genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.696.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  696  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219471300--219471366	33	2.0	33	100	0	134	28	20	20	29	1.98
219471529--219471553	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
219472644--219472783	39	3.6	39	91	1	228	49	2	17	30	1.61
219477250--219477280	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
219493905--219494088	93	2.0	93	84	0	242	21	19	20	39	1.93
219494655--219494866	87	2.4	88	79	12	231	36	11	10	41	1.76
219494655--219494874	89	2.5	87	78	7	225	35	12	11	40	1.79
219497678--219497757	21	3.8	21	70	9	72	15	35	27	22	1.94
219497678--219497772	43	2.2	43	84	3	120	15	35	25	23	1.94
219499468--219499537	27	2.5	28	90	2	106	28	25	15	30	1.96
219500041--219500070	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
219501058--219501111	28	1.9	28	100	0	108	48	18	7	25	1.74
219505642--219505825	48	3.9	48	89	0	244	26	15	33	24	1.95
219505749--219505957	42	4.7	42	76	10	150	24	16	30	28	1.97
219507455--219507553	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
219515116--219515214	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
219520353--219520482	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
219520369--219520519	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
219520353--219520519	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
219528383--219528549	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
219528399--219528549	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
219536656--219536808	67	2.3	67	96	0	288	20	32	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219537318--219537378	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
219539745--219539965	40	5.6	40	88	2	304	23	19	26	29	1.98
219547762--219547903	40	3.6	40	90	2	216	24	22	27	25	2.00
219552350--219552402	27	2.0	27	88	0	79	32	3	11	52	1.55
219554717--219554760	22	2.0	22	82	8	54	29	15	18	36	1.92
219554739--219554808	25	2.8	25	77	2	77	24	21	22	31	1.98
219554945--219554990	24	2.0	24	83	8	60	36	0	13	50	1.41
219555805--219555884	42	1.9	42	82	5	99	20	23	30	26	1.98
219559019--219559142	39	3.2	39	89	1	185	25	33	20	21	1.97
219564762--219564915	39	3.9	39	86	0	191	24	31	21	22	1.98
219564792--219564915	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
219568992--219569242	27	9.3	27	85	6	312	28	23	8	39	1.84
219569003--219569331	27	12.2	27	79	3	106	31	23	8	36	1.85
219568992--219569241	54	4.6	54	91	0	401	28	23	8	39	1.84
219568992--219569242	81	3.1	81	85	4	371	28	23	8	39	1.84
219569235--219569385	54	2.8	54	91	0	239	41	21	7	30	1.80
219569235--219569388	27	5.7	27	81	0	200	40	20	7	31	1.81
219569228--219569388	81	2.0	81	86	0	223	39	20	8	31	1.82
219570990--219571153	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
219570990--219571187	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
219578505--219578691	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
219578528--219578691	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219578528--219578725	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
219582193--219582368	39	4.5	39	76	12	139	26	25	21	27	1.99
219585468--219585653	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
219588742--219588767	8	3.2	8	100	0	52	0	23	15	61	1.33
219595932--219596117	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
219599741--219599842	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
219607599--219607700	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
219610971--219611010	19	2.2	18	86	4	53	40	10	0	50	1.36
219618122--219618336	40	5.4	40	93	1	335	26	27	23	22	1.99
219618587--219618670	41	2.0	41	97	0	159	39	16	9	34	1.81
219620287--219620458	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
219620279--219620454	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
219622828--219622916	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
219622828--219622907	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
219622839--219622916	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
219625866--219626036	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
219625858--219626038	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
219633603--219633725	46	2.7	46	90	0	192	22	20	26	30	1.98
219637530--219637605	19	4.3	17	72	20	57	28	3	3	63	1.30
219637536--219637578	8	4.8	9	81	18	54	32	2	0	65	1.06
219637523--219637605	27	3.1	26	75	16	71	30	3	3	62	1.29
219637511--219637579	18	3.8	17	77	9	66	30	2	1	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219637840--219637902	32	2.0	32	100	0	126	26	12	12	47	1.78
219641084--219641117	17	1.9	18	94	5	61	32	0	2	64	1.08
219647951--219648101	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
219647988--219648117	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
219653035--219653071	13	2.8	13	87	0	56	8	40	29	21	1.82
219654580--219654789	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
219673177--219673258	32	2.6	30	81	11	85	48	7	3	40	1.48
219675909--219676039	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
219675908--219676039	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
219683848--219683978	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
219683847--219683978	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
219696163--219696192	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
219696798--219696898	27	3.6	29	79	11	86	30	13	26	28	1.94
219696849--219697007	55	2.9	55	99	0	309	27	13	23	35	1.92
219696830--219697007	27	6.4	27	81	3	212	28	14	23	34	1.93
219699040--219699211	40	4.3	40	77	5	179	27	26	20	26	1.99
219702051--219702353	49	6.4	49	89	7	473	29	9	32	29	1.88
219702105--219702353	137	1.8	138	96	0	464	28	9	32	29	1.88
219702455--219702539	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
219704355--219704599	40	6.1	40	95	0	346	28	20	26	24	1.99
219704773--219704965	29	6.7	29	96	0	341	26	16	32	24	1.96
219708341--219708651	49	6.4	49	95	1	545	29	9	32	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219708753--219708837	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
219710605--219710759	28	5.5	28	74	6	150	27	33	21	17	1.96
219710575--219710788	57	3.7	57	91	3	349	28	35	18	17	1.94
219710575--219710790	29	7.5	29	71	6	161	27	36	18	17	1.94
219712771--219712877	28	3.8	28	88	0	142	29	24	9	36	1.87
219715559--219716005	84	5.3	85	84	8	571	21	23	20	34	1.97
219715559--219716004	170	2.7	168	86	9	608	21	23	20	34	1.96
219715627--219715992	42	8.7	42	66	17	190	21	22	20	35	1.96
219724211--219724242	9	3.7	9	95	4	57	43	12	21	21	1.86
219728593--219728693	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
219736668--219736768	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
219739568--219739597	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
219740135--219740245	3	37.3	3	90	8	174	65	2	0	31	1.06
219742912--219742949	15	2.5	16	83	12	53	26	7	15	50	1.72
219743624--219743665	17	2.6	17	88	7	61	71	4	2	21	1.16
219744811--219744900	18	4.9	17	76	14	72	27	0	4	67	1.09
219744821--219744899	19	4.2	20	76	14	69	25	0	5	69	1.08
219744818--219744893	36	2.1	36	85	4	100	27	0	5	67	1.12
219744866--219744906	20	2.1	19	90	4	64	31	0	4	63	1.15
219745407--219745459	22	2.5	22	84	6	65	54	9	1	33	1.43
219747605--219747638	17	2.1	16	88	5	50	55	0	0	44	0.99
219747614--219747664	21	2.4	21	75	12	50	54	3	1	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219749095--219749119	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
219750809--219750989	40	4.6	40	88	2	251	21	27	23	27	1.99
219751581--219751606	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
219758844--219759060	40	5.6	40	88	5	304	22	28	22	26	1.99
219758844--219759060	78	2.8	80	86	6	304	22	28	22	26	1.99
219765838--219766008	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
219765833--219766005	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
219766429--219766488	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
219769774--219769924	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
219769811--219769940	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770