Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  522  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
162033149--162033187
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
162034155--162034182
14
2.0
14
100
0
56
42
7
14
35
1.73
162038699--162038738
16
2.5
15
80
11
53
7
22
15
55
1.65
162047036--162047619
40
14.6
40
89
0
864
25
28
21
24
1.99
162048623--162049286
40
16.6
40
90
0
1044
24
21
29
25
1.99
162050020--162050239
37
5.9
37
95
0
386
23
18
31
27
1.97
162053318--162053387
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
162053318--162053399
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
162058295--162058397
29
3.6
28
80
5
116
29
33
16
21
1.95
162071829--162072008
40
4.6
40
86
6
244
25
22
26
26
2.00
162071844--162071992
78
1.9
78
89
5
230
24
22
25
26
2.00
162073754--162073872
29
4.2
29
76
6
118
29
13
28
28
1.94
162090053--162090182
40
3.2
40
83
4
165
22
25
29
23
1.99
162098154--162098283
40
3.2
40
83
4
165
22
25
29
23
1.99
162101551--162101580
14
2.1
15
93
6
53
63
13
10
13
1.52
162104977--162105106
40
3.2
40
84
4
174
22
24
29
23
1.99
162110170--162113706
7
506.1
7
92
5
5689
43
43
0
12
1.42
162113707--162113852
22
6.7
22
76
10
131
39
28
18
13
1.88
162113750--162113828
41
1.9
41
89
0
122
40
27
16
15
1.88
162113730--162113869
63
2.2
63
83
7
176
40
30
17
12
1.87
162113843--162113892
20
2.5
20
96
0
91
36
32
20
12
1.89
162115817--162116461
324
2.0
324
98
0
1245
48
13
18
19
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
162123450--162123514
30
2.1
31
97
2
123
26
20
20
33
1.96
162138135--162138205
31
2.2
32
82
7
83
36
21
23
18
1.95
162144847--162144929
39
2.1
39
86
0
121
20
18
38
22
1.93
162148425--162148478
16
3.4
16
71
5
56
29
22
25
22
1.99
162148578--162148692
42
2.7
43
82
4
135
31
12
30
26
1.92
162148815--162149003
99
1.9
98
84
7
251
58
12
10
19
1.62
162153642--162153704
31
2.0
31
100
0
126
57
3
33
6
1.40
162155729--162155945
40
5.5
40
92
3
334
24
28
23
23
1.99
162155729--162155945
79
2.7
79
90
4
332
24
28
23
23
1.99
162155729--162155945
119
1.8
119
88
5
332
24
28
23
23
1.99
162164196--162164357
40
4.1
40
88
4
231
24
22
27
25
2.00
162164196--162164364
79
2.1
79
83
6
200
25
22
26
25
2.00
162167116--162167331
39
5.5
40
89
4
316
25
28
22
23
1.99
162167130--162167335
79
2.6
78
90
4
317
26
28
21
23
1.99
162174850--162174945
39
2.5
39
93
1
167
27
17
30
25
1.97
162174850--162174974
39
3.2
38
86
6
162
25
19
29
25
1.98
162174850--162174999
79
1.9
76
80
6
167
25
18
28
27
1.98
162182834--162182933
39
2.6
39
91
0
173
27
20
29
24
1.99
162191222--162191251
14
2.1
14
100
0
60
36
6
40
16
1.75
162199425--162199781
47
7.6
47
75
12
247
24
30
17
26
1.97
162199425--162199735
45
6.7
46
77
15
209
24
30
17
27
1.97
162200931--162201099
35
4.6
35
84
8
178
33
23
10
32
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
162208414--162208585
75
2.4
73
83
8
217
33
23
11
31
1.90
162208419--162208585
35
4.6
35
86
7
192
33
23
10
31
1.89
162212554--162212587
16
2.1
16
88
0
50
58
5
5
29
1.45
162213074--162213135
29
2.2
27
82
8
70
33
9
0
56
1.32
162213100--162213158
21
3.0
21
81
13
63
27
8
0
64
1.22
162213122--162213172
20
2.5
21
75
15
54
23
7
0
68
1.15
162213099--162213184
33
2.6
35
71
15
83
27
8
0
63
1.22
162213221--162213277
5
10.6
5
76
12
51
28
17
1
52
1.54
162213445--162213478
10
3.3
10
84
8
50
26
0
0
73
0.83
162213442--162213475
11
3.2
11
83
8
52
29
0
0
70
0.87
162213698--162213788
5
16.6
5
80
17
101
21
18
0
59
1.38
162213698--162213793
11
8.7
11
81
10
99
23
17
0
58
1.39
162213698--162213799
17
5.8
17
73
15
57
24
16
0
58
1.38
162213784--162213932
22
6.8
21
72
20
92
24
12
0
62
1.30
162213784--162213913
20
5.9
20
66
28
61
24
12
0
63
1.29
162213804--162214144
27
14.0
25
69
24
189
24
12
0
63
1.29
162213906--162213960
28
2.0
28
92
7
94
27
10
0
61
1.29
162213852--162214112
48
5.4
47
75
11
219
25
10
0
64
1.25
162213922--162214110
94
2.0
96
85
4
258
26
10
0
63
1.26
162214017--162214159
75
1.9
76
85
4
200
25
11
0
62
1.28
162213804--162214125
48
6.7
46
73
15
206
24
11
0
63
1.28
162213781--162214160
48
7.9
48
70
17
157
24
12
0
63
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
162214060--162214156
27
3.6
27
80
16
103
24
11
0
63
1.27
162221400--162221493
46
2.0
46
100
0
188
34
14
14
36
1.88
162228624--162228686
27
2.4
27
87
10
87
33
4
3
58
1.35
162233169--162233202
11
3.0
11
83
8
50
67
0
0
32
0.91
162236240--162236349
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
162238129--162238413
136
2.1
136
98
0
552
24
18
25
31
1.98
162242155--162242264
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
162244045--162244320
136
2.1
128
92
6
455
24
18
25
32
1.97
162247596--162247801
40
5.2
39
80
8
195
25
26
23
25
2.00
162247596--162247800
78
2.6
80
82
5
229
25
26
23
24
2.00
162255639--162255846
40
5.2
39
82
3
202
25
25
23
25
2.00
162255639--162255845
80
2.6
80
82
3
238
25
26
23
25
2.00
162259897--162259932
2
18.0
2
94
0
63
50
2
0
47
1.15
162261068--162261218
47
3.3
47
81
3
182
33
9
29
27
1.89
162262473--162262697
40
5.6
40
85
2
290
23
27
24
25
2.00
162262437--162262697
80
3.3
80
83
3
312
23
26
24
25
2.00
162270494--162270717
40
5.6
40
83
3
290
23
27
23
25
2.00
162270458--162270717
80
3.3
79
84
4
310
24
26
23
25
2.00
162270458--162270717
120
2.2
118
83
6
321
24
26
23
25
2.00
162274279--162274590
40
7.8
39
86
2
408
22
20
29
28
1.98
162274754--162274804
25
2.0
25
85
7
68
31
13
33
21
1.92
162278426--162278642
40
5.4
40
83
3
267
23
27
23
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
162278390--162278642
79
3.2
79
82
5
278
24
26
23
25
2.00
162283911--162284052
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
162283950--162284078
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
162291817--162291862
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
162298805--162298969
40
4.2
40
79
5
167
24
27
21
25
1.99
162298821--162298929
38
2.8
37
84
5
128
24
30
22
22
1.99
162298821--162298968
78
1.9
77
83
6
192
24
28
22
25
1.99
162299791--162299836
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
162301814--162301869
15
3.7
15
85
7
78
10
16
10
62
1.54
162304270--162304445
46
3.8
45
76
10
185
22
20
28
28
1.98
162304267--162304437
93
1.8
93
92
0
288
22
21
28
28
1.99
162307670--162307740
16
4.5
14
77
19
54
35
1
1
61
1.13
162307702--162307752
26
2.0
26
85
14
70
31
5
0
62
1.19
162307875--162307949
16
4.9
16
68
26
56
32
6
1
60
1.31
162308020--162308059
20
2.0
20
85
9
55
40
10
0
50
1.36
162308052--162308095
22
2.0
22
83
12
56
29
6
6
56
1.51
162312650--162312768
43
2.8
42
73
12
116
30
26
18
24
1.98
162321970--162322140
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
162321962--162322137
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
162324509--162324597
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
162324509--162324588
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
162324520--162324597
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
162327542--162327671
46
2.8
48
80
13
164
30
28
20
21
1.98
162330370--162330472
29
3.6
28
80
5
116
29
33
16
21
1.95
162338332--162338401
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
162338332--162338413
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
162346127--162346196
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
162346127--162346208
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
162351263--162351734
47
10.1
47
94
1
801
34
12
28
24
1.92
162351263--162351734
139
3.4
141
94
1
819
34
12
28
24
1.92
162351263--162351731
186
2.5
186
95
0
848
33
12
28
24
1.92
162364491--162364538
18
2.6
19
83
9
55
54
2
2
41
1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770