genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.492.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  492  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152287580--152287606	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
152287767--152287816	19	2.5	21	84	9	70	36	2	0	62	1.07
152287893--152287931	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
152288067--152288098	15	2.0	17	88	11	50	31	3	9	56	1.47
152288721--152288763	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
152294027--152294144	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
152293995--152294158	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
152301578--152301695	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
152301546--152301709	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
152311191--152311242	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
152311279--152311304	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
152311301--152311360	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
152314328--152314797	94	5.0	94	97	0	859	30	10	18	40	1.84
152322347--152322814	94	5.0	94	96	0	837	30	9	19	40	1.84
152327033--152327183	43	3.5	42	77	10	146	32	25	16	25	1.96
152327033--152327176	42	3.4	41	78	11	139	32	25	16	25	1.96
152328602--152328626	9	2.8	9	100	0	50	56	12	8	24	1.62
152334806--152334966	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
152355355--152355406	24	2.2	24	89	0	77	17	42	23	17	1.89
152355442--152355556	58	2.0	59	92	1	196	36	22	17	23	1.95
152357664--152358289	128	4.9	128	86	3	730	15	34	32	17	1.92
152357664--152358289	85	7.3	86	85	3	775	15	34	32	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152357664--152358289	171	3.7	171	87	3	809	15	34	32	17	1.92
152357616--152358312	43	16.3	43	86	3	779	15	33	33	17	1.92
152358004--152358348	43	8.1	43	80	8	208	14	30	36	19	1.91
152361598--152361718	58	2.1	59	92	1	199	33	24	18	23	1.97
152362449--152363196	85	8.8	85	86	5	896	15	34	33	16	1.91
152362449--152363196	126	5.9	126	86	4	904	15	34	33	16	1.91
152362401--152363219	43	19.3	42	84	6	865	15	33	33	17	1.92
152375217--152375270	24	2.2	24	80	0	63	16	40	25	16	1.89
152375305--152375425	58	2.1	59	90	1	190	33	24	17	23	1.96
152375692--152375717	13	2.0	13	100	0	52	7	30	38	23	1.83
152380867--152380943	24	3.2	24	77	0	82	9	37	33	19	1.83
152381171--152381971	43	18.8	42	83	6	769	16	33	32	17	1.92
152381219--152381971	86	8.8	86	84	5	872	16	33	32	17	1.92
152381219--152381971	128	5.9	129	83	6	849	16	33	32	17	1.92
152381632--152382030	43	9.3	43	76	10	187	15	30	35	19	1.92
152390447--152390494	25	1.9	25	95	0	87	10	50	12	27	1.73
152396845--152397024	39	4.6	39	92	2	281	26	21	30	22	1.99
152396845--152397064	116	1.9	118	90	1	354	25	22	30	22	1.99
152396845--152397024	77	2.3	78	91	1	281	26	21	30	22	1.99
152404937--152405117	39	4.6	39	94	0	290	26	20	29	22	1.99
152404937--152405157	117	1.9	119	90	1	356	24	22	29	23	1.99
152408678--152408784	54	2.0	54	92	0	178	25	18	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152411042--152411094	22	2.4	22	90	6	81	35	5	13	45	1.67
152411052--152411095	22	2.0	22	100	0	88	31	4	13	50	1.62
152411280--152411389	43	2.6	44	76	11	120	33	16	21	28	1.95
152411233--152411388	42	3.7	42	74	9	138	33	14	22	29	1.94
152412328--152412373	24	1.9	24	95	0	83	28	2	26	43	1.66
152416853--152416985	51	2.9	42	76	19	149	22	19	29	28	1.98
152424686--152425024	27	12.6	27	85	3	432	27	22	10	40	1.86
152425082--152425159	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
152426398--152426454	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
152426396--152426458	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
152426513--152426678	23	7.0	23	84	4	208	28	22	21	27	1.99
152426513--152426677	71	2.3	69	87	6	231	27	22	21	27	1.99
152430209--152430338	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
152430225--152430375	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
152430209--152430375	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
152438223--152438389	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
152438239--152438389	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
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152443010--152443236	40	5.6	40	88	7	334	25	19	29	25	1.99
152443010--152443218	39	5.2	42	87	10	296	24	19	28	27	1.98
152443413--152443462	24	2.0	25	88	3	75	30	8	32	30	1.86
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152451934--152451958	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
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152453970--152454092	37	3.3	37	98	0	237	25	19	31	23	1.98
152457435--152457482	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
152457521--152457577	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
152457519--152457581	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
152457636--152457733	47	2.1	47	92	5	162	30	19	20	29	1.97
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152457947--152458010	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
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152494698--152494805	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
152494698--152494854	40	3.9	40	78	5	102	21	26	23	28	1.99
152497109--152497138	15	1.9	16	93	6	53	13	6	6	73	1.24
152498224--152498283	22	2.7	22	77	10	59	76	1	10	11	1.09
152498264--152498328	16	3.7	17	72	22	62	75	0	1	23	0.89
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152498266--152498304	20	1.9	21	89	5	62	76	0	2	20	0.90
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152569183--152569739	264	2.1	263	82	4	656	31	18	13	36	1.90
152569186--152569739	88	6.3	88	80	3	560	32	18	13	35	1.90
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152584303--152584371	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
152584294--152584381	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152586739--152586919	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
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152633090--152633155	6	11.3	6	77	18	59	45	0	19	34	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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