genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.563.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  563  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175461064--175461167	6	16.8	6	70	16	70	19	19	14	47	1.83
175463447--175463577	45	3.0	45	87	7	173	22	20	29	26	1.99
175464436--175464712	46	5.9	47	75	9	194	23	29	19	27	1.98
175464437--175464712	94	2.9	94	75	10	289	23	29	19	27	1.98
175468692--175468896	40	5.1	40	84	4	220	25	26	21	25	2.00
175476763--175476948	40	4.6	40	87	6	236	25	26	21	25	1.99
175485337--175485500	40	4.1	40	79	6	179	24	21	28	25	1.99
175487110--175488252	577	2.0	576	80	8	1290	34	13	22	29	1.92
175489362--175489512	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
175497378--175497528	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
175497415--175497544	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
175499213--175499282	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
175499213--175499294	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
175507546--175507763	45	5.0	42	75	7	152	24	17	26	32	1.97
175507549--175507726	45	4.0	44	80	5	182	23	16	25	34	1.96
175511085--175511233	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
175511126--175511233	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
175515770--175515887	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
175515738--175515901	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
175520702--175520772	24	2.9	26	83	8	96	29	21	22	26	1.99
175520689--175520770	24	3.4	24	82	12	89	29	21	19	29	1.98
175520826--175520882	9	5.9	9	73	15	51	36	22	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175520818--175520884	20	3.3	20	95	0	125	34	20	10	34	1.87
175520818--175520873	11	5.5	11	71	16	57	33	21	10	33	1.88
175527396--175527569	39	4.4	39	86	6	219	25	27	22	25	2.00
175535391--175535685	40	7.4	40	93	2	456	26	27	22	23	1.99
175539762--175539825	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
175540033--175540107	25	3.0	24	86	9	98	29	21	24	25	1.99
175540033--175540109	26	3.1	25	88	7	104	29	20	24	24	1.99
175544884--175544985	51	2.0	51	84	3	134	29	29	14	26	1.95
175544899--175545032	51	2.6	51	84	2	153	29	26	17	26	1.98
175550513--175550717	53	3.8	54	83	4	243	22	24	16	35	1.95
175550524--175550712	55	3.5	53	83	5	236	21	24	17	35	1.95
175550699--175550797	46	2.1	47	92	1	164	27	23	14	35	1.93
175551676--175551739	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
175551931--175552096	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
175551930--175552096	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
175551931--175552096	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
175552154--175552230	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
175552150--175552232	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
175552150--175552221	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
175552269--175552316	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
175553472--175553555	27	3.1	27	89	3	116	21	25	21	32	1.98
175553472--175553565	27	3.5	26	85	7	109	21	24	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175553594--175553846	27	9.3	27	76	6	143	31	9	20	39	1.84
175553602--175553810	54	3.8	54	78	7	179	32	9	17	40	1.82
175553825--175554100	27	9.8	27	76	11	214	40	7	22	28	1.82
175553708--175553857	81	1.9	81	81	2	185	32	7	20	40	1.80
175553708--175553944	81	2.9	81	79	2	181	36	8	19	36	1.81
175553914--175553995	38	2.2	38	82	4	94	40	7	29	23	1.81
175553825--175554100	146	1.9	146	86	1	392	40	7	22	28	1.82
175553869--175554052	92	2.0	92	82	4	228	41	8	23	26	1.83
175553833--175554076	119	2.1	119	85	0	326	42	8	22	27	1.82
175553961--175554127	54	3.1	52	79	3	172	37	8	24	29	1.85
175561768--175561977	39	5.5	39	90	7	315	23	21	28	26	1.99
175561768--175561977	73	2.7	77	86	10	304	23	21	28	26	1.99
175569837--175570039	40	5.1	40	93	0	327	24	21	26	28	1.99
175571377--175571675	133	2.2	133	88	1	429	31	15	22	30	1.95
175571498--175571633	48	2.9	48	80	1	175	32	13	21	33	1.92
175574064--175574234	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
175574056--175574231	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
175579480--175579653	45	3.8	45	81	9	217	28	29	20	21	1.98
175579488--175579657	93	1.8	92	94	1	304	27	30	21	21	1.98
175579485--175579673	46	4.1	46	72	19	144	28	29	20	21	1.98
175581352--175581407	27	2.1	26	90	9	87	39	17	8	33	1.81
175583005--175583045	20	2.1	20	90	4	66	29	14	4	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175586328--175586413	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
175586823--175586882	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
175594255--175594314	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
175602422--175602551	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
175610628--175610665	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
175613336--175613465	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
175619812--175619850	20	2.0	20	100	0	78	41	10	7	41	1.68
175632712--175632921	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
175640840--175641049	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
175647201--175647420	40	5.5	40	83	3	246	25	23	26	24	2.00
175647202--175647420	80	2.7	79	86	1	276	26	23	26	24	2.00
175653178--175653225	24	2.0	24	100	0	96	25	12	37	25	1.91
175654993--175655330	49	7.0	49	92	2	551	30	29	7	32	1.86
175654993--175655330	144	2.3	144	95	1	613	30	29	7	32	1.86
175658110--175658205	40	2.4	40	73	11	90	22	28	23	25	2.00
175658950--175659297	40	8.7	40	91	0	572	24	27	22	25	2.00
175661602--175661826	49	4.7	49	89	4	338	29	30	7	32	1.84
175661763--175661893	64	2.0	66	91	4	212	29	31	6	32	1.82
175661821--175661915	49	2.1	41	71	26	102	29	30	8	31	1.87
175661714--175661919	113	1.8	114	97	1	396	29	30	7	33	1.85
175670440--175670610	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
175678288--175678458	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175683202--175683364	70	2.3	71	98	1	319	35	17	27	19	1.94
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175686617--175686886	40	6.8	40	92	2	438	24	19	29	27	1.98
175686617--175686886	119	2.3	119	92	2	463	24	19	29	27	1.98
175690494--175690746	49	5.2	49	95	0	445	31	7	29	31	1.86
175690494--175690774	146	1.9	146	88	2	420	31	8	29	30	1.87
175690828--175690900	37	2.0	37	100	0	146	21	20	32	24	1.97
175700212--175700271	15	4.0	15	82	0	75	13	15	13	58	1.64
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175704578--175704718	27	5.2	27	83	2	167	26	25	7	39	1.83
175704592--175704718	54	2.4	54	91	2	202	28	25	7	38	1.84
175704733--175704947	27	8.0	27	87	0	288	33	20	21	24	1.97
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175705597--175705698	27	3.8	26	83	5	105	19	21	20	38	1.94
175705864--175705945	6	13.3	6	75	14	78	19	18	14	47	1.82
175705835--175705945	31	3.5	31	91	1	150	19	18	14	47	1.82
175707200--175707241	18	2.3	18	91	0	66	38	21	11	28	1.89
175707212--175707248	18	2.1	18	89	0	56	40	24	5	29	1.77
175708498--175708540	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
175709277--175709689	50	8.2	50	80	2	441	24	19	26	29	1.99
175709300--175709697	101	3.9	101	80	2	415	24	19	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175709277--175709678	151	2.7	151	92	0	687	24	19	26	29	1.98
175712192--175712231	20	2.0	21	85	5	55	35	17	25	22	1.95
175714181--175714228	21	2.3	21	89	3	71	50	20	16	12	1.78
175718074--175718176	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
175725006--175725158	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
175735855--175735895	21	1.9	22	90	5	66	26	4	7	60	1.43
175744168--175744233	28	2.4	28	90	7	100	21	9	25	43	1.81
175745856--175745893	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
175746724--175746752	11	2.5	12	88	11	51	37	0	0	62	0.96
175751077--175751184	30	3.6	29	79	7	128	29	31	24	14	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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