genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.626.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  626  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196339168--196339403	78	3.0	77	87	4	312	23	31	20	25	1.98
196347167--196347397	39	5.9	39	89	4	269	23	31	20	24	1.98
196347279--196347353	38	2.2	31	72	27	80	22	30	20	26	1.98
196347206--196347399	39	5.0	38	90	5	293	22	31	20	26	1.98
196347167--196347399	77	3.0	77	89	3	317	23	31	20	24	1.98
196362002--196362066	24	2.8	24	73	19	64	63	4	4	27	1.34
196362127--196362172	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
196365181--196365238	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
196365337--196365444	44	2.5	42	82	11	121	29	13	24	32	1.94
196370657--196370873	43	5.1	43	88	2	307	29	32	25	11	1.92
196370845--196370952	38	2.8	38	85	0	144	27	25	24	22	2.00
196374393--196374463	18	3.9	18	75	0	70	43	18	4	33	1.69
196374390--196374472	36	2.3	36	80	0	94	44	18	4	32	1.70
196374802--196374845	2	22.5	2	90	4	72	50	2	0	47	1.13
196379081--196379217	46	3.0	46	86	0	193	26	31	6	35	1.82
196379191--196379577	47	8.1	47	85	4	486	27	28	10	33	1.90
196379191--196379577	98	4.0	96	89	2	530	27	28	10	33	1.90
196381042--196381135	31	3.1	31	95	3	172	23	21	15	39	1.92
196381327--196381444	24	5.0	24	85	7	152	27	22	20	28	1.99
196381327--196381444	47	2.5	47	87	6	159	27	22	20	28	1.99
196381494--196381553	20	3.0	20	87	2	86	35	21	10	33	1.87
196389477--196389725	40	6.2	40	90	2	376	22	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196389477--196389725	79	3.1	80	91	2	376	22	28	24	25	1.99
196389477--196389725	119	2.1	120	89	2	376	22	28	24	25	1.99
196392072--196392243	40	4.3	40	94	0	299	28	25	22	23	1.99
196393001--196393056	19	3.1	19	72	15	64	42	17	7	32	1.77
196392999--196393073	35	2.1	35	85	4	107	45	17	6	30	1.74
196395631--196395690	30	2.0	30	83	6	77	41	6	25	26	1.80
196397634--196397920	27	10.6	27	85	0	367	40	20	8	31	1.82
196397634--196397920	54	5.3	54	88	0	412	40	20	8	31	1.82
196397634--196397981	81	4.3	81	81	3	353	39	20	8	31	1.83
196397634--196397981	27	12.9	27	78	6	269	39	20	8	31	1.83
196397628--196398030	27	14.9	26	75	9	130	38	21	8	32	1.83
196398013--196398693	27	25.3	27	89	0	842	33	20	22	24	1.97
196399120--196399184	22	3.0	22	73	8	69	20	24	20	35	1.96
196399343--196399441	27	3.7	27	79	5	92	21	22	19	37	1.94
196399592--196399697	12	8.6	12	72	16	56	19	20	14	45	1.85
196399592--196399692	31	3.3	31	88	0	139	19	20	14	44	1.86
196399604--196399706	6	16.8	6	71	15	68	20	20	14	44	1.86
196400285--196400379	27	3.5	27	78	5	102	22	23	17	36	1.95
196400539--196400616	6	12.8	6	77	12	79	19	17	15	47	1.83
196400516--196400616	12	8.2	12	75	15	82	18	16	14	49	1.80
196400516--196400596	31	2.6	31	86	2	108	18	17	14	49	1.80
196408254--196408284	16	1.9	16	93	0	53	51	22	6	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196409476--196409539	31	2.1	31	93	0	110	23	20	15	40	1.90
196409731--196409873	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
196409731--196409872	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
196409730--196409873	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
196409923--196409983	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
196410026--196410073	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
196415681--196415705	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
196416734--196416797	32	2.0	32	93	3	112	25	21	15	37	1.93
196417009--196417054	23	2.0	24	95	4	85	30	23	21	23	1.99
196416983--196417061	23	3.3	23	78	16	81	27	22	18	30	1.98
196419916--196419943	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
196421938--196421998	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
196423450--196423509	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
196425518--196425578	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
196425770--196425936	24	7.0	24	89	3	230	25	21	23	29	1.99
196425791--196425935	47	3.1	47	89	2	227	26	20	23	29	1.99
196425986--196426052	20	3.3	20	87	0	98	32	19	10	37	1.86
196426089--196426136	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
196429528--196429626	45	2.2	45	85	3	128	30	29	21	19	1.97
196429600--196430094	43	11.5	43	93	0	837	31	32	24	10	1.89
196435065--196435237	46	3.7	46	79	10	199	22	20	27	29	1.99
196435062--196435232	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
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196443981--196444164	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
196444021--196444209	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
196448984--196449232	40	6.2	40	89	2	367	21	29	23	25	1.99
196454555--196454592	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
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196460162--196460328	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
196462895--196462920	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
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196478040--196478088	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
196478910--196479076	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
196490908--196491058	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
196490944--196491074	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
196498907--196499057	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
196498943--196499073	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
196508837--196508962	50	2.5	50	97	0	234	30	28	15	25	1.96
196508949--196508974	12	2.2	12	100	0	52	23	26	15	34	1.94
196510704--196510749	23	2.1	22	88	8	67	52	13	0	34	1.40
196513014--196513050	17	2.2	16	90	4	56	45	13	0	40	1.43
196513715--196513817	52	2.0	52	94	0	179	33	16	9	39	1.81
196522407--196522538	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
196529035--196529139	43	2.4	45	85	3	133	25	17	27	29	1.97
196529035--196529376	45	7.6	45	72	10	175	28	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196529073--196529334	135	1.9	135	88	1	391	27	20	23	28	1.99
196529075--196529374	135	2.2	135	85	3	390	29	20	23	27	1.99
196532027--196532346	127	2.5	126	82	5	394	25	16	20	37	1.93
196534931--196535104	49	3.6	49	76	5	140	25	27	17	28	1.98
196535853--196535903	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
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196555356--196555547	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
196563411--196563593	78	2.3	81	83	9	227	23	27	24	24	2.00
196563404--196563593	40	4.8	38	75	13	152	23	28	24	24	2.00
196565321--196565427	38	2.8	37	91	4	178	23	22	14	39	1.91
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196565636--196565754	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
196565805--196565864	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
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196573972--196574090	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
196573972--196574090	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
196574141--196574200	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196574243--196574290	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
196574972--196575155	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
196575012--196575200	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
196583088--196583271	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
196583128--196583316	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
196589675--196589795	40	3.0	40	96	2	226	19	22	30	27	1.98
196589784--196589871	43	2.0	43	97	0	167	11	23	30	34	1.90
196589790--196589883	43	2.2	43	90	0	143	14	22	29	32	1.94
196591635--196591806	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
196591628--196591803	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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