genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  56  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16337729--16337901	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
16343201--16343372	46	3.7	46	78	10	188	27	27	21	23	1.99
16343206--16343376	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
16343203--16343392	46	4.1	44	74	17	138	27	27	21	23	1.99
16350963--16350998	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
16352221--16352297	28	2.8	28	86	2	84	25	35	12	25	1.92
16352235--16352320	28	3.1	28	87	0	118	26	33	15	24	1.95
16360925--16360992	30	2.3	30	82	2	75	22	33	27	16	1.95
16361344--16361391	21	2.3	20	82	6	60	18	4	8	68	1.31
16366587--16366626	20	2.0	20	95	0	71	45	12	20	22	1.84
16369621--16369760	35	4.0	35	82	0	172	36	28	17	17	1.93
16375787--16375839	27	2.0	27	84	0	70	22	18	20	37	1.94
16378799--16378882	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
16390656--16390754	42	2.3	44	81	8	116	29	18	23	29	1.97
16394699--16394840	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
16394738--16394866	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
16395078--16395155	36	2.2	36	100	0	156	30	5	25	38	1.78
16402752--16402893	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
16402791--16402919	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
16414165--16414215	17	2.9	18	74	11	52	0	43	0	56	0.99
16415146--16415375	27	8.5	28	84	7	298	28	23	8	40	1.83
16415145--16415393	107	2.3	107	91	0	408	29	21	8	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16415381--16415540	27	6.0	27	84	1	214	39	18	8	34	1.80
16415146--16415393	54	4.6	54	90	1	372	29	21	8	41	1.82
16415144--16415528	54	7.2	54	86	0	198	33	20	7	38	1.81
16415273--16415511	81	3.0	81	78	2	194	35	19	7	37	1.81
16415388--16415538	53	2.8	53	93	1	257	40	19	7	33	1.79
16416175--16416243	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
16417567--16417606	17	2.3	19	87	12	59	30	2	0	67	1.04
16417903--16417968	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
16423372--16423475	43	2.5	42	79	4	111	34	25	15	24	1.94
16440389--16440528	37	3.8	37	95	0	244	25	30	20	24	1.98
16440669--16441091	48	8.8	48	97	0	783	30	27	6	35	1.81
16445552--16445601	21	2.4	21	82	0	64	22	24	34	20	1.97
16459297--16459325	13	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
16465758--16465817	31	1.9	31	96	0	111	26	20	16	36	1.93
16466013--16466155	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
16466013--16466154	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
16466012--16466155	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
16466206--16466265	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
16466308--16466355	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16467514--16467578	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
16467637--16467888	27	9.3	27	78	7	116	36	9	19	35	1.83
16467786--16468421	27	23.6	27	84	0	680	41	7	23	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16467787--16468428	81	7.9	81	91	2	977	41	7	23	27	1.81
16468425--16468523	27	3.7	26	78	5	83	31	9	19	40	1.82
16468417--16468523	54	2.0	54	81	7	128	31	9	20	38	1.84
16468480--16468538	27	2.2	27	81	6	66	33	8	15	42	1.77
16471178--16471241	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
16471433--16471575	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
16471433--16471574	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
16471432--16471575	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
16471626--16471685	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
16471728--16471775	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16472934--16472998	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
16473057--16473308	27	9.3	27	79	7	125	36	8	19	36	1.82
16473206--16474091	27	32.8	27	84	4	1004	40	7	24	27	1.81
16473207--16474091	81	10.9	81	93	1	1445	40	7	24	27	1.81
16474088--16474186	27	3.7	26	78	5	83	31	9	19	40	1.82
16474080--16474186	54	2.0	54	81	7	128	31	9	20	38	1.84
16474143--16474201	27	2.2	27	81	6	66	33	8	15	42	1.77
16476841--16476904	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
16477096--16477238	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
16477096--16477237	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
16477095--16477238	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
16477289--16477348	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
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16477391--16477438	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16477715--16477742	11	2.5	11	100	0	56	7	57	21	14	1.61
16478608--16478672	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
16478731--16478982	27	9.3	27	78	7	116	36	9	19	35	1.83
16478880--16479515	27	23.6	27	82	1	639	41	7	22	28	1.81
16478881--16479522	81	7.9	81	89	2	914	40	7	23	28	1.81
16479519--16479617	27	3.7	27	79	5	103	31	10	19	39	1.85
16479511--16479615	54	2.0	53	83	9	133	31	10	20	37	1.87
16479527--16479632	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
16483147--16483238	45	2.0	45	100	0	184	22	17	30	29	1.97
16485142--16485201	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
16490103--16490212	50	2.3	48	80	10	120	27	19	33	20	1.96
16490130--16490308	47	3.7	47	82	5	191	26	18	30	24	1.98
16495357--16495590	49	4.7	49	82	3	288	29	26	17	25	1.98
16505940--16506138	48	4.1	47	76	10	197	27	18	27	26	1.98
16505926--16506105	96	1.9	96	88	2	265	28	18	26	26	1.98
16517613--16517740	58	2.2	59	78	8	138	32	18	21	26	1.97
16520150--16520201	27	1.9	27	84	7	70	51	0	9	38	1.35
16521097--16521206	56	2.0	56	92	0	184	28	13	24	33	1.93
16526085--16526128	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
16529950--16530001	27	1.9	27	84	7	70	51	0	9	38	1.35
16530906--16531060	56	2.8	56	87	2	204	31	14	21	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16533324--16533479	42	3.7	41	76	10	145	30	23	19	26	1.98
16538454--16538491	6	6.3	6	93	0	67	36	34	13	15	1.87
16541832--16541901	27	2.6	27	88	4	88	30	17	22	30	1.97
16546533--16546687	23	6.8	23	68	2	98	45	18	16	19	1.85
16546532--16546651	45	2.6	45	80	2	123	48	16	16	18	1.82
16546519--16546642	23	5.5	23	73	4	83	48	18	16	16	1.82
16546532--16546687	68	2.3	68	81	0	168	46	18	16	19	1.85
16546617--16546703	45	1.9	45	83	4	113	43	19	14	21	1.87
16548521--16548642	44	2.9	41	83	8	147	22	18	27	32	1.96
16548521--16548662	42	3.3	42	82	8	146	23	17	26	33	1.96
16549412--16549456	22	2.0	24	82	8	58	33	4	24	37	1.76
16553208--16553290	43	1.9	43	82	4	105	27	15	21	34	1.94
16556426--16556608	40	4.6	40	77	6	167	25	24	26	24	2.00
16556426--16556577	79	1.9	80	84	6	202	25	23	27	24	2.00
16564381--16564448	25	2.7	25	84	6	75	36	23	14	25	1.93
16567655--16567786	59	2.3	58	94	1	228	37	13	23	25	1.91
16567625--16567786	88	1.8	89	89	1	254	36	13	24	25	1.92
16567655--16567786	29	4.5	29	96	1	228	37	13	23	25	1.91
16571715--16571895	46	3.9	46	80	9	224	20	22	29	27	1.99
16571717--16571887	93	1.8	93	94	0	306	20	22	29	26	1.98
16579045--16579225	49	3.7	49	75	9	190	28	25	18	27	1.98
16579032--16579218	100	1.9	100	89	2	295	28	25	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16582525--16582580	27	2.1	26	87	9	78	32	10	19	37	1.86
16585700--16585882	49	3.7	49	82	3	213	30	27	18	23	1.98
16585687--16585877	101	1.9	101	89	1	294	29	26	18	24	1.98
16595500--16595600	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
16595523--16595617	31	3.1	31	96	0	172	24	22	14	38	1.91
16595808--16595926	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
16595808--16595926	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
16595977--16596036	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
16596079--16596126	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16598222--16598391	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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