Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  90  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26386867--26386923
25
2.3
24
82
11
71
61
1
1
35
1.17
26386868--26387159
28
10.5
28
68
18
128
60
2
6
31
1.32
26391587--26391615
3
9.7
3
100
0
58
0
0
65
34
0.93
26392967--26393006
17
2.3
18
86
4
55
5
0
10
85
0.75
26398807--26398853
19
2.5
19
77
16
53
40
10
2
46
1.50
26407484--26407547
31
2.1
31
81
16
73
62
0
1
35
1.05
26407493--26407549
17
3.5
17
76
11
57
63
0
1
35
1.05
26408033--26408130
18
5.5
18
86
4
137
36
12
11
39
1.78
26408033--26408139
35
3.0
35
93
4
169
37
13
10
39
1.78
26411290--26411339
15
3.4
15
81
8
59
72
0
0
28
0.86
26412156--26412185
13
2.2
13
94
5
51
63
6
0
30
1.20
26412432--26412833
114
3.5
114
89
2
576
31
20
20
27
1.97
26413264--26413298
15
2.3
15
90
0
52
20
0
37
42
1.52
26413282--26413323
21
2.0
21
85
0
57
19
0
30
50
1.48
26413350--26413376
14
1.9
14
100
0
54
14
0
44
40
1.46
26413653--26413696
14
3.1
14
90
0
70
11
0
38
50
1.39
26413658--26413704
14
3.4
13
83
13
58
14
0
38
46
1.45
26413800--26413881
7
11.6
7
73
2
74
17
3
35
43
1.66
26418320--26418447
9
13.6
9
73
9
103
47
20
0
31
1.56
26418320--26418414
39
2.5
39
84
5
133
48
18
0
32
1.49
26418331--26418423
48
1.9
48
84
0
123
46
21
0
32
1.52
26423993--26424033
21
2.0
21
95
0
73
21
17
58
2
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26424329--26424441
43
2.6
43
84
5
156
25
17
25
30
1.97
26424821--26424859
19
2.1
18
85
4
51
46
5
7
41
1.55
26428298--26428630
131
2.6
131
83
5
392
35
20
17
27
1.95
26430863--26431662
87
9.1
87
82
4
696
23
24
18
33
1.97
26431410--26431545
44
3.1
43
68
16
118
22
24
18
35
1.96
26431437--26431573
44
3.1
44
68
12
118
23
24
16
35
1.95
26431727--26431850
64
1.9
64
88
0
185
37
17
16
27
1.92
26443208--26443540
131
2.6
131
83
6
394
35
20
16
27
1.94
26443745--26443806
27
2.3
27
83
8
74
54
14
6
24
1.63
26444908--26444977
35
2.0
35
97
0
131
27
20
12
40
1.88
26445310--26445349
18
2.2
18
100
0
80
20
5
30
45
1.72
26447100--26447366
54
4.9
54
78
9
168
40
14
15
29
1.88
26447100--26447366
108
2.5
108
81
3
288
40
14
15
29
1.88
26447475--26447505
12
2.5
13
94
5
55
58
0
12
29
1.35
26447863--26447895
16
2.0
17
88
5
50
45
0
6
48
1.27
26447929--26447989
22
2.8
22
78
9
70
44
0
1
54
1.10
26455072--26455135
2
32.0
2
100
0
128
50
0
0
50
1.00
26455772--26455843
34
2.1
34
87
5
101
25
12
13
48
1.78
26460830--26460871
10
4.0
10
88
11
66
23
0
0
76
0.79
26460828--26460872
22
2.0
22
100
0
90
28
0
0
71
0.87
26460833--26460875
11
3.8
11
79
14
52
23
0
0
76
0.78
26464250--26464285
3
12.0
3
100
0
72
33
0
0
66
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26475747--26475806
3
20.3
3
93
3
104
70
0
0
30
0.88
26476695--26476932
44
5.3
44
72
13
166
36
22
22
18
1.95
26478657--26478684
5
5.6
5
100
0
56
21
0
0
78
0.75
26478921--26478953
11
3.3
10
91
8
50
18
0
0
81
0.68
26478970--26479032
3
21.0
3
100
0
126
33
0
0
66
0.92
26483471--26483506
12
3.0
12
88
11
56
77
0
5
16
0.94
26483473--26483505
6
5.5
6
89
10
50
81
0
3
15
0.80
26485164--26485743
3
191.7
3
72
13
329
61
2
6
29
1.32
26485149--26485208
17
3.6
17
85
10
72
66
0
8
25
1.19
26485485--26485576
17
5.7
15
71
14
51
69
2
4
23
1.17
26485291--26485708
35
12.4
33
71
11
152
63
2
5
27
1.30
26486686--26486723
19
1.9
19
89
5
58
2
15
13
68
1.32
26488332--26488604
136
2.0
136
97
0
510
32
25
17
24
1.97
26490387--26490495
26
4.2
26
96
1
184
36
24
4
33
1.76
26494241--26494524
135
2.1
136
97
0
543
31
25
18
24
1.97
26496308--26496417
26
4.2
26
95
2
177
36
24
4
34
1.76
26500539--26500579
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
26513124--26513185
25
2.5
25
76
10
63
53
1
4
40
1.32
26515266--26515473
40
5.2
40
89
0
283
23
21
28
26
1.99
26516454--26516557
50
2.1
50
94
0
181
50
17
24
7
1.71
26516836--26517049
43
5.0
43
78
7
179
26
17
24
31
1.97
26516857--26517049
86
2.2
86
81
0
224
25
17
24
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26516975--26517092
43
2.8
43
84
5
134
27
21
21
29
1.98
26519603--26519646
2
22.0
2
100
0
88
50
0
0
50
1.00
26520329--26520405
22
3.4
22
67
10
64
27
28
11
32
1.92
26520301--26520549
47
5.3
47
94
0
390
28
30
9
31
1.88
26520351--26520523
25
7.3
25
66
18
100
30
30
8
30
1.87
26520526--26520658
48
2.8
48
95
0
239
28
27
9
34
1.87
26524168--26524510
43
8.0
43
95
0
596
32
30
22
13
1.93
26524513--26524715
40
5.1
40
82
5
167
23
27
24
24
2.00
26524513--26524711
80
2.5
81
82
3
222
23
27
24
24
2.00
26524558--26524711
40
3.8
42
81
8
174
24
25
25
24
2.00
26525972--26526013
2
21.0
2
100
0
84
50
0
0
50
1.00
26526668--26526868
47
4.3
47
91
0
276
29
28
8
32
1.88
26526743--26526865
22
5.3
22
67
18
79
28
29
11
30
1.92
26526765--26526843
25
3.3
25
71
16
85
34
30
6
29
1.82
26526846--26526975
48
2.7
48
97
0
242
28
26
9
35
1.87
26535091--26535143
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
26536629--26536712
26
3.2
26
94
0
141
35
25
4
34
1.77
26537644--26537683
21
1.9
21
89
0
62
12
35
25
27
1.92
26538793--26538843
18
2.8
18
74
14
50
66
5
3
23
1.30
26539233--26539305
35
2.1
35
94
0
128
43
13
8
34
1.74
26540749--26540799
22
2.3
22
83
10
59
13
1
7
76
1.09
26540762--26540793
16
2.0
16
93
0
55
9
0
9
81
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26542291--26542325
18
1.9
18
94
0
61
48
0
8
42
1.33
26542470--26542614
3
48.0
3
71
14
68
60
3
7
28
1.41
26542469--26542526
22
2.6
22
83
8
82
60
1
8
29
1.36
26542470--26542526
25
2.3
25
82
11
73
61
1
7
29
1.32
26542537--26542614
30
2.6
29
81
15
88
58
3
6
30
1.41
26542606--26542659
26
2.1
26
82
0
63
62
3
1
31
1.23
26542622--26542646
6
4.2
6
100
0
50
68
0
0
32
0.90
26542622--26542676
14
4.0
14
84
9
51
63
0
7
29
1.21
26543542--26543616
3
25.0
3
100
0
150
66
0
0
33
0.92
26544375--26545079
89
7.8
89
72
11
445
27
21
19
31
1.97
26544349--26545076
224
3.2
224
80
6
737
27
21
19
31
1.97
26544521--26544846
179
1.8
174
89
4
510
27
21
19
30
1.98
26544349--26545079
45
16.3
45
72
9
357
27
21
19
31
1.97
26545475--26545623
46
3.2
46
84
0
199
23
25
16
34
1.95
26546048--26546151
53
2.0
53
92
3
174
51
8
18
21
1.72
26546486--26546534
13
3.9
12
82
10
62
0
20
0
79
0.73
26546490--26546536
19
2.6
19
78
21
57
0
19
0
80
0.70
26551952--26552008
21
2.8
21
78
7
64
61
1
10
26
1.38
26552048--26552211
3
54.0
3
71
17
81
60
3
7
29
1.39
26552057--26552125
22
3.1
22
82
17
81
62
1
8
27
1.33
26552210--26552234
6
4.2
6
100
0
50
68
0
16
16
1.22
26552203--26552262
14
4.4
14
79
12
52
63
1
11
23
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26552202--26552258
26
2.2
26
78
6
62
63
1
10
24
1.36
26560345--26560491
70
2.1
70
85
2
197
25
21
23
29
1.99
26560379--26560557
70
2.6
70
87
0
241
24
20
24
31
1.98
26560436--26560557
36
3.4
36
70
20
112
23
20
23
31
1.98
26564998--26565039
18
2.3
19
95
4
77
45
4
0
50
1.23
26571637--26571684
24
1.9
24
83
8
60
60
0
31
8
1.26
26571736--26571769
18
1.9
17
88
5
50
76
0
2
20
0.92
26573703--26573731
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
26574797--26574846
22
2.2
23
82
10
59
40
14
2
44
1.56
26579819--26579851
15
2.3
15
89
5
50
30
24
3
42
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770