genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  114  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32569782--32569845	27	2.4	27	91	0	110	21	18	25	34	1.96
32569835--32569935	27	3.8	27	84	6	107	28	8	21	40	1.83
32569891--32569976	27	3.2	27	83	0	91	27	6	25	39	1.81
32569955--32570246	27	10.8	27	87	0	377	39	7	23	29	1.81
32574363--32574480	50	2.4	50	94	2	202	27	22	18	31	1.97
32575199--32575265	32	2.1	32	85	0	89	28	13	28	29	1.94
32576118--32576151	16	2.1	16	94	0	59	38	8	23	29	1.85
32579946--32580043	32	3.1	32	80	0	115	26	15	26	31	1.96
32581691--32581741	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
32586238--32586499	46	5.6	45	75	9	172	28	18	27	25	1.98
32591422--32591520	39	2.5	39	81	4	110	26	29	23	21	1.99
32597995--32598059	29	2.2	29	94	0	112	29	16	29	24	1.97
32602445--32602588	40	3.7	40	78	7	125	25	27	24	22	2.00
32605072--32605211	38	3.7	38	85	3	167	22	20	24	32	1.98
32605072--32605211	75	1.9	75	86	0	199	22	20	24	32	1.98
32605215--32605339	45	2.9	44	85	7	159	23	21	30	24	1.99
32619514--32619684	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
32619518--32619689	46	3.7	46	77	13	199	21	21	28	28	1.99
32621385--32621574	41	4.7	41	84	1	213	26	14	26	33	1.94
32624077--32624104	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
32625610--32625725	43	2.7	42	82	7	144	31	27	17	24	1.97
32629233--32629379	28	5.3	28	90	1	224	22	15	34	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32629233--32629397	84	2.0	84	89	2	251	25	15	33	26	1.95
32629696--32630058	27	13.6	27	82	6	291	38	20	10	29	1.87
32629696--32630064	54	6.9	54	82	7	416	38	20	10	30	1.87
32630134--32630198	34	1.9	34	84	6	87	21	6	23	49	1.72
32635337--32635406	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
32635414--32635520	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
32642568--32642637	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
32642645--32642751	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
32645837--32645868	15	2.1	15	100	0	64	15	31	34	18	1.93
32656129--32656240	27	4.1	27	78	12	104	17	24	21	36	1.95
32657206--32657236	16	1.9	16	93	0	53	61	9	3	25	1.42
32663520--32663549	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
32663941--32664028	27	3.2	27	78	13	99	18	22	22	36	1.95
32667634--32667789	43	3.7	43	79	1	152	33	26	17	23	1.96
32697690--32697910	39	5.8	38	92	4	279	25	30	23	20	1.98
32697691--32697832	74	1.9	75	97	2	268	24	30	23	20	1.98
32697801--32697924	39	3.2	39	95	2	214	27	31	21	19	1.97
32702772--32702810	4	9.8	4	100	0	78	0	23	0	76	0.78
32705578--32705700	39	3.2	39	93	4	205	27	31	21	19	1.97
32708674--32708788	31	3.7	31	91	1	187	21	26	19	33	1.97
32709075--32709123	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
32711514--32711708	40	4.8	40	78	6	189	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32715568--32715739	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
32715561--32715736	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
32717376--32717559	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	23	1.96
32725221--32725246	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
32731920--32731967	24	2.0	24	83	0	60	45	20	25	8	1.79
32737618--32737657	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
32737983--32738028	19	2.5	19	82	13	60	28	2	17	52	1.56
32738554--32738589	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
32742448--32742481	16	2.2	16	90	10	54	61	2	0	35	1.11
32744887--32744923	18	2.1	18	100	0	74	40	5	21	32	1.76
32751819--32751919	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
32751848--32751919	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
32753470--32753537	27	2.5	28	92	2	111	26	16	26	30	1.96
32753470--32753549	27	2.9	27	83	9	65	27	17	23	31	1.97
32761494--32761563	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
32761494--32761575	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
32763522--32763608	43	2.0	43	84	0	111	24	24	2	49	1.62
32763565--32763711	57	2.6	57	83	3	199	32	20	4	42	1.73
32767957--32768009	27	2.0	27	88	0	79	30	20	18	30	1.97
32768267--32768324	22	2.6	22	97	0	107	22	34	31	12	1.91
32772526--32772628	43	2.4	43	80	1	118	20	16	29	33	1.94
32776606--32776680	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32776664--32776737	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
32787048--32787257	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
32788886--32789024	40	3.5	39	84	2	163	25	23	28	22	1.99
32790418--32790636	40	5.5	40	90	4	331	26	28	21	23	1.99
32793505--32793899	27	14.6	27	85	0	475	35	18	20	25	1.95
32794489--32794540	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
32795541--32795935	27	14.6	27	85	0	475	35	18	20	25	1.95
32796525--32796576	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
32799345--32799726	48	7.9	48	80	5	369	28	18	27	25	1.98
32799349--32799724	96	3.9	96	84	2	452	28	18	27	25	1.98
32805025--32805095	28	2.5	27	75	8	70	8	7	9	74	1.22
32810079--32810276	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
32810145--32810262	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
32810113--32810276	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
32817567--32817764	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
32817633--32817750	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
32817601--32817764	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
32822775--32822921	42	3.3	41	90	8	195	28	28	14	28	1.95
32822828--32822964	49	2.9	48	91	4	206	29	28	13	27	1.95
32822843--32823011	47	3.6	47	86	4	157	29	28	14	27	1.95
32828545--32828675	65	2.0	65	95	0	235	43	18	14	23	1.87
32828678--32828734	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32831314--32831379	34	1.9	35	84	9	91	21	25	9	43	1.81
32832857--32832911	26	2.1	26	82	3	65	27	16	20	36	1.93
32833158--32833201	12	3.5	13	82	14	56	27	0	0	72	0.85
32833158--32833201	15	3.0	14	81	18	54	27	0	0	72	0.85
32835689--32835758	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
32842310--32842367	23	2.5	24	80	2	64	65	1	3	29	1.19
32844137--32844181	22	2.0	23	86	8	65	33	33	22	11	1.89
32843778--32844317	273	2.0	271	94	0	954	30	23	21	24	1.99
32845975--32846205	50	4.8	48	82	8	272	25	29	17	26	1.98
32845975--32846194	95	2.3	97	87	3	311	25	30	18	26	1.98
32856826--32856883	30	1.9	30	82	0	71	34	13	22	29	1.93
32857222--32857396	46	3.7	47	72	14	146	28	18	28	24	1.98
32860566--32860649	44	1.9	43	82	2	105	34	22	15	27	1.94
32865572--32865639	33	2.1	33	94	0	118	20	20	19	39	1.92
32870627--32870654	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
32871033--32871066	17	2.0	17	94	0	59	55	8	11	23	1.63
32872639--32872836	51	3.9	51	93	1	335	28	24	13	32	1.94
32872860--32872982	52	2.4	52	88	2	185	26	22	15	34	1.94
32872860--32872982	24	4.7	27	76	17	125	26	22	15	34	1.94
32877994--32878113	58	2.1	56	81	9	145	40	16	16	25	1.89
32879303--32879469	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
32882893--32882985	46	2.0	46	95	0	168	37	17	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32886336--32886408	27	2.7	28	80	16	75	24	19	20	35	1.95
32886587--32886730	61	2.4	61	97	1	272	24	21	27	26	1.99
32886587--32886730	28	4.8	28	71	14	108	24	21	27	26	1.99
32887355--32887410	28	2.0	28	82	6	69	28	7	17	46	1.75
32888758--32888845	27	3.3	27	78	0	95	22	21	18	37	1.94
32896168--32896334	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
32896184--32896334	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
32904176--32904342	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
32904192--32904342	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
32905536--32905648	58	1.9	59	82	8	142	27	15	17	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770