genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  244  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73153315--73153552	49	4.8	49	83	4	280	25	18	26	28	1.98
73156246--73156389	77	1.9	75	80	11	168	33	24	19	22	1.97
73158180--73158233	27	2.0	27	100	0	108	18	18	18	44	1.87
73162128--73162218	40	2.3	40	82	3	103	30	16	25	27	1.97
73168497--73168638	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
73168536--73168664	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
73169033--73169157	61	2.0	62	95	4	225	31	19	16	33	1.93
73173776--73173957	24	7.6	24	95	1	303	35	25	18	20	1.95
73173754--73173957	48	4.3	47	90	4	275	34	24	18	22	1.96
73173776--73173957	95	1.9	95	93	0	310	35	25	18	20	1.95
73181488--73181694	24	8.6	24	96	0	342	36	25	17	20	1.95
73184876--73185093	40	5.5	40	88	2	298	23	22	27	25	2.00
73190416--73190463	16	3.0	16	100	0	96	75	0	25	0	0.81
73191921--73192046	46	2.8	44	74	10	112	23	30	18	27	1.97
73194139--73194294	42	3.7	42	79	7	154	25	18	26	29	1.98
73194139--73194294	84	1.8	86	83	8	212	25	18	26	29	1.98
73194459--73194502	23	1.9	23	86	9	63	54	4	11	29	1.56
73200094--73200141	15	3.1	16	79	11	64	8	16	16	58	1.61
73202567--73202742	46	3.8	46	76	12	180	20	19	29	30	1.97
73202563--73202734	93	1.8	93	88	0	263	20	20	30	29	1.97
73217902--73218078	40	4.4	40	93	2	295	22	23	29	24	1.99
73218305--73218348	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73221503--73221679	40	4.4	39	77	7	142	26	23	25	24	2.00
73221503--73221679	80	2.2	80	80	4	205	26	23	25	24	2.00
73229386--73229509	40	3.1	40	95	0	221	20	22	32	25	1.98
73229749--73229792	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
73232732--73232778	18	2.8	17	78	9	51	74	0	6	19	1.03
73237716--73237854	40	3.5	39	84	2	163	25	24	28	22	2.00
73237716--73237880	40	4.2	40	81	6	151	26	23	26	23	2.00
73237716--73237880	79	2.1	79	81	4	190	26	23	26	23	2.00
73242338--73242378	13	3.2	13	96	0	73	17	31	31	19	1.95
73245923--73245952	15	2.0	15	100	0	60	6	60	6	26	1.47
73250277--73250494	40	5.5	40	92	2	343	24	27	23	23	2.00
73256539--73256670	43	3.1	42	81	9	144	32	25	16	25	1.96
73256549--73256689	42	3.3	41	81	9	142	31	23	18	26	1.97
73256539--73256688	44	3.5	42	78	11	153	31	24	18	26	1.97
73257097--73257130	8	4.1	8	96	3	59	61	23	0	14	1.33
73264308--73264431	43	2.9	41	73	16	108	31	25	17	25	1.97
73269461--73269535	34	2.2	34	92	2	125	28	21	21	29	1.98
73271109--73271297	54	3.5	54	83	7	179	29	10	21	38	1.86
73271138--73271297	81	2.0	81	93	0	275	30	8	21	40	1.82
73271138--73271297	27	5.9	27	90	0	239	30	8	21	40	1.82
73271150--73271317	27	6.2	27	85	6	171	29	8	21	40	1.83
73271138--73271317	54	3.3	53	86	3	225	28	8	22	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73271634--73271697	28	2.3	28	88	0	92	26	35	17	20	1.94
73273576--73273718	39	3.7	38	81	5	135	23	28	23	24	1.99
73273567--73273713	79	1.9	79	81	5	181	23	30	24	21	1.99
73273607--73273713	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
73281650--73281797	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
73281690--73281797	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
73288659--73288819	43	3.7	43	79	13	161	29	26	19	24	1.98
73291130--73291286	43	3.7	43	79	9	169	31	25	18	24	1.98
73291130--73291289	86	1.9	85	83	11	211	31	25	18	24	1.98
73294045--73294264	49	4.6	49	76	11	183	24	27	18	29	1.98
73294047--73294223	98	1.8	97	85	6	250	24	25	18	31	1.98
73294042--73294374	142	2.3	145	78	7	354	24	27	18	28	1.98
73297539--73297711	43	4.0	43	72	10	138	23	16	27	32	1.96
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73309480--73309809	27	12.2	27	90	3	504	26	20	17	35	1.95
73309794--73310031	27	8.8	26	74	11	122	31	10	21	36	1.86
73309519--73309852	81	4.1	81	86	3	230	27	18	19	34	1.95
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73334166--73334268	40	2.6	40	87	6	129	26	23	20	30	1.99
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73426571--73426702	48	2.8	48	88	0	201	24	18	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73426706--73426739	12	2.8	12	100	0	68	44	14	8	32	1.76
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73436651--73436713	30	2.1	30	85	5	83	25	23	12	38	1.90
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73450943--73451102	85	1.9	84	83	8	207	25	19	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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