genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.738.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  738  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233679511--233679640	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
233687570--233687699	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
233695495--233695621	39	3.2	40	78	8	138	22	25	29	22	1.99
233703533--233703696	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
233703533--233703730	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
233706666--233706713	15	3.2	15	77	11	53	56	14	16	12	1.68
233719283--233719331	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
233720153--233720319	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
233727284--233727332	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
233728154--233728320	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
233730684--233730742	30	2.0	29	86	3	82	28	25	8	37	1.85
233740886--233741065	40	4.6	40	90	3	276	25	22	27	24	2.00
233740891--233741065	79	2.2	79	92	2	289	24	22	28	24	2.00
233750430--233750595	40	4.2	40	78	3	147	22	26	24	26	2.00
233750448--233750593	79	1.9	78	84	7	197	21	26	24	27	1.99
233760625--233760785	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
233768081--233768191	40	2.8	40	100	0	222	26	23	28	21	1.99
233768168--233768213	22	2.1	22	100	0	92	26	28	32	13	1.93
233768128--233768248	62	2.0	62	100	0	242	25	24	31	18	1.97
233768190--233768312	40	3.1	40	75	4	131	24	26	29	20	1.99
233768088--233768289	102	2.0	102	90	1	316	25	24	29	19	1.99
233776245--233776494	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233781439--233781508	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
233781439--233781520	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
233789356--233789425	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
233789356--233789437	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
233797284--233797353	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
233797284--233797365	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
233801605--233801848	40	6.2	40	79	6	275	25	20	27	26	1.99
233801605--233801828	78	2.9	78	91	2	333	25	21	27	25	1.99
233801605--233801848	118	2.1	118	82	5	289	25	20	27	26	1.99
233809694--233809939	40	6.2	40	79	6	277	24	21	27	26	1.99
233809694--233809939	119	2.1	119	83	3	300	24	21	27	26	1.99
233809695--233809948	79	3.2	79	89	1	348	25	20	27	26	1.99
233814001--233814098	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
233823962--233824019	30	1.9	30	82	6	73	20	27	29	22	1.99
233829936--233830102	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
233837928--233838094	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
233841689--233841886	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
233841755--233841872	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
233841723--233841886	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
233849253--233849450	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
233849319--233849436	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
233849287--233849450	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233851026--233851161	65	2.1	66	95	1	247	47	12	14	25	1.79
233867844--233868019	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
233867841--233868012	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	27	1.98
233868294--233868390	51	2.0	47	84	15	126	25	9	17	47	1.77
233875449--233875577	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
233883484--233883870	47	8.3	47	94	1	652	28	29	9	32	1.89
233887504--233887771	40	6.7	40	90	0	403	24	29	22	23	1.99
233887825--233887899	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
233890321--233890662	47	7.3	47	95	0	585	28	29	9	32	1.88
233894309--233894560	40	6.4	39	89	4	373	25	30	21	23	1.99
233894300--233894556	80	3.2	80	94	1	430	24	29	22	23	1.99
233894614--233894688	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
233897108--233897449	47	7.3	47	95	0	594	28	29	9	32	1.88
233902971--233903144	46	3.8	45	81	6	206	21	21	29	28	1.98
233908451--233908626	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
233908447--233908618	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
233913943--233914118	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
233913939--233914110	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
233919431--233919606	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
233919427--233919598	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
233923421--233923590	91	1.9	92	93	1	297	28	29	21	20	1.98
233923414--233923587	46	3.8	46	78	13	196	29	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233923422--233923606	46	4.0	46	72	19	127	28	29	21	21	1.98
233926216--233926316	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233933350--233933450	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233940462--233940562	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233945941--233946147	40	5.2	40	82	2	211	25	26	22	25	2.00
233951374--233951504	27	4.9	27	89	0	199	27	19	9	43	1.82
233951482--233951787	27	11.3	27	77	7	190	40	20	8	30	1.82
233951381--233951530	81	1.9	81	85	0	210	30	18	10	41	1.83
233951374--233951531	54	2.9	54	86	0	154	29	20	9	40	1.84
233951482--233951729	54	4.6	54	81	6	261	40	22	7	29	1.81
233951496--233951701	80	2.6	81	87	0	297	42	22	7	28	1.80
233951846--233951937	27	3.4	27	85	8	116	34	19	26	19	1.96
233952671--233952701	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
233952735--233952857	26	4.8	26	90	1	178	26	21	21	29	1.99
233953076--233953146	31	2.3	31	97	0	133	30	16	23	28	1.97
233954758--233954883	48	2.6	47	72	7	110	29	19	25	26	1.98
233954664--233954838	96	1.8	96	81	7	221	28	18	24	29	1.98
233956057--233956174	23	5.0	24	88	5	161	27	22	22	28	1.99
233956221--233956304	20	4.2	20	92	0	141	33	21	10	34	1.88
233956221--233956300	11	7.8	11	70	16	64	32	21	11	35	1.89
233956233--233956305	9	7.4	9	71	17	56	35	20	9	34	1.85
233956348--233956395	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233956815--233956842	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
233957630--233957906	27	10.3	27	87	3	342	39	9	23	27	1.85
233960695--233960757	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
233960947--233961088	23	6.0	23	90	5	214	26	21	21	29	1.99
233960947--233961088	70	2.0	71	90	4	225	26	21	21	29	1.99
233960947--233961088	47	3.0	46	91	5	214	26	21	21	29	1.99
233961134--233961221	39	2.3	38	90	5	133	32	21	11	34	1.89
233961134--233961221	20	4.6	20	90	5	128	32	21	11	34	1.89
233963962--233964112	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
233963998--233964128	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
233966399--233966499	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
233974347--233974447	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
233979576--233979644	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
233981253--233981291	20	2.0	20	89	0	60	51	10	2	35	1.50
233983650--233983778	40	3.2	40	83	5	156	23	24	28	23	1.99
233991404--233991533	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
233993538--233993638	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
234001484--234001584	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
234009545--234009711	46	3.6	46	73	15	155	30	27	20	21	1.98
234009550--234009720	93	1.8	93	88	2	263	29	28	21	21	1.98
234009593--234009736	46	3.1	44	72	15	114	29	28	19	22	1.98
234012472--234012597	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234012411--234012597	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
234020560--234020685	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
234020499--234020685	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
234023404--234023506	40	2.6	40	81	3	111	30	22	27	20	1.98
234023439--234023567	40	3.3	39	77	6	120	24	21	27	26	1.99
234031610--234031634	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
234032506--234032575	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
234037419--234037443	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
234037769--234037869	29	3.6	27	70	14	78	29	28	19	21	1.98
234038026--234038252	43	5.2	43	89	3	312	31	33	23	12	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770