genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  66  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19305300--19305544	122	2.0	122	93	0	418	39	20	9	31	1.84
19307420--19308236	101	7.7	109	81	8	790	27	0	14	57	1.42
19311322--19311353	15	2.1	15	94	0	55	65	0	21	12	1.25
19313563--19313608	19	2.4	19	92	0	74	17	50	15	17	1.79
19313653--19313972	159	2.0	157	80	4	349	36	23	15	24	1.93
19324809--19324996	94	2.0	94	91	0	304	30	10	20	38	1.86
19331674--19331843	94	1.8	90	88	5	259	31	11	17	39	1.85
19331813--19331923	24	4.6	24	71	10	75	25	13	27	33	1.93
19331887--19331949	24	2.6	25	87	5	85	22	15	28	33	1.95
19333810--19333929	30	4.0	30	98	0	231	22	37	26	13	1.91
19333823--19333875	17	3.4	17	66	28	53	22	39	24	13	1.90
19335646--19335725	40	2.0	40	97	0	151	43	17	11	27	1.83
19346189--19346536	49	7.1	49	97	0	633	32	9	28	29	1.89
19346605--19346691	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
19356776--19356948	49	3.5	48	80	9	213	25	16	27	31	1.96
19356771--19356963	49	3.9	50	78	5	194	26	17	26	30	1.97
19356771--19356958	100	1.9	100	94	0	331	25	17	26	30	1.97
19359709--19360051	27	12.7	27	85	1	411	38	21	9	30	1.85
19359709--19360102	54	7.3	54	84	1	430	38	22	8	30	1.84
19359709--19360102	27	14.6	26	78	6	304	38	22	8	30	1.84
19360090--19360305	27	8.0	27	86	0	263	35	19	20	24	1.96
19360712--19360793	6	13.3	6	73	19	71	18	18	15	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19360715--19360779	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
19367086--19367293	55	3.8	53	80	7	231	22	25	17	34	1.96
19367086--19367286	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	33	1.96
19369016--19369166	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
19369053--19369182	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
19377014--19377143	40	3.2	40	79	2	145	24	23	27	23	2.00
19385851--19385910	17	3.6	17	88	6	88	20	15	8	56	1.64
19385847--19385910	34	1.9	33	90	9	103	20	14	9	56	1.65
19387302--19387333	11	2.9	11	100	0	64	15	9	0	75	1.05
19391774--19391816	13	3.3	12	78	15	50	69	0	27	2	1.00
19394157--19394226	28	2.5	29	81	4	81	32	25	8	32	1.86
19394236--19394311	40	1.9	40	91	0	125	30	31	17	21	1.96
19400767--19400836	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
19400767--19400848	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
19416240--19416269	12	2.5	12	100	0	60	0	40	26	33	1.57
19417758--19417800	19	2.3	19	88	8	61	37	16	4	41	1.69
19432661--19432717	30	1.9	30	92	0	96	28	24	5	42	1.76
19438387--19438721	47	7.1	47	93	0	519	34	11	28	25	1.90
19438692--19438821	46	2.8	46	83	2	181	36	7	30	26	1.84
19440339--19440462	40	3.1	40	80	2	124	21	28	24	25	1.99
19444187--19444364	50	3.5	50	85	1	203	32	26	14	25	1.95
19447333--19447377	15	3.0	15	83	0	54	55	13	17	13	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19447521--19447554	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19452978--19453051	31	2.4	31	95	2	130	25	37	25	10	1.88
19456755--19456808	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
19460632--19460868	50	4.7	50	84	3	296	29	27	18	24	1.98
19460632--19460868	101	2.4	100	83	3	296	29	27	18	24	1.98
19466051--19466226	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
19466047--19466218	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
19469172--19469240	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
19469163--19469250	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
19471634--19471809	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
19471630--19471801	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
19478057--19478224	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
19481150--19481191	13	3.2	13	74	12	50	33	2	2	61	1.21
19483105--19483236	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
19490918--19491049	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
19494135--19494215	40	2.0	40	95	0	144	20	18	11	49	1.78
19500325--19500520	39	5.0	39	91	3	304	27	19	31	21	1.98
19500337--19500587	78	3.2	78	85	5	231	25	19	30	23	1.98
19514982--19515084	34	3.1	32	80	8	91	27	23	23	26	2.00
19527524--19527555	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
19529273--19529440	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
19534537--19534677	20	7.1	20	71	11	101	22	14	6	56	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19534560--19534707	41	3.7	40	75	18	114	22	14	8	53	1.69
19534801--19534842	19	2.2	20	80	20	54	61	0	7	30	1.22
19536969--19537058	21	4.3	20	67	13	65	21	4	30	44	1.71
19536977--19537028	14	3.8	13	75	10	50	17	0	32	50	1.47
19536964--19537028	28	2.3	28	76	5	69	18	0	30	50	1.47
19537004--19537034	14	2.2	14	94	0	53	19	3	38	38	1.68
19537084--19537115	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
19539067--19539145	39	2.0	39	92	0	131	24	12	13	49	1.77
19540622--19540747	60	2.1	60	98	0	243	34	7	13	45	1.71
19541071--19541607	106	5.2	106	89	5	814	34	6	4	54	1.47
19541709--19541853	9	16.1	9	70	16	95	46	16	4	33	1.66
19541712--19541965	18	13.9	18	69	13	121	46	14	3	35	1.62
19541752--19541965	78	2.8	77	87	5	283	45	14	3	35	1.64
19543684--19543709	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
19547412--19547442	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
19547864--19547991	43	3.0	43	84	1	157	26	23	17	32	1.97
19551633--19551813	20	9.1	19	67	20	79	56	8	15	18	1.64
19551716--19551813	20	4.8	20	73	13	85	58	11	13	17	1.63
19551878--19551936	18	3.3	18	73	21	70	20	6	0	72	1.06
19551881--19551937	16	3.4	16	73	21	62	19	8	0	71	1.11
19551877--19551944	35	1.9	35	100	0	136	19	8	0	72	1.11
19551887--19551948	17	3.6	18	77	14	76	22	8	0	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19552133--19552347	20	11.0	20	73	16	148	58	8	16	16	1.61
19552133--19552235	39	2.8	37	81	14	122	57	5	18	18	1.60
19552275--19552315	21	1.9	21	90	5	64	60	2	17	19	1.46
19552300--19552394	44	2.2	43	83	9	113	60	8	14	16	1.58
19552351--19552386	18	1.9	19	88	5	56	50	5	22	22	1.70
19552372--19552430	21	2.9	22	75	14	63	66	6	13	13	1.44
19560924--19560983	27	2.2	27	93	0	102	41	10	11	36	1.75
19563718--19563893	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
19563715--19563886	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
19565358--19565398	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
19568110--19568167	28	2.1	28	100	0	116	17	12	25	44	1.83
19569797--19569834	20	1.9	20	94	0	67	55	10	0	34	1.34
19584379--19584462	42	2.0	42	97	0	159	33	4	10	51	1.58
19584393--19584460	20	3.2	21	69	22	70	30	5	8	54	1.55
19587137--19587508	49	7.7	49	92	1	588	33	8	27	29	1.87
19587137--19587508	193	1.9	194	91	0	611	33	8	27	29	1.87
19587596--19587682	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
19589906--19590010	52	2.0	52	94	0	183	23	13	24	38	1.91
19590595--19590625	10	3.1	10	100	0	62	12	29	0	58	1.35
19592832--19592876	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
19600574--19600618	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
19601173--19601231	29	2.0	29	100	0	118	37	10	27	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19603250--19603305	21	2.6	21	77	11	60	60	14	0	25	1.34
19603476--19603558	34	2.5	33	81	11	105	27	22	22	26	1.99
19618354--19618387	11	3.0	11	86	4	50	58	0	0	41	0.98
19638224--19638263	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
19638363--19638419	24	2.4	24	82	11	64	36	0	0	63	0.95
19638392--19638426	16	2.2	16	90	10	54	48	0	0	51	1.00
19638405--19638467	27	2.3	27	76	15	76	52	6	1	39	1.37
19638407--19638478	27	2.7	26	78	10	65	55	6	1	36	1.35
19655939--19656001	31	2.0	31	100	0	126	38	19	12	30	1.89
19658589--19658648	30	2.0	30	86	0	84	38	8	25	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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