genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.726.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  726  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229617984--229618134	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
229617984--229618134	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
229625926--229626106	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
229625956--229626106	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
229625956--229626106	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
229632252--229632383	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
229639247--229639538	139	2.1	140	98	1	559	22	10	28	38	1.87
229640173--229640298	29	4.5	29	85	10	156	27	15	32	23	1.95
229641800--229641899	28	3.5	28	87	5	121	29	14	27	30	1.95
229649798--229649898	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
229649827--229649898	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
229654734--229654804	27	2.6	27	93	4	115	28	26	14	30	1.95
229661854--229661954	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
229665093--229665186	34	2.8	34	88	3	127	28	25	22	23	1.99
229668769--229668978	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
229676733--229676951	64	3.4	63	77	9	217	31	16	29	23	1.96
229680628--229680688	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
229685054--229685113	30	2.0	29	83	3	75	36	8	25	30	1.85
229686175--229686223	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
229687040--229687206	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
229694165--229694213	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
229695034--229695200	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229696480--229696600	59	2.1	59	100	0	242	21	24	30	23	1.99
229699890--229700018	28	4.5	28	92	4	197	26	25	14	33	1.95
229699890--229700047	58	2.8	57	87	5	212	27	25	14	32	1.95
229699890--229700018	29	4.6	27	86	8	168	26	25	14	33	1.95
229707857--229708015	29	5.5	29	87	5	205	27	25	14	32	1.95
229713075--229713139	33	2.0	33	100	0	130	24	9	33	32	1.87
229717509--229717618	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
229717509--229717658	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
229721348--229721448	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
229729302--229729402	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
229736000--229736131	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
229739924--229740053	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
229742722--229742801	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
229750624--229750703	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
229755467--229755637	39	4.3	40	91	3	233	24	21	29	25	1.99
229763512--229763677	39	4.3	38	83	10	187	24	20	29	25	1.99
229763512--229763647	35	3.6	36	86	8	157	25	20	29	25	1.99
229765598--229765623	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
229766754--229766882	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
229772812--229772940	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
229778864--229778992	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
229788073--229788131	20	3.0	20	76	0	64	32	35	13	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229790084--229790243	29	5.5	29	86	6	198	27	25	13	33	1.94
229790084--229790243	30	5.5	30	86	8	204	27	25	13	33	1.94
229790084--229790214	59	2.3	57	90	5	201	26	25	13	34	1.93
229798051--229798208	29	5.5	29	88	7	205	26	25	14	32	1.95
229798051--229798208	59	2.8	56	87	4	201	26	25	14	32	1.95
229806910--229807010	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
229816259--229816466	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
229816285--229816466	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
229821849--229822034	40	4.7	40	89	5	236	25	21	26	26	1.99
229821849--229822067	80	2.8	80	76	14	220	26	21	26	26	1.99
229828717--229828803	29	3.0	29	100	0	174	27	27	13	31	1.94
229828673--229828803	58	2.3	58	85	2	165	25	31	16	26	1.96
229832157--229832331	45	3.8	46	80	13	225	28	29	21	20	1.98
229832165--229832335	93	1.8	92	96	1	315	27	30	21	20	1.98
229834697--229834785	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
229834697--229834776	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
229834708--229834785	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
229837600--229837771	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
229837592--229837767	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
229842874--229842969	42	2.3	42	82	7	117	33	27	14	25	1.94
229846229--229846400	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
229846221--229846396	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229848758--229848846	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
229848758--229848837	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
229848769--229848846	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
229851745--229851916	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
229851737--229851912	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
229859315--229859445	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
229859314--229859445	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
229864656--229864765	42	2.6	41	81	7	121	24	17	26	31	1.97
229864695--229864809	43	2.7	42	75	15	103	23	17	27	31	1.97
229866887--229867110	123	1.8	123	85	2	315	31	11	23	34	1.90
229867105--229867233	40	3.2	40	80	5	147	24	24	27	24	2.00
229872998--229873087	27	3.2	28	80	15	96	26	20	30	23	1.98
229873100--229873286	29	6.4	29	92	2	286	25	16	32	25	1.96
229873100--229873286	59	3.2	58	91	1	295	25	16	32	25	1.96
229873103--229873286	88	2.1	86	89	2	278	26	16	32	25	1.96
229882792--229882866	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
229882850--229882923	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
229888162--229888231	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
229896100--229896169	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
229912354--229912452	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
229920045--229920114	28	2.5	28	88	4	97	30	25	15	28	1.96
229921979--229922048	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229921979--229922060	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
229929888--229929957	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
229929888--229929969	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
229937345--229937386	17	2.5	17	84	3	59	4	19	4	71	1.22
229939513--229939696	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
229939553--229939741	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
229944107--229944184	27	3.0	24	83	11	75	16	24	21	37	1.94
229944347--229944442	6	15.8	6	72	18	74	19	18	14	46	1.83
229944337--229944433	31	3.2	31	92	1	151	19	19	13	47	1.82
229948758--229948818	21	3.0	21	86	11	90	14	37	26	21	1.92
229951883--229952005	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
229952108--229952185	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
229954199--229954507	29	10.7	29	94	1	496	25	17	32	24	1.97
229954991--229955089	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
229958192--229958314	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
229958417--229958493	36	2.1	37	97	2	147	28	19	31	20	1.97
229967356--229967458	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
229971569--229971699	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
229971569--229971699	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
229979497--229979627	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
229979497--229979627	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
229985064--229985193	28	4.5	30	84	5	160	31	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229985064--229985193	58	2.2	58	87	2	181	31	13	26	28	1.94
229989536--229989729	40	4.9	39	87	1	253	24	31	20	23	1.98
229997439--229997630	39	4.9	39	89	1	269	24	31	20	22	1.98
230005310--230005502	39	4.9	39	90	0	278	24	32	20	22	1.98
230016034--230016194	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
230018374--230018526	41	3.8	40	85	6	177	23	26	24	25	2.00
230020112--230020142	14	2.2	14	100	0	62	51	22	0	25	1.48
230021883--230022101	40	5.5	40	94	2	363	22	23	28	25	1.99
230030297--230030514	40	5.4	40	86	11	302	22	21	28	27	1.99
230030297--230030519	79	2.7	81	89	7	328	22	21	27	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770