Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  186  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55713821--55713988
40
4.2
40
77
3
169
26
27
20
25
1.99
55715974--55716008
14
2.5
14
85
0
52
17
14
8
60
1.58
55715900--55716167
87
3.0
89
83
4
314
26
15
19
38
1.91
55715988--55716472
77
6.1
77
83
8
564
29
16
20
33
1.94
55716003--55716549
155
3.5
153
84
5
621
29
17
19
33
1.94
55715988--55716529
236
2.3
234
82
7
614
29
16
19
33
1.94
55716171--55716562
77
5.0
77
82
4
412
29
17
18
33
1.94
55716752--55716856
30
3.5
30
79
5
124
28
27
3
40
1.74
55716764--55716845
29
2.8
29
81
3
92
29
29
2
39
1.70
55716750--55716880
59
2.2
60
77
9
135
31
25
3
40
1.71
55718355--55718479
18
7.1
17
65
10
54
28
12
12
47
1.77
55723357--55723512
43
3.6
43
79
1
161
31
25
15
27
1.96
55727844--55728019
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
55727840--55728011
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
55730458--55730536
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
55730449--55730535
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
55732912--55733092
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
55732914--55733084
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
55735925--55735990
9
7.6
9
70
16
50
62
0
3
34
1.11
55736015--55736078
30
2.1
30
82
5
76
68
4
3
23
1.23
55736066--55736131
9
6.8
9
73
14
51
62
4
1
31
1.25
55736074--55736155
19
4.2
19
77
11
78
60
3
1
34
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55736073--55736155
40
2.1
39
82
6
96
61
3
1
33
1.21
55736091--55736155
21
3.2
20
82
4
78
60
3
0
36
1.13
55736091--55736155
10
6.5
10
76
11
62
60
3
0
36
1.13
55740035--55740134
51
2.0
51
84
7
132
31
29
17
23
1.96
55740374--55740427
22
2.3
22
84
9
63
46
9
5
38
1.59
55740385--55740429
22
2.0
23
91
4
74
44
8
4
42
1.56
55756027--55756060
17
1.9
18
88
5
52
38
5
5
50
1.51
55766345--55766386
21
2.0
21
100
0
84
28
14
9
47
1.75
55772597--55772636
14
2.6
16
80
11
57
30
22
0
47
1.52
55774835--55774905
15
4.7
15
85
0
79
56
16
15
11
1.67
55776102--55776181
29
2.9
27
74
16
67
76
1
17
5
1.03
55777340--55777471
29
4.6
29
82
0
138
26
16
31
25
1.96
55782171--55782321
40
3.8
40
78
6
155
27
23
27
21
1.99
55782208--55782337
40
3.2
40
79
2
154
23
23
28
23
2.00
55782171--55782337
80
2.1
79
82
7
205
26
23
27
22
2.00
55789679--55789894
40
5.5
40
91
4
316
22
23
28
25
1.99
55789679--55789894
79
2.7
79
89
5
314
22
23
28
25
1.99
55797872--55798089
40
5.5
40
88
2
289
22
23
27
25
2.00
55806347--55806422
24
3.2
24
64
23
61
30
13
31
25
1.93
55806324--55806804
47
10.1
47
87
5
651
31
12
30
26
1.92
55806346--55806804
145
3.2
143
87
5
667
31
12
29
25
1.93
55806324--55806804
98
5.0
96
89
4
679
31
12
30
26
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55806614--55806688
23
3.2
23
62
23
57
29
10
32
28
1.90
55806778--55806868
46
2.0
46
84
0
119
31
8
32
26
1.87
55806324--55806860
145
3.8
140
83
7
537
31
11
30
26
1.92
55807014--55807121
37
2.9
37
92
0
171
24
18
30
26
1.98
55809684--55809721
19
1.9
19
89
5
58
55
10
13
21
1.67
55816541--55816760
46
4.7
46
77
9
178
27
17
31
23
1.97
55820607--55820711
29
3.6
29
77
2
86
25
33
17
23
1.96
55820645--55820767
58
2.1
59
87
3
178
25
30
15
28
1.96
55820666--55820767
29
3.5
29
95
0
186
26
29
14
29
1.95
55828572--55828676
29
3.6
29
77
2
86
25
33
17
23
1.96
55828610--55828731
58
2.1
59
86
4
169
24
31
15
28
1.96
55828631--55828731
29
3.5
29
94
1
177
25
29
14
29
1.95
55830531--55830589
30
2.0
30
86
0
82
40
1
27
30
1.66
55830926--55831180
55
4.8
53
78
10
245
36
16
25
21
1.94
55830933--55831133
108
1.8
110
88
4
309
34
17
25
22
1.96
55831251--55831295
23
1.9
24
90
4
74
51
11
15
22
1.75
55838318--55838449
29
4.6
29
94
1
203
25
15
32
25
1.96
55851415--55851517
29
3.6
28
88
5
143
28
16
27
28
1.97
55852909--55852933
13
1.9
13
100
0
50
84
0
0
16
0.63
55856069--55856250
39
4.6
39
89
0
238
21
30
23
24
1.99
55856099--55856250
39
3.9
39
92
0
241
22
30
22
24
1.99
55862445--55862553
37
2.9
37
95
0
191
26
31
19
22
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55862598--55863142
48
11.0
48
87
5
721
31
27
6
34
1.83
55862670--55862803
63
2.1
63
100
0
268
37
26
4
31
1.77
55862718--55862755
15
2.5
15
100
0
76
47
26
0
26
1.52
55866317--55866628
40
7.8
40
97
0
507
25
28
21
24
1.99
55868594--55868702
37
2.9
37
94
0
182
27
31
18
22
1.97
55868747--55869324
48
12.0
47
92
0
852
31
27
7
34
1.84
55872333--55872370
20
1.9
20
94
0
67
10
18
31
39
1.85
55873364--55873422
29
2.0
29
100
0
118
30
20
15
33
1.93
55878701--55878762
26
2.4
26
76
10
65
61
9
0
29
1.28
55882325--55882374
24
2.1
24
100
0
100
48
28
4
20
1.67
55889965--55890036
31
2.3
32
85
7
103
48
16
16
18
1.81
55896038--55896071
13
2.6
13
90
0
50
44
2
0
52
1.16
55896101--55896135
17
2.1
17
88
0
52
74
5
14
5
1.19
55896575--55896608
13
2.6
13
90
0
50
52
0
2
44
1.16
55901859--55902112
47
5.3
48
91
1
361
32
7
30
29
1.86
55907172--55907210
20
2.0
20
85
10
53
35
20
0
43
1.52
55908482--55908533
25
2.1
25
89
3
79
26
17
21
34
1.95
55908489--55908558
25
2.8
25
86
0
86
25
22
24
27
2.00
55909368--55909432
27
2.4
27
82
5
78
21
24
18
35
1.96
55909463--55909672
27
7.7
27
78
6
167
31
8
18
41
1.80
55909462--55909652
54
3.5
54
77
9
199
33
7
17
40
1.79
55909546--55909714
81
2.1
80
82
4
205
30
10
19
40
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55909521--55909705
54
3.4
54
77
11
139
30
9
17
42
1.81
55909573--55909712
27
5.2
27
73
5
113
29
10
20
39
1.86
55909693--55909795
27
3.8
26
83
6
100
41
10
20
27
1.85
55909704--55909795
27
3.4
27
89
0
139
42
9
21
26
1.84
55911794--55911863
25
2.8
25
91
0
104
25
22
24
27
2.00
55912673--55912750
27
2.9
26
76
14
86
20
17
23
38
1.93
55912791--55912969
27
6.6
27
77
7
119
31
8
20
39
1.83
55912864--55913010
27
5.5
26
79
5
150
29
8
20
41
1.82
55912776--55912969
54
3.6
54
76
10
196
31
9
19
39
1.83
55912998--55913073
27
2.8
26
80
9
73
39
9
22
28
1.85
55913013--55913073
27
2.3
27
91
0
95
39
8
26
26
1.84
55914463--55914737
138
2.0
137
94
2
489
40
11
13
34
1.81
55925820--55925866
22
2.2
22
84
3
60
31
4
8
55
1.49
55929061--55929094
16
2.2
16
94
5
61
50
0
2
47
1.16
55930662--55930701
11
3.7
10
87
12
53
27
35
0
37
1.57
55932398--55932463
30
2.2
30
88
0
96
30
42
16
10
1.82
55932940--55933079
68
2.1
68
97
0
262
34
4
19
42
1.71
55933746--55933800
25
2.2
25
100
0
110
29
10
10
49
1.72
55934644--55934850
45
4.6
45
88
4
278
25
21
24
28
1.99
55938993--55939259
126
2.1
126
90
0
417
27
17
18
36
1.94
55939333--55939482
65
2.5
56
75
19
158
40
14
4
40
1.65
55939338--55939459
65
1.9
65
93
3
210
40
13
4
41
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55939324--55939461
65
2.2
65
87
6
185
41
15
3
39
1.64
55939517--55939547
13
2.4
13
94
0
53
45
41
0
12
1.42
55940120--55940185
20
3.2
21
72
19
59
60
3
6
30
1.36
55940100--55940200
42
2.5
42
73
13
104
62
4
3
28
1.34
55942597--55942767
93
1.8
93
92
2
290
28
28
21
22
1.99
55942589--55942764
46
3.8
46
78
11
207
29
27
20
22
1.98
55942913--55942950
18
2.1
18
100
0
76
39
13
5
42
1.66
55949949--55950051
43
2.4
42
77
7
118
33
16
22
28
1.95
55953772--55953804
16
2.1
16
100
0
66
36
18
12
33
1.88
55957730--55958053
40
8.1
39
86
5
409
25
27
24
23
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770