genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  307  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93860928--93861098	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
93877777--93877805	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
93898835--93899138	49	6.2	49	98	0	581	32	8	28	29	1.87
93899115--93899156	18	2.3	18	100	0	84	38	0	23	38	1.55
93899066--93899285	67	3.1	67	88	9	289	33	8	27	30	1.86
93899010--93899330	116	2.6	122	89	9	485	33	8	28	30	1.86
93899133--93899236	49	2.1	49	98	0	199	32	8	28	29	1.87
93899200--93899267	31	2.2	31	100	0	136	29	11	32	26	1.92
93899151--93899316	80	2.1	80	96	0	305	31	10	29	27	1.91
93899231--93899330	49	2.0	49	96	0	182	34	9	27	30	1.87
93899413--93899485	37	2.0	37	97	0	137	23	20	31	24	1.98
93902365--93902629	47	5.6	47	70	12	170	23	28	20	28	1.98
93908421--93908578	54	2.9	54	83	1	183	32	20	8	39	1.82
93908421--93908551	27	4.9	27	87	1	174	29	19	9	41	1.82
93908529--93908775	27	9.2	27	80	4	230	41	21	7	29	1.80
93908529--93908801	81	3.4	82	82	5	290	41	20	8	29	1.81
93908529--93908803	54	5.1	51	75	12	180	41	21	8	29	1.81
93908920--93909011	27	3.4	27	88	8	125	36	20	23	18	1.94
93909810--93909947	54	2.7	51	90	7	201	28	20	23	27	1.99
93909810--93909947	26	5.3	26	82	6	167	28	20	23	27	1.99
93912389--93912688	49	6.1	49	95	0	528	33	7	27	31	1.85
93912464--93912548	27	3.3	27	63	21	74	35	3	27	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93912773--93912845	37	2.0	37	97	0	137	21	19	32	26	1.97
93914368--93914484	31	3.9	31	81	7	127	32	17	22	27	1.97
93918092--93918264	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
93918089--93918259	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
93918488--93918525	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
93925921--93925958	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
93929533--93929572	21	1.9	21	85	10	55	30	12	10	47	1.74
93931623--93931797	49	3.5	49	81	9	219	29	26	18	25	1.98
93931604--93931798	100	2.0	100	93	0	336	29	27	18	24	1.98
93932436--93932495	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
93939091--93939170	27	2.9	27	83	5	90	40	15	10	35	1.80
93939100--93939189	27	3.3	27	85	3	110	40	15	10	34	1.81
93939195--93939404	27	7.8	27	83	4	178	30	23	6	39	1.80
93939198--93939406	54	3.9	54	84	1	242	30	22	6	39	1.80
93939219--93939404	81	2.3	80	88	0	264	30	23	5	39	1.79
93939219--93939406	27	7.0	27	87	1	225	30	23	5	39	1.78
93939275--93939604	27	12.1	27	78	6	150	38	19	6	34	1.79
93939255--93939534	54	5.2	54	82	2	231	36	20	7	35	1.80
93939283--93939534	81	3.1	81	78	2	236	37	20	7	35	1.80
93939356--93939612	27	9.4	27	78	5	160	39	18	7	34	1.79
93939653--93939730	27	2.9	27	75	17	81	37	21	19	21	1.95
93940532--93940641	52	2.2	49	86	4	148	29	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93940532--93940629	26	3.8	26	87	1	144	27	23	21	27	1.99
93940774--93940865	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
93940889--93940967	31	2.5	31	89	0	131	31	17	24	26	1.97
93946899--93946981	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
93954962--93955033	29	2.5	29	97	0	135	25	13	31	29	1.94
93970651--93970781	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
93970650--93970781	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
93974644--93974699	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
93976404--93976533	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
93976420--93976571	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
93976420--93976569	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
93978330--93978383	22	2.5	22	90	0	90	25	31	29	12	1.93
93981207--93981369	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
93986187--93986376	39	4.8	40	87	1	208	23	32	21	22	1.98
93986223--93986384	39	4.2	39	90	2	254	23	33	20	22	1.97
93990178--93990280	29	3.6	28	82	5	118	25	26	18	30	1.98
94005445--94005539	40	2.4	40	96	0	172	25	21	26	27	1.99
94005518--94005558	19	2.2	19	100	0	82	26	19	26	26	1.99
94005478--94005597	59	2.0	59	95	0	213	25	20	27	26	1.99
94005445--94005635	99	1.9	98	89	5	296	24	20	27	27	1.99
94005537--94005645	40	2.8	40	83	6	143	22	21	28	27	1.99
94009498--94009589	33	2.7	33	74	21	84	7	17	2	72	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94011797--94011821	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
94017129--94017276	40	3.8	38	74	8	111	28	22	27	22	1.99
94020485--94020534	6	8.3	6	95	0	82	18	14	16	52	1.76
94022064--94022111	24	2.0	24	100	0	96	37	0	8	54	1.31
94022066--94022120	24	2.3	24	90	6	85	38	0	9	52	1.33
94023095--94023195	40	2.5	40	90	3	159	21	18	29	29	1.97
94024781--94024828	22	2.2	22	96	0	87	20	33	27	18	1.96
94028647--94028745	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
94032813--94032841	15	1.9	15	100	0	58	48	6	10	34	1.64
94042736--94042798	15	4.1	15	76	10	56	28	7	1	61	1.33
94045087--94045292	44	4.8	42	75	8	141	24	17	24	33	1.96
94045091--94045262	44	4.0	44	76	11	142	23	18	25	32	1.97
94046266--94046325	20	2.6	25	67	25	58	61	5	3	30	1.33
94046898--94046950	24	2.2	24	83	6	63	64	1	3	30	1.22
94048563--94049113	44	12.5	44	89	0	816	28	25	14	31	1.95
94061479--94061534	24	2.3	24	81	3	67	66	0	3	30	1.09
94068122--94068337	39	5.5	40	81	9	230	25	21	28	25	1.99
94068118--94068302	79	2.3	78	85	5	239	25	21	28	24	1.99
94068118--94068337	79	2.8	77	78	12	230	26	20	27	25	1.99
94081139--94081269	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
94081139--94081269	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
94094085--94094144	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94096648--94096823	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
94096644--94096815	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
94099772--94099840	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
94099763--94099850	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
94102231--94102406	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
94102227--94102398	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
94107105--94107146	13	3.2	13	86	0	66	14	28	47	9	1.75
94107107--94107156	26	1.9	26	83	0	64	18	28	44	10	1.81
94111239--94111370	55	2.4	55	80	0	138	33	31	21	13	1.92
94124104--94124152	25	2.0	25	84	8	64	51	12	18	18	1.76
94126035--94126087	27	2.0	27	81	3	63	35	9	26	28	1.87
94126072--94126141	27	2.6	27	86	0	104	28	18	24	28	1.98
94128555--94128620	33	2.0	33	93	0	114	39	18	4	37	1.71
94129417--94129455	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
94131484--94131756	49	5.7	48	91	3	381	27	29	9	33	1.88
94131484--94131756	97	2.8	96	88	4	390	27	29	9	33	1.88
94140978--94141061	31	2.7	32	92	5	138	28	26	16	28	1.97
94141242--94141325	25	3.4	24	77	9	80	27	25	21	26	1.99
94142133--94142209	26	2.9	26	75	11	75	22	16	20	40	1.91
94142250--94142300	27	1.9	27	88	11	79	35	11	11	41	1.78
94142312--94142435	27	4.6	27	81	6	135	27	8	22	41	1.82
94142332--94142477	54	2.7	54	78	9	147	29	12	21	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94142333--94142475	27	5.3	26	72	14	103	28	12	22	36	1.91
94142467--94142664	27	7.3	27	88	2	281	38	7	24	28	1.83
94142467--94142664	81	2.4	81	94	1	335	38	7	24	28	1.83
94158832--94158885	25	2.2	25	89	0	81	44	0	14	40	1.46
94158839--94158889	25	2.0	25	100	0	102	37	0	15	47	1.46
94160741--94160867	40	3.2	40	82	7	143	22	28	25	23	1.99
94166117--94166190	28	2.6	29	87	6	98	28	14	32	24	1.95
94166226--94166256	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
94174867--94174956	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
94175052--94175311	49	5.4	49	93	3	429	29	32	9	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770