genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  233  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69858160--69858232	38	1.9	38	88	0	110	36	6	32	23	1.81
69858106--69858289	92	2.0	92	83	0	233	41	7	24	26	1.81
69858134--69858260	65	2.0	65	85	3	175	40	6	26	26	1.80
69858062--69858337	146	1.9	146	86	0	399	40	7	23	28	1.83
69858070--69858316	119	2.1	119	85	0	332	41	8	23	26	1.83
69858198--69858364	54	3.1	54	80	0	199	37	8	24	28	1.86
69865628--69865665	19	2.0	19	85	10	51	42	21	15	21	1.89
69865669--69865782	42	2.7	43	82	8	135	27	25	19	28	1.99
69872520--69872700	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
69872522--69872692	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
69875614--69875682	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
69875605--69875692	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
69878046--69878221	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
69878042--69878213	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
69879760--69879944	79	2.3	79	81	4	212	27	29	18	24	1.98
69879797--69879941	39	3.7	40	88	0	195	24	30	20	24	1.99
69887451--69887605	79	2.0	79	87	2	222	24	31	21	22	1.98
69887451--69887605	39	3.9	40	88	0	206	24	31	21	22	1.98
69895081--69895239	39	4.1	39	88	1	201	26	31	19	22	1.98
69895048--69895239	79	2.4	78	84	3	233	26	30	19	24	1.98
69899835--69900027	79	2.4	79	83	4	228	25	29	19	24	1.99
69899849--69900027	39	4.5	40	85	0	209	26	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69905762--69905799	18	2.1	18	100	0	76	26	10	10	52	1.68
69915469--69915804	40	8.4	40	89	1	480	23	21	28	25	1.99
69915469--69915804	80	4.2	80	93	1	534	23	21	28	25	1.99
69923382--69923702	40	8.1	40	90	2	477	23	21	29	26	1.99
69923385--69923706	158	2.0	157	89	3	495	23	20	28	26	1.99
69927548--69927711	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
69927548--69927745	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
69933643--69933684	22	2.0	22	90	4	68	28	0	21	50	1.49
69937965--69938017	25	2.2	24	86	10	72	16	16	22	43	1.88
69939181--69939342	68	2.4	68	78	4	173	25	23	14	35	1.93
69940990--69941102	24	4.8	24	77	6	106	36	15	23	24	1.94
69946295--69946458	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
69946295--69946492	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.95
69953398--69953561	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
69953398--69953595	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
69955568--69955752	40	4.6	40	85	4	223	31	19	23	25	1.98
69955555--69955780	40	5.7	40	82	4	201	28	20	24	26	1.99
69960141--69960386	49	5.0	49	85	3	321	28	27	19	25	1.98
69960633--69960686	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
69966414--69966505	28	3.3	28	93	3	150	34	27	7	30	1.85
69966609--69966697	27	3.2	27	82	10	110	20	23	23	32	1.98
69966619--69966708	27	3.2	28	82	6	94	22	25	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69973765--69973823	24	2.5	24	97	0	109	20	16	23	38	1.92
69981447--69981509	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
69984922--69984985	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
69985101--69985177	27	2.7	27	84	9	93	23	24	18	33	1.96
69985101--69985191	27	3.2	28	81	7	87	23	25	18	32	1.97
69985101--69985205	55	1.9	56	80	9	126	20	23	19	36	1.95
69986774--69986905	39	3.4	39	94	0	219	28	19	28	23	1.98
69986774--69986923	78	1.9	78	83	2	194	28	20	28	22	1.99
69988942--69989015	24	3.1	24	94	0	130	39	12	20	28	1.88
69988920--69989015	48	2.0	49	87	8	142	36	13	21	28	1.92
69989321--69989432	43	2.6	42	81	5	127	28	22	16	33	1.95
69993577--69993706	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
69993577--69993739	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
70007624--70007654	14	2.1	15	94	5	55	87	0	12	0	0.55
70017098--70017134	1	37.0	1	88	0	56	0	2	2	94	0.36
70025804--70025875	34	2.1	34	97	2	137	33	15	8	43	1.76
70031961--70032013	22	2.4	22	81	6	63	30	3	26	39	1.74
70031981--70032011	7	4.3	7	92	8	53	29	0	29	41	1.56
70041374--70041561	40	4.7	40	81	7	202	27	26	22	23	2.00
70044637--70044820	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
70044677--70044865	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70053728--70053793	29	2.3	29	97	0	123	30	16	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70058009--70058290	40	7.1	40	92	3	410	23	21	27	26	1.99
70065020--70065093	25	2.8	26	80	8	96	40	9	22	27	1.85
70065020--70065094	27	2.9	27	78	13	93	41	9	22	26	1.84
70067406--70067458	27	2.0	27	100	0	106	28	3	22	45	1.70
70069014--70069281	46	5.8	46	77	15	300	27	29	21	20	1.98
70069022--70069286	93	2.8	93	98	0	503	27	30	21	20	1.98
70072209--70072269	21	3.0	21	97	2	115	9	39	29	21	1.85
70074035--70074120	44	2.0	43	86	2	118	26	15	27	30	1.96
70074090--70074189	42	2.3	43	82	1	130	31	19	24	26	1.98
70074090--70074207	42	2.8	42	76	11	114	27	20	26	25	1.99
70092832--70092970	42	3.2	41	76	9	118	30	17	23	28	1.97
70094517--70094578	21	3.1	21	68	13	67	38	0	19	41	1.51
70094501--70094578	39	2.0	39	97	0	147	39	1	17	41	1.58
70095179--70095217	19	2.1	19	85	9	53	61	5	0	33	1.18
70098661--70098724	27	2.4	27	84	2	76	20	18	20	40	1.91
70102262--70102330	27	2.5	28	90	2	104	28	14	26	30	1.95
70108566--70108750	40	4.6	39	80	5	176	24	23	27	24	2.00
70108566--70108750	79	2.3	82	82	7	220	24	23	27	24	2.00
70120549--70120579	4	7.8	4	92	0	53	74	0	25	0	0.82
70120549--70120586	12	3.2	12	88	3	60	73	0	26	0	0.83
70123609--70123642	16	2.1	16	88	5	50	41	2	0	55	1.15
70136009--70136089	27	3.0	27	80	3	74	37	19	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70136042--70136109	27	2.5	26	80	13	75	35	20	19	25	1.96
70136230--70136289	26	2.3	26	83	8	70	28	21	20	30	1.98
70136248--70136304	27	2.2	26	80	3	60	28	17	15	38	1.91
70143534--70143681	40	3.7	40	90	5	212	22	26	29	21	1.99
70143490--70143713	40	5.6	39	81	6	175	25	24	27	22	2.00
70143491--70143722	80	2.9	77	77	9	209	24	24	28	22	2.00
70143574--70143753	80	2.2	80	81	1	191	21	26	29	22	1.99
70149287--70149416	50	2.6	50	87	4	183	32	16	14	36	1.90
70150672--70150705	16	2.1	16	88	0	50	29	8	8	52	1.62
70152323--70152520	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70152389--70152506	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70152357--70152520	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70159885--70160082	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70159951--70160068	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70159919--70160082	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70163798--70163946	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
70163839--70163946	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
70171877--70172025	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
70171918--70172025	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
70176222--70176336	29	4.0	28	82	2	131	28	14	26	29	1.95
70185329--70185414	37	2.3	37	91	0	145	23	31	19	25	1.98
70185459--70185651	48	4.0	48	94	0	341	31	26	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70185615--70185685	34	2.1	34	100	0	142	32	25	8	33	1.86
70185567--70185733	82	2.0	82	98	0	325	32	26	8	32	1.86
70185519--70185762	130	1.9	130	97	0	461	31	27	8	33	1.87
70185649--70185762	48	2.4	48	100	0	228	30	27	8	33	1.87
70197247--70197421	46	3.8	46	93	0	260	18	20	30	30	1.96
70198767--70198930	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
70198767--70198964	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.95
70202528--70202565	13	3.1	13	92	7	62	13	7	0	78	0.94
70202926--70202956	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
70204393--70204588	100	2.0	100	88	0	293	37	14	23	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770