genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  247  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74043606--74043644	16	2.4	17	91	8	64	51	0	0	48	1.00
74050766--74050982	64	3.3	64	62	18	145	32	25	15	26	1.95
74050732--74051017	136	2.1	137	94	0	493	32	25	17	24	1.97
74052803--74052938	26	5.2	26	97	0	236	36	25	5	33	1.78
74053387--74053453	7	8.9	7	73	15	53	49	43	2	4	1.38
74053394--74053454	32	1.9	32	82	0	77	47	42	3	6	1.45
74054026--74054057	16	1.9	17	93	6	57	0	46	0	53	1.00
74054532--74054603	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
74068993--74069037	18	2.4	18	81	7	54	53	2	8	35	1.45
74068963--74069227	146	1.8	147	97	0	505	53	3	5	37	1.42
74069091--74069124	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
74069610--74069672	3	21.7	3	81	12	78	69	0	1	28	0.97
74074538--74074721	6	29.8	6	73	15	135	48	14	18	18	1.80
74074543--74074631	37	2.4	37	88	0	133	49	15	17	16	1.80
74074593--74074658	25	2.6	25	90	0	105	48	15	19	16	1.81
74074555--74074720	62	2.7	62	94	0	278	48	14	19	18	1.81
74074543--74074721	37	4.8	37	79	8	129	48	14	18	18	1.81
74074654--74074721	25	2.7	25	86	0	91	48	13	19	19	1.81
74074543--74074693	19	7.8	19	73	18	116	48	15	18	17	1.82
74074840--74074891	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
74075136--74075545	27	15.3	27	85	2	504	24	19	19	36	1.95
74075550--74075939	27	14.4	27	82	4	322	37	7	21	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74075475--74075831	190	1.9	189	82	5	452	33	9	21	34	1.86
74075919--74076084	27	6.2	27	75	10	128	31	9	19	39	1.84
74075550--74075939	54	7.2	54	79	5	360	37	7	21	33	1.82
74075918--74076091	53	3.3	54	79	5	201	31	9	20	37	1.85
74080127--74080337	64	3.2	64	61	20	142	29	25	18	26	1.98
74080093--74080379	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
74082158--74082321	26	6.3	26	94	0	265	36	23	5	34	1.78
74084293--74084330	16	2.5	15	87	8	58	28	5	7	57	1.49
74084562--74084619	26	2.3	25	80	13	66	36	3	5	55	1.39
74084601--74084660	21	2.8	20	77	22	61	26	6	3	63	1.35
74084917--74084964	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
74086546--74086703	26	6.2	25	87	7	237	34	6	22	36	1.80
74093606--74093761	26	6.2	26	87	3	221	34	6	23	35	1.80
74093606--74093761	51	3.1	51	90	5	246	34	6	23	35	1.80
74093614--74093761	76	1.9	78	90	2	237	34	6	22	35	1.81
74100382--74100480	28	3.5	28	86	4	119	28	27	15	29	1.96
74107739--74107839	30	3.5	30	82	9	111	28	26	14	29	1.95
74107739--74107839	28	3.5	28	85	6	105	28	26	14	29	1.95
74110149--74110177	15	1.9	15	100	0	58	37	6	13	41	1.72
74112597--74112625	14	2.1	14	100	0	58	13	31	13	41	1.84
74117598--74117672	23	3.0	23	77	17	78	26	30	17	25	1.97
74117598--74117701	51	2.0	52	84	1	138	25	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74117604--74117713	29	4.1	28	75	16	106	26	30	15	27	1.96
74118979--74119019	16	2.4	17	80	19	50	17	4	31	46	1.69
74119312--74119352	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
74121596--74121665	29	2.4	29	85	4	97	28	28	15	27	1.96
74121630--74121719	29	3.1	29	80	1	101	28	27	13	30	1.94
74123438--74123561	37	3.3	37	95	3	214	25	33	19	20	1.96
74123630--74123880	49	5.1	49	97	0	466	31	26	7	34	1.85
74123602--74123880	147	1.9	148	93	1	488	30	27	8	34	1.86
74130506--74130595	29	3.1	29	88	0	126	26	33	14	25	1.94
74130529--74130618	29	3.1	28	82	4	90	27	30	14	27	1.95
74132394--74132434	18	2.2	19	83	12	50	14	39	29	17	1.89
74135000--74135065	29	2.3	29	89	0	96	31	30	12	25	1.92
74135012--74135099	29	3.1	28	86	4	113	27	30	14	27	1.95
74135046--74135123	29	2.7	29	88	2	104	28	26	15	29	1.96
74135334--74135377	16	2.8	16	80	19	56	15	15	11	56	1.66
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74153435--74154140	27	26.3	27	83	4	680	26	20	18	34	1.95
74153418--74154141	54	13.5	54	87	2	976	26	20	17	34	1.95
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74156364--74156471	27	4.0	26	82	8	101	37	21	23	18	1.95
74156364--74156471	54	2.0	53	82	5	128	37	21	23	18	1.95
74157033--74157739	27	26.3	27	83	4	689	26	20	18	34	1.95
74157016--74157740	54	13.5	54	87	2	985	26	20	18	34	1.95
74157016--74157740	81	9.0	81	87	1	985	26	20	18	34	1.95
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74161583--74161651	27	2.6	26	86	9	86	31	8	27	31	1.87
74165589--74165744	40	3.9	41	84	3	192	26	23	26	23	2.00
74165590--74165763	80	2.2	80	83	5	210	25	22	26	25	2.00
74165589--74165763	40	4.4	40	78	7	178	26	22	26	25	2.00
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74175073--74175132	27	2.2	27	88	5	86	38	25	21	15	1.92
74175694--74175820	27	4.7	27	92	3	186	25	19	20	34	1.96
74175677--74175820	54	2.7	54	86	6	202	25	20	19	34	1.96
74175851--74175909	22	2.7	22	83	0	73	32	22	25	20	1.98
74176238--74176988	27	27.9	27	88	0	988	25	20	18	35	1.95
74175258--74176380	561	2.0	560	96	0	2077	31	25	17	24	1.97
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74196153--74196225	27	2.7	27	80	0	83	42	20	6	30	1.78
74196230--74196424	27	7.3	27	85	1	230	30	21	8	40	1.83
74196230--74196424	80	2.4	81	86	0	257	30	21	8	40	1.83
74196232--74196453	107	2.1	105	82	6	259	31	21	8	39	1.82
74196228--74196480	134	1.9	134	80	4	296	32	20	8	37	1.83
74196428--74196594	81	2.1	81	85	4	221	41	20	8	29	1.82
74196444--74196594	27	5.6	27	87	3	196	42	19	8	29	1.81
74196613--74196836	27	8.3	27	91	1	351	34	20	20	23	1.96
74196527--74196828	134	2.3	134	83	5	371	36	20	16	26	1.94
74196613--74196854	80	3.0	79	89	3	351	34	20	20	24	1.96
74197256--74197334	31	2.5	31	83	0	104	21	18	12	46	1.82
74197256--74197334	6	12.8	6	69	15	54	21	18	12	46	1.82
74198065--74198103	20	1.9	21	89	5	62	25	46	5	23	1.73
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74212100--74212282	79	2.3	80	89	1	271	22	24	27	24	2.00
74212100--74212315	79	2.7	78	81	9	251	23	25	27	23	2.00
74212060--74212315	40	6.5	39	85	7	245	23	24	28	24	2.00
74220171--74220394	40	5.6	39	81	11	217	22	24	28	24	1.99
74220211--74220394	79	2.3	80	90	0	280	22	24	28	24	2.00
74220171--74220427	119	2.2	120	82	4	306	23	24	28	23	2.00
74220211--74220427	79	2.7	79	85	3	276	23	24	28	23	2.00
74225032--74225139	28	3.8	28	78	8	112	25	30	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74225366--74225410	8	5.5	8	81	5	54	13	24	13	48	1.78
74225366--74225417	8	6.4	8	82	4	50	13	23	15	48	1.80
74225366--74225418	25	2.1	25	93	6	90	13	22	15	49	1.79
74226650--74226681	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
74232992--74233241	27	9.3	26	79	5	207	22	16	19	41	1.90
74232992--74233217	54	4.2	54	86	1	247	23	16	18	41	1.90
74232993--74233241	81	3.1	81	82	4	254	22	16	19	41	1.90
74235902--74236033	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
74235872--74236033	88	1.8	89	89	1	254	36	14	24	25	1.93
74235902--74236033	29	4.5	29	96	1	237	37	14	23	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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