Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  669  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
210388012--210388193
80
2.3
80
79
11
203
21
27
24
26
1.99
210393277--210393444
40
4.2
40
77
6
169
24
21
29
25
1.99
210399641--210399735
31
3.1
31
95
0
163
23
21
16
38
1.92
210399927--210400044
24
5.0
24
87
7
161
27
22
21
28
1.99
210399927--210400044
46
2.5
48
87
6
161
27
22
21
28
1.99
210400095--210400154
20
3.0
20
92
0
102
33
21
10
35
1.87
210400197--210400244
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
210401403--210401466
27
2.4
27
81
5
76
21
25
17
35
1.95
210401520--210401575
27
2.1
26
83
9
69
39
12
10
37
1.78
210401528--210402198
27
24.8
27
80
6
216
35
8
21
34
1.84
210401620--210401992
54
6.9
54
80
7
326
38
8
22
30
1.84
210401620--210401992
81
4.6
81
81
5
367
38
8
22
30
1.84
210401961--210402172
81
2.6
81
83
5
241
31
8
20
39
1.82
210404814--210404980
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
210412718--210412884
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
210415904--210416021
31
3.5
35
88
9
126
22
23
17
36
1.95
210415927--210416021
31
3.1
31
96
0
172
23
22
16
37
1.93
210416213--210416330
24
5.0
24
87
7
161
27
22
22
28
1.99
210416213--210416330
47
2.5
47
87
6
159
27
22
22
28
1.99
210416381--210416440
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
210416381--210416435
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
210416483--210416530
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
210417685--210417749
27
2.4
27
84
5
87
20
24
20
35
1.96
210417811--210417977
27
6.1
27
75
4
129
32
8
20
37
1.84
210417811--210417948
55
2.5
55
81
4
145
30
8
21
39
1.83
210417901--210418270
54
6.9
54
79
8
344
38
9
23
29
1.85
210417927--210418243
27
11.9
27
84
7
389
40
9
23
27
1.85
210418194--210418470
27
10.3
27
84
3
258
31
8
20
38
1.83
210417928--210418270
106
3.2
106
80
9
385
39
9
23
28
1.85
210418293--210418449
53
2.9
53
89
3
181
32
7
19
40
1.79
210418239--210418470
80
2.9
78
85
5
268
30
8
21
40
1.82
210418320--210418488
53
3.2
54
90
4
238
31
7
19
41
1.78
210418321--210418487
27
6.3
26
86
3
181
31
7
19
41
1.78
210424741--210424907
40
4.2
40
80
6
169
26
22
26
24
2.00
210425794--210425831
16
2.4
16
83
12
51
55
0
0
44
0.99
210425803--210425836
16
2.1
17
88
5
52
52
0
0
47
1.00
210429575--210429675
28
3.5
28
86
6
114
28
13
27
29
1.95
210429604--210429675
29
2.5
28
91
6
110
29
13
27
29
1.95
210431525--210431609
40
2.2
38
77
8
89
16
11
34
37
1.85
210437811--210437942
29
4.6
29
78
5
115
23
33
15
27
1.95
210439101--210439155
19
3.1
17
78
16
58
5
14
1
78
1.02
210445741--210445833
29
3.2
28
84
3
114
23
27
16
32
1.96
210446984--210447040
19
3.2
17
79
15
62
5
15
1
77
1.03
210446984--210447038
18
3.0
18
80
19
69
5
16
1
76
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
210452149--210452335
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
210452172--210452335
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
210452172--210452369
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
210459718--210459904
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
210459741--210459904
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
210459741--210459938
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
210462422--210462581
29
5.5
29
82
4
180
26
16
31
25
1.97
210468890--210469073
40
4.6
39
77
6
147
28
23
26
22
1.99
210477008--210477191
40
4.6
39
77
6
147
28
23
26
22
1.99
210482434--210482600
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
210490439--210490606
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
210493194--210493292
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
210499002--210499071
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
210506964--210507033
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
210511083--210511197
42
2.8
42
86
4
153
32
15
23
28
1.95
210516950--210517036
29
2.9
29
72
17
79
50
4
5
39
1.47
210522875--210522907
5
6.6
5
92
0
57
18
3
0
78
0.87
210523513--210523668
43
3.6
43
83
6
167
23
17
29
28
1.97
210525791--210525956
40
4.2
40
78
5
160
27
22
26
24
2.00
210533777--210533927
40
3.8
40
80
6
164
26
23
27
23
2.00
210533814--210533943
40
3.2
40
82
2
163
23
23
27
25
2.00
210536183--210536221
20
2.0
20
100
0
78
35
12
20
30
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
210536272--210536390
23
5.0
24
87
11
156
27
21
23
27
1.99
210536583--210536646
31
2.1
31
93
0
110
37
15
23
23
1.93
210539731--210539762
11
2.8
12
86
13
50
87
0
12
0
0.54
210541038--210541143
29
3.7
29
88
2
142
27
16
33
23
1.95
210549066--210549227
29
5.6
29
80
5
150
24
16
33
25
1.95
210557485--210557662
40
4.5
40
92
4
283
25
28
23
23
1.99
210565934--210566112
40
4.5
40
93
2
292
25
27
23
22
2.00
210570409--210570577
40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
210578416--210578592
40
4.5
40
83
4
180
23
25
22
28
1.99
210588063--210588165
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
210596073--210596175
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
210601147--210601209
30
2.1
30
93
0
108
23
23
15
36
1.94
210601420--210601582
22
7.1
23
92
4
260
29
21
20
28
1.98
210601420--210601583
46
3.6
46
92
4
278
29
21
20
29
1.98
210601632--210601670
20
2.0
20
100
0
78
30
20
12
35
1.90
210601633--210601677
20
2.2
20
92
0
72
31
22
13
33
1.92
210601714--210601761
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
210607539--210607715
40
4.4
40
83
4
209
24
22
27
25
2.00
210607539--210607715
80
2.2
80
87
5
243
24
22
27
25
2.00
210607943--210607984
22
1.9
22
85
9
59
33
9
14
42
1.78
210619480--210619646
40
4.2
40
79
2
167
22
26
23
26
2.00
210619496--210619644
80
1.9
79
84
6
203
21
27
24
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
210630008--210630171
39
4.2
39
77
7
138
25
27
21
26
1.99
210630991--210631036
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
210634563--210634667
55
1.9
55
80
3
122
21
29
21
26
1.99
210640656--210640825
93
1.8
92
94
1
304
21
20
28
29
1.98
210640660--210640833
46
3.8
45
80
11
210
21
20
28
29
1.98
210640939--210640982
21
2.1
21
100
0
88
40
9
36
13
1.76
210642762--210642905
40
3.6
40
85
5
184
23
25
25
26
2.00
210648536--210648591
29
1.9
30
88
3
87
23
30
16
30
1.96
210656334--210656435
29
3.5
29
90
0
150
23
33
15
27
1.95
210657944--210658068
38
3.2
38
80
10
137
24
24
25
24
2.00
210665735--210665902
40
4.2
40
82
4
124
24
26
24
24
2.00
210665758--210665902
40
3.6
40
85
4
193
22
25
25
26
2.00
210676532--210676680
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
210676573--210676680
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
210684649--210684797
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
210684690--210684797
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
210695127--210695293
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
210699148--210699237
40
2.2
40
94
0
153
23
20
27
28
1.99
210704303--210704575
48
5.7
46
72
11
160
26
28
18
27
1.98
210709022--210709231
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
210717746--210717887
24
5.6
25
87
12
97
20
16
29
33
1.95
210717773--210717888
24
4.8
23
90
7
153
19
17
28
34
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
210717773--210717888
48
2.4
49
90
7
175
19
17
28
34
1.95
210717802--210717910
48
2.3
48
87
3
148
22
18
25
33
1.97
210725625--210725743
24
4.6
26
84
15
94
21
16
29
32
1.95
210725675--210725768
24
3.9
24
97
0
170
20
18
26
35
1.95
210725682--210725790
48
2.3
48
87
3
148
22
18
25
33
1.97
210733507--210733580
29
2.6
29
97
0
139
24
14
32
28
1.95
210733563--210733700
24
5.8
24
97
0
251
20
17
26
35
1.95
210736591--210736763
46
3.7
46
75
14
176
23
20
27
28
1.99
210736588--210736758
93
1.8
93
91
2
281
22
21
28
28
1.99
210743687--210743859
46
3.7
46
74
13
174
21
19
28
30
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770