genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.324.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  324  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99111757--99111899	37	3.9	37	93	0	223	25	31	18	24	1.97
99112043--99112476	48	9.0	48	96	0	760	30	28	6	34	1.83
99121306--99121405	29	3.5	29	81	6	114	31	28	14	27	1.95
99122652--99122691	16	2.5	16	91	0	62	17	2	27	52	1.57
99125424--99125555	39	3.4	39	87	2	167	31	16	24	28	1.96
99125548--99125724	39	4.5	39	89	4	275	21	23	27	27	1.99
99125499--99125724	78	2.9	78	82	6	206	23	21	27	26	1.99
99132457--99132520	24	2.7	24	90	0	92	25	31	17	26	1.97
99135849--99135962	29	4.0	28	74	10	88	29	28	15	26	1.96
99138298--99138473	68	2.6	68	79	12	175	33	15	28	21	1.95
99150086--99150193	27	4.0	26	84	8	135	37	21	24	17	1.94
99150086--99150193	54	2.0	54	87	3	155	37	21	24	17	1.94
99151411--99151468	26	2.2	26	82	11	66	58	0	34	6	1.25
99157936--99158035	27	3.7	26	83	9	119	37	20	24	19	1.94
99161230--99161389	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
99169388--99169547	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
99179505--99179655	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
99179542--99179671	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
99184940--99185017	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
99184918--99185248	47	7.1	47	95	0	538	26	28	12	32	1.92
99184965--99185039	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
99184872--99185248	94	4.0	94	90	2	553	26	29	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99184850--99185248	187	2.1	188	85	5	554	27	29	11	32	1.91
99189089--99189359	28	9.5	28	71	4	184	29	29	19	21	1.97
99189089--99189331	29	8.5	29	71	13	157	30	30	18	21	1.97
99189061--99189363	57	5.3	57	90	1	430	29	30	18	21	1.97
99189369--99189683	40	7.9	40	89	1	474	27	30	20	20	1.98
99191917--99192033	42	2.7	42	85	2	144	32	24	14	28	1.95
99195422--99195523	41	2.5	41	75	0	114	23	21	22	32	1.98
99206010--99206226	40	5.4	40	88	2	276	26	22	27	23	2.00
99206008--99206252	80	3.1	80	82	1	206	26	22	26	23	2.00
99218176--99218357	39	4.6	39	86	2	240	24	22	29	23	1.99
99218176--99218357	77	2.3	79	86	2	242	24	22	29	23	1.99
99227651--99227759	40	2.8	40	84	1	139	26	23	25	23	2.00
99235318--99235418	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
99238685--99238794	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
99238685--99238834	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
99240558--99240666	58	1.9	58	86	1	157	26	29	16	27	1.97
99240567--99240681	29	4.0	29	83	6	128	27	27	15	28	1.96
99240900--99240938	8	4.9	8	87	0	60	7	23	25	43	1.80
99240900--99240942	16	2.7	16	88	0	68	6	20	23	48	1.73
99240897--99240943	24	2.0	23	95	4	85	6	21	25	46	1.74
99242017--99242049	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
99245353--99245521	63	2.7	61	74	12	162	24	30	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99251250--99251315	23	2.8	23	86	6	89	53	0	3	43	1.16
99251357--99251401	17	2.8	15	81	15	54	44	0	4	51	1.21
99251367--99251401	17	2.2	17	90	10	56	48	0	0	51	1.00
99253563--99253599	15	2.5	15	91	4	58	40	16	18	24	1.90
99253571--99253602	15	2.1	15	100	0	64	31	12	28	28	1.93
99266340--99266469	29	4.5	29	86	6	165	28	26	13	31	1.94
99277096--99277138	22	2.0	21	81	4	50	37	6	18	37	1.78
99277808--99278011	40	5.1	40	92	2	304	21	23	28	26	1.99
99290443--99290581	30	4.6	30	93	0	224	17	26	13	41	1.87
99290586--99290665	30	2.7	30	88	0	106	27	25	17	30	1.97
99290443--99290691	90	2.8	90	77	9	224	20	27	14	37	1.92
99290652--99290721	30	2.3	30	85	0	86	17	30	14	38	1.89
99301291--99301372	40	2.0	40	97	0	155	43	19	12	24	1.85
99317464--99317627	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
99317464--99317661	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
99324847--99325010	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
99324847--99325044	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
99329720--99329819	50	2.0	48	96	3	182	25	29	14	32	1.94
99331461--99331528	34	2.0	34	85	2	93	25	19	23	32	1.97
99342815--99342901	43	2.0	43	93	0	147	27	12	29	29	1.93
99350639--99350773	69	1.9	70	86	4	193	32	11	17	37	1.87
99351239--99351265	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99351795--99352056	45	5.9	45	87	4	363	23	21	29	25	1.99
99354215--99354260	23	2.0	23	95	0	83	28	26	23	21	1.99
99357192--99357325	69	1.9	70	89	4	209	32	11	18	37	1.87
99358384--99358602	45	4.9	45	88	5	313	22	22	29	25	1.99
99360066--99360295	39	5.8	39	84	6	250	25	31	19	23	1.98
99367830--99367962	53	2.5	55	83	2	162	33	18	24	23	1.96
99369595--99369769	46	3.8	46	80	10	212	28	29	21	21	1.98
99369602--99369773	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
99376809--99376953	41	3.6	40	79	7	125	26	22	27	23	1.99
99376844--99376976	41	3.3	39	81	8	151	23	21	27	27	1.99
99383917--99383965	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
99384783--99384949	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
99387481--99387540	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
99391041--99391092	23	2.2	25	86	10	74	34	26	0	38	1.57
99391684--99391848	43	3.9	44	79	8	180	31	25	15	27	1.96
99395181--99395211	14	2.3	13	94	5	53	19	6	12	61	1.53
99410321--99410465	75	1.9	75	94	0	254	27	6	16	48	1.71
99411984--99412077	47	2.0	47	97	0	179	29	22	17	30	1.96
99415211--99415263	26	2.0	27	82	10	65	50	1	0	47	1.12
99420961--99421024	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
99421242--99421428	24	8.0	23	92	2	293	25	20	24	29	1.99
99421231--99421430	47	4.2	47	92	1	319	25	21	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99421231--99421430	71	2.8	71	88	3	312	25	21	23	30	1.99
99421486--99421542	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
99421474--99421544	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
99421479--99421533	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
99421581--99421628	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
99422840--99423076	27	8.7	27	78	2	161	32	9	18	39	1.84
99422953--99423076	54	2.3	53	90	1	185	30	8	20	41	1.81
99423069--99423278	27	7.9	27	84	6	223	40	8	23	28	1.83
99423070--99423278	81	2.6	80	84	4	262	40	8	23	28	1.83
99423070--99423271	54	3.8	54	85	2	266	41	8	21	28	1.82
99423284--99423373	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
99423267--99423373	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
99423284--99423388	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
99426084--99426147	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
99426358--99426457	24	4.2	24	94	2	157	27	21	22	30	1.98
99427362--99427440	26	3.0	26	83	3	95	21	26	20	31	1.98
99427362--99427444	27	3.1	27	84	6	107	20	26	21	31	1.98
99427483--99427720	27	8.8	27	78	4	165	31	9	18	39	1.83
99427565--99427719	81	1.9	81	84	5	206	30	9	20	40	1.83
99427514--99427788	27	10.1	27	79	7	137	34	8	19	37	1.83
99427595--99427734	54	2.6	54	85	4	192	31	8	21	38	1.83
99427595--99427799	54	3.8	54	81	2	160	35	9	20	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99427686--99427916	81	2.9	81	84	2	241	40	9	20	28	1.85
99427712--99427922	27	7.8	27	87	5	252	40	9	23	27	1.85
99427713--99427916	54	3.8	54	88	2	295	41	9	21	27	1.84
99427922--99427996	27	2.7	27	83	6	89	34	10	16	38	1.83
99430783--99430834	26	2.0	26	96	0	95	34	17	19	28	1.94
99441120--99441185	27	2.4	27	82	0	78	34	18	21	25	1.96
99441177--99441237	26	2.3	26	83	5	70	26	22	14	36	1.93
99441935--99441994	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
99457462--99457509	25	2.0	24	88	8	71	35	25	18	20	1.95
99465913--99465982	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770