genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.558.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  558  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173731989--173732033	22	2.0	24	91	8	76	51	11	17	20	1.75
173733142--173733196	19	2.9	18	72	15	56	10	21	1	65	1.33
173734446--173734490	11	4.0	11	97	2	81	17	0	11	71	1.14
173735113--173735175	27	2.2	29	81	16	87	41	9	7	41	1.67
173737993--173738156	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
173737993--173738190	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
173757398--173757447	26	1.9	26	91	0	82	24	16	26	34	1.95
173764680--173764784	40	2.6	40	90	3	158	21	23	27	26	1.99
173764680--173764816	40	3.5	39	83	6	143	24	22	26	26	2.00
173765043--173765086	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
173770546--173770710	40	4.1	40	79	6	165	26	25	21	26	2.00
173781428--173781594	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
173787811--173800729	7	1854.3	7	98	1	25087	42	42	0	14	1.45
173800730--173800880	22	6.7	23	81	6	130	40	30	17	11	1.85
173800797--173800882	23	3.8	23	90	1	129	39	26	20	12	1.89
173800730--173800878	45	3.3	44	82	4	138	40	30	16	12	1.84
173800748--173800882	45	3.0	44	80	4	144	39	31	17	11	1.85
173807164--173807197	14	2.4	14	95	5	59	20	0	35	44	1.52
173809601--173809629	14	2.1	14	100	0	58	72	0	27	0	0.85
173819711--173819773	31	2.0	31	100	0	126	57	3	33	6	1.40
173826735--173826775	22	1.9	22	90	5	66	41	19	4	34	1.73
173826915--173826955	22	1.9	22	90	5	66	41	19	4	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173826702--173827064	180	2.0	180	99	0	717	36	18	18	26	1.94
173832476--173832639	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
173832476--173832673	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
173840043--173840206	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
173840043--173840240	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
173842052--173842135	42	2.0	42	100	0	168	28	33	7	30	1.84
173851611--173851677	29	2.3	30	92	5	118	40	5	10	43	1.63
173853474--173853575	6	16.8	6	73	17	86	50	13	15	20	1.78
173853453--173853516	18	3.6	18	79	8	67	51	15	15	17	1.77
173853474--173853575	30	3.4	30	88	1	150	50	13	15	20	1.78
173853693--173853779	27	3.3	26	85	4	111	36	24	21	17	1.94
173853978--173854173	27	7.3	27	81	0	212	26	19	19	35	1.95
173854178--173854712	27	19.8	27	83	5	571	41	10	20	26	1.85
173854178--173854705	81	6.5	81	88	4	663	41	10	21	26	1.85
173856437--173856644	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
173856437--173856642	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
173864535--173864676	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
173864574--173864686	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
173872609--173872778	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
173880615--173880784	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
173886175--173886373	39	5.1	39	85	5	231	25	32	20	22	1.98
173886213--173886362	78	1.9	79	93	1	257	24	32	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173891485--173891694	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
173899620--173899829	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
173902910--173902937	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
173904362--173904607	40	6.2	40	93	2	415	24	22	24	28	1.99
173911103--173911130	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
173920287--173920387	29	3.5	29	100	0	202	26	14	31	26	1.95
173923617--173923654	19	2.0	19	94	0	67	21	13	21	44	1.85
173923636--173923707	37	1.9	37	94	0	126	22	15	30	31	1.94
173924353--173924392	21	1.9	21	89	0	62	37	17	22	22	1.94
173924361--173924402	21	2.0	21	85	0	57	35	19	21	23	1.96
173924488--173924527	21	1.9	21	94	0	71	40	20	10	30	1.85
173929045--173929119	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
173929103--173929176	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
173937060--173937134	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
173937118--173937191	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
173939843--173940028	40	4.6	41	83	6	206	25	22	26	25	2.00
173943428--173943606	40	4.4	40	82	3	198	26	22	26	24	2.00
173943428--173943606	80	2.2	80	85	4	236	26	22	26	24	2.00
173943462--173943632	80	2.1	80	81	2	191	28	22	25	23	2.00
173951449--173951627	40	4.5	40	82	8	197	26	23	26	24	2.00
173951451--173951627	80	2.2	80	85	5	234	25	23	26	23	2.00
173951485--173951641	79	2.0	79	82	5	192	28	23	25	22	1.99
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173954179--173954394	40	5.5	40	91	4	325	22	23	28	25	1.99
173954179--173954394	78	2.7	80	90	5	325	22	23	28	25	1.99
173962318--173962575	40	6.5	40	89	2	351	22	23	28	25	2.00
173970510--173970738	48	4.9	48	75	9	220	24	20	24	30	1.99
173975615--173975751	25	5.5	25	92	0	202	27	12	10	48	1.74
173976567--173976786	45	5.0	45	89	2	304	23	21	28	26	1.99
173980321--173980492	46	3.7	46	78	10	197	29	27	20	22	1.99
173980326--173980496	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
173980919--173980978	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
173982581--173982622	5	8.4	5	79	10	50	83	0	16	0	0.65
173982586--173982622	11	3.5	11	85	7	58	83	0	16	0	0.64
173982586--173982622	16	2.3	16	95	0	65	83	0	16	0	0.64
173983897--173984115	29	7.6	29	91	0	339	27	14	31	26	1.95
173983896--173984115	87	2.5	87	94	0	377	27	14	31	26	1.95
173983897--173984172	87	3.2	87	87	3	297	26	14	32	26	1.95
173992031--173992162	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
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174001260--174001335	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
174008576--174008627	20	2.5	20	93	3	86	53	17	13	15	1.72
174008833--174008937	26	4.0	26	94	0	192	36	25	6	31	1.82
174011435--174011495	25	2.4	25	86	0	95	34	18	14	32	1.91
174013407--174013464	28	2.1	28	96	0	107	31	6	5	56	1.47
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174013417--174013464	16	3.2	16	66	22	50	31	4	4	60	1.35
174021408--174021566	24	6.6	24	95	0	264	36	25	17	20	1.94
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174029261--174029419	24	6.6	24	97	0	273	36	25	17	20	1.94
174029239--174029419	48	3.8	47	91	2	245	35	24	17	22	1.95
174037434--174037599	40	4.2	40	80	5	167	24	26	24	25	2.00
174045289--174045439	40	3.8	40	77	11	148	23	27	24	25	2.00
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174047151--174047247	40	2.4	40	81	6	99	25	21	26	25	2.00
174048864--174048922	26	2.2	26	87	3	82	37	16	10	35	1.83
174048879--174048931	26	2.0	26	96	0	97	30	22	15	32	1.94
174048995--174049173	27	6.7	27	85	3	182	43	21	7	27	1.80
174048995--174049201	54	3.9	54	80	4	195	43	20	7	28	1.78
174048995--174049201	81	2.6	81	81	2	202	43	20	7	28	1.78
174049049--174049311	27	9.7	27	78	8	187	43	19	7	29	1.77
174049157--174049312	55	2.9	54	85	4	197	44	17	8	29	1.78
174048864--174049312	27	16.7	27	76	8	177	40	19	9	30	1.83
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174051509--174051667	28	5.5	30	86	9	213	32	13	25	27	1.94
174051509--174051667	58	2.8	57	87	6	214	32	13	25	27	1.94
174059383--174059483	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
174059383--174059483	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174067256--174067354	28	3.4	30	84	6	132	32	13	25	29	1.93
174075128--174075287	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
174075128--174075287	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
174080321--174080431	40	2.8	39	83	6	134	23	23	28	24	1.99
174080321--174080471	40	3.8	39	79	8	128	23	23	28	25	1.99
174088310--174088421	40	2.8	39	82	8	127	23	23	28	25	1.99
174088310--174088461	40	3.8	39	77	10	121	23	23	28	25	1.99
174093388--174093524	29	4.7	29	79	8	127	27	29	15	28	1.96
174093389--174093523	60	2.3	58	82	5	155	27	29	15	27	1.96
174101450--174101586	29	4.7	29	79	8	127	27	29	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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