739119--159739289	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
159746242--159746340	27	3.6	27	80	1	90	23	18	20	38	1.93
159749454--159749721	63	4.3	62	78	8	249	39	8	21	30	1.84
159749623--159749743	63	1.9	63	86	0	170	42	7	21	28	1.80
159766490--159766681	39	4.8	40	90	5	266	26	21	26	25	2.00
159766500--159766745	40	6.2	40	86	4	277	26	21	26	25	2.00
159774623--159774844	40	5.6	40	83	6	229	26	21	26	25	1.99
159777797--159777968	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
159777789--159777964	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
159780347--159780435	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159780347--159780426	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
159780358--159780435	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
159783384--159783555	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
159783376--159783551	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
159788046--159788080	12	2.8	12	95	4	61	77	5	8	8	1.13
159790168--159790236	17	4.2	15	71	21	50	75	1	15	7	1.09
159795277--159795359	30	2.8	30	77	0	103	26	15	28	28	1.96
159797298--159797547	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
159805474--159805723	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
159811858--159811940	30	2.8	30	73	0	85	27	16	27	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770