genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.430.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  430  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132672492--132672569	24	3.2	24	96	0	138	7	41	35	15	1.76
132672756--132673456	85	8.2	85	86	5	861	14	32	34	18	1.90
132672756--132673456	43	16.5	42	86	5	833	14	32	34	18	1.90
132672740--132673456	128	5.6	128	86	4	961	14	32	34	18	1.91
132681302--132681355	24	2.2	24	86	0	72	12	40	31	14	1.84
132681389--132681509	58	2.1	59	92	1	199	30	23	21	23	1.99
132681906--132681983	24	3.2	24	96	0	138	7	41	35	15	1.76
132682170--132682865	42	16.5	42	84	6	797	14	32	34	18	1.91
132682195--132682842	336	1.9	337	87	5	965	14	33	33	17	1.91
132687977--132688144	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
132687993--132688144	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
132695995--132696124	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
132696011--132696162	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
132696011--132696162	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
132703302--132703484	55	3.3	55	86	0	240	28	28	27	14	1.95
132709704--132709924	97	2.3	96	82	2	264	28	19	28	23	1.98
132709704--132709924	48	4.6	48	78	2	237	28	19	28	23	1.98
132709836--132709957	48	2.6	46	83	7	120	31	22	26	19	1.98
132711484--132711586	48	2.1	48	85	0	134	24	26	23	26	2.00
132715255--132715442	42	4.5	42	90	0	295	22	20	25	31	1.98
132715209--132715442	84	2.8	83	84	2	297	23	20	25	30	1.98
132717351--132717430	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132723757--132723794	19	2.0	19	100	0	76	21	15	36	26	1.93
132723776--132723928	49	3.1	49	93	0	270	27	9	33	29	1.89
132724039--132724153	37	3.1	37	98	0	221	27	18	32	21	1.97
132729327--132729401	29	2.6	29	89	4	107	25	32	16	26	1.96
132735572--132735738	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
132735572--132735738	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
132736563--132736608	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
132743573--132743739	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
132743573--132743739	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
132744564--132744609	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
132746880--132747064	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
132746881--132747072	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
132746880--132747097	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
132754889--132755073	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
132754890--132755081	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
132754889--132755106	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
132758722--132758919	51	3.9	51	91	1	317	29	24	13	33	1.93
132758944--132759170	52	4.4	52	92	1	357	25	22	14	37	1.93
132758944--132759170	24	8.7	27	78	14	235	25	22	14	37	1.93
132779892--132779937	22	2.1	22	100	0	92	26	10	19	43	1.84
132792289--132792400	40	2.8	40	78	8	111	25	27	21	25	1.99
132795325--132795398	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132802776--132802808	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
132803425--132803498	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
132809404--132809443	20	2.0	20	90	0	62	22	15	42	20	1.88
132822802--132823075	48	5.7	48	75	8	222	26	20	28	24	1.99
132822802--132823075	96	2.9	96	80	7	290	26	20	28	24	1.99
132827656--132827830	44	3.9	44	81	10	217	28	29	20	21	1.98
132827664--132827833	93	1.8	91	93	2	295	27	30	21	21	1.98
132830205--132830252	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
132830196--132830252	30	2.0	28	89	6	87	57	15	15	10	1.64
132835499--132835530	13	2.5	13	94	0	55	3	15	40	40	1.63
132838768--132838794	14	1.9	14	100	0	54	22	29	3	44	1.70
132850079--132850241	43	3.8	43	78	14	151	33	25	17	23	1.97
132850079--132850237	44	3.7	42	76	16	157	31	25	18	24	1.97
132852063--132852281	40	5.4	40	83	2	242	26	21	26	25	2.00
132858023--132858289	24	11.1	24	96	0	462	35	25	18	20	1.95
132866679--132866813	39	3.4	39	80	10	141	22	28	23	25	1.99
132873037--132873246	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
132881148--132881357	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
132888236--132888411	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
132888233--132888403	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
132891320--132891388	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
132891311--132891398	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132893774--132893943	91	1.8	93	94	2	308	20	21	30	27	1.98
132893779--132893951	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
132896865--132896933	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
132896856--132896943	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
132899326--132899501	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
132899322--132899493	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
132903057--132903306	135	1.9	135	85	1	349	30	16	22	30	1.96
132904618--132904749	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
132912431--132912562	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
132914881--132915031	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
132914918--132915047	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
132922850--132922953	40	2.6	40	83	1	120	29	23	26	20	1.98
132937424--132937526	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
132945224--132945326	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
132946936--132947068	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
132948389--132948683	47	6.3	47	92	0	464	35	8	28	27	1.86
132951335--132951362	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
132952071--132952249	40	4.4	40	84	2	207	27	24	26	22	2.00
132955593--132955649	28	2.0	28	100	0	114	21	8	35	35	1.84
132964406--132964602	27	7.4	27	84	2	236	36	18	19	25	1.94
132966314--132966347	18	1.9	18	88	5	52	50	5	23	20	1.70
132969469--132969651	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132976881--132977063	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
132980333--132980505	27	6.4	27	82	0	193	35	19	18	27	1.95
132980333--132980505	81	2.1	81	84	0	229	35	19	18	27	1.95
132980506--132980559	27	2.0	26	89	3	81	22	20	20	37	1.95
132981243--132981280	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
132981277--132981332	27	2.1	26	83	3	67	23	19	19	37	1.94
132983333--132983369	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
132983556--132983646	39	2.4	39	79	5	96	26	29	24	19	1.98
132983581--132983744	78	2.1	77	83	5	197	26	28	21	23	1.99
132983601--132983744	39	3.7	39	87	1	200	26	28	21	23	1.99
132986668--132986818	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
132986705--132986834	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
132988572--132988734	40	4.1	40	80	6	186	25	22	27	25	2.00
132990136--132990218	31	2.7	31	92	3	143	28	16	25	28	1.97
132991069--132991102	13	2.5	13	95	4	59	14	0	2	82	0.79
132992086--132992173	42	2.1	42	100	0	176	32	15	31	19	1.93
132993708--132993923	40	5.5	39	81	6	220	26	26	21	25	1.99
132996001--132996066	27	2.4	27	89	0	114	24	18	10	46	1.80
132996082--132996196	27	4.3	27	82	5	99	39	22	9	28	1.86
132996097--132996200	27	3.9	27	85	0	145	40	21	6	31	1.79
132996117--132996298	54	3.3	54	78	6	186	40	18	8	32	1.81
132996232--132996283	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132996324--132996401	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
132997210--132997280	25	2.8	25	82	6	90	29	23	21	25	1.99
132997261--132997307	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
132997500--132997582	31	2.7	31	92	3	143	28	16	25	28	1.97
133002966--133003113	40	3.7	40	84	5	165	22	27	22	27	2.00
133005708--133005842	46	2.9	47	81	10	179	21	20	29	28	1.98
133008794--133008872	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
133008785--133008871	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
133011224--133011357	46	2.9	48	80	12	179	20	20	29	28	1.98
133019285--133019445	40	4.1	40	81	5	166	25	28	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770