Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  20  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5422761--5422804
23
2.0
22
86
4
61
54
20
0
25
1.45
5423420--5423526
42
2.5
42
80
10
119
28
27
21
23
1.99
5430942--5430997
23
2.6
22
72
13
55
42
25
7
25
1.80
5431792--5431935
71
2.0
71
100
0
288
36
29
15
18
1.92
5434197--5434238
13
3.2
13
77
12
50
30
23
19
26
1.98
5434398--5434512
45
2.5
44
77
6
115
40
21
16
20
1.91
5434477--5434575
45
2.3
43
77
7
101
41
18
13
27
1.87
5435129--5435603
28
17.0
28
77
7
342
55
6
15
22
1.63
5437391--5437456
25
2.7
23
78
15
71
56
1
1
40
1.18
5437423--5437464
16
2.6
17
85
7
61
57
0
0
42
0.99
5449123--5449856
176
4.1
177
85
3
915
29
16
24
29
1.97
5449917--5449976
30
2.0
30
96
0
111
30
21
16
31
1.96
5451553--5451602
18
2.8
18
76
11
57
30
4
8
58
1.45
5451894--5451925
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
5456368--5456670
130
2.3
132
78
3
353
34
16
16
32
1.91
5457705--5457729
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
5457874--5457905
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
5457875--5457905
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
5462737--5463025
151
1.9
152
81
5
352
52
3
10
34
1.51
5466798--5466837
20
2.0
20
100
0
80
25
30
20
25
1.99
5467683--5467722
19
2.2
18
90
4
62
57
7
0
35
1.27
5471204--5471350
75
2.0
75
95
1
269
60
6
2
30
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5476697--5476729
2
17.0
2
93
6
59
51
0
0
48
1.00
5485520--5485581
17
3.5
17
69
26
56
46
16
8
29
1.75
5485506--5485580
37
2.0
37
100
0
150
46
13
8
32
1.72
5485677--5485936
18
14.1
18
68
14
100
38
13
10
37
1.79
5485788--5485834
19
2.6
18
83
6
60
44
8
10
36
1.70
5485776--5485936
54
3.0
54
80
7
166
40
13
9
36
1.77
5485784--5485936
36
4.2
36
75
10
125
39
13
9
37
1.76
5486547--5486571
9
2.8
9
100
0
50
52
12
0
36
1.39
5486523--5486569
22
2.1
22
84
11
60
48
14
0
36
1.44
5491562--5491625
34
1.9
33
84
15
87
57
1
3
37
1.24
5491944--5491993
20
2.5
20
81
9
57
40
6
2
52
1.38
5492031--5492106
19
4.1
18
77
14
66
31
7
1
59
1.34
5492175--5492220
22
2.2
22
88
7
69
28
4
0
67
1.10
5494434--5494461
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
5499703--5499840
46
3.2
40
64
28
100
36
3
7
51
1.49
5499670--5499849
92
2.0
92
100
0
360
36
4
7
51
1.51
5501769--5501830
25
2.6
24
82
5
72
51
0
4
43
1.23
5507285--5507385
36
3.2
30
77
20
98
5
4
17
71
1.25
5507302--5507370
36
2.0
36
94
5
124
5
7
21
65
1.39
5507285--5507385
31
3.0
35
69
20
90
5
4
17
71
1.25
5508085--5508118
18
1.9
18
94
5
61
64
2
0
32
1.08
5508742--5508840
32
3.2
31
78
13
105
5
5
17
72
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5508750--5508840
33
2.9
31
83
13
116
4
5
18
71
1.23
5509532--5510146
88
7.3
87
70
18
376
37
19
15
27
1.92
5509625--5510079
81
5.5
77
70
19
258
38
19
14
27
1.91
5509496--5510146
253
2.6
252
95
1
1164
38
19
15
26
1.92
5510255--5510703
72
6.3
72
74
13
374
36
20
16
26
1.94
5510444--5510549
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
5510543--5510703
71
2.3
71
88
5
236
39
21
15
22
1.91
5510703--5510965
70
3.7
71
83
5
347
37
22
14
25
1.92
5511000--5511430
72
6.1
70
73
11
306
37
21
15
25
1.93
5510819--5511147
179
1.8
182
86
5
490
36
22
14
26
1.93
5510273--5511854
725
2.2
728
96
1
2924
36
22
15
26
1.93
5511169--5511274
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
5511305--5511800
108
4.0
124
72
14
402
37
21
14
26
1.92
5511430--5511692
71
3.7
71
82
5
320
37
21
14
26
1.92
5511430--5511692
141
1.9
140
85
4
368
37
21
14
26
1.92
5516843--5516878
12
3.0
12
95
0
63
41
5
25
27
1.77
5519394--5519492
34
3.1
32
84
12
118
5
4
17
73
1.17
5520191--5520224
18
1.9
18
94
5
61
64
2
0
32
1.08
5521589--5521638
22
2.3
22
100
0
100
28
8
18
46
1.77
5524343--5524429
27
3.2
27
85
1
111
28
19
19
32
1.96
5537105--5537210
49
2.2
49
81
3
133
24
17
36
20
1.94
5538569--5538627
31
1.9
31
92
0
100
33
8
13
44
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5539904--5540395
243
2.0
243
95
0
894
24
23
18
33
1.96
5544504--5544565
31
2.0
31
84
6
81
64
3
0
32
1.09
5544996--5545059
16
3.6
16
74
25
65
60
10
10
17
1.57
5544996--5545070
39
1.9
39
97
0
141
60
14
10
14
1.60
5545005--5545070
23
3.2
22
72
28
72
59
15
10
15
1.62
5545927--5545997
37
1.9
37
82
5
90
28
7
5
59
1.47
5545969--5546044
24
3.5
21
74
11
64
23
9
2
64
1.36
5545966--5546035
24
2.9
24
86
0
95
22
7
2
67
1.29
5546704--5546864
35
4.6
35
85
3
200
32
25
13
29
1.93
5546704--5546864
69
2.3
70
84
3
209
32
25
13
29
1.93
5548891--5549177
125
2.3
126
81
3
310
28
15
18
37
1.92
5556612--5556875
20
13.4
19
65
19
64
58
4
1
35
1.29
5556649--5556727
30
2.6
29
75
15
79
53
2
1
43
1.22
5556717--5556774
30
1.9
31
82
10
75
60
3
0
36
1.14
5557560--5557656
19
5.2
18
75
18
67
39
1
0
59
1.04
5557603--5557644
17
2.4
18
88
4
59
45
0
0
54
0.99
5557563--5557653
49
1.9
46
84
10
121
41
1
0
57
1.06
5557603--5557656
18
3.1
17
84
7
63
40
0
0
59
0.98
5557459--5557656
10
20.4
10
65
22
84
36
2
3
58
1.27
5558797--5558821
13
1.9
13
100
0
50
12
0
0
88
0.53
5571057--5571134
39
2.0
39
89
0
120
35
19
11
33
1.88
5571528--5571568
21
1.9
22
85
5
57
43
4
7
43
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5571567--5571715
69
2.2
69
82
3
194
40
5
18
35
1.73
5574827--5575033
70
3.0
68
80
8
229
39
5
20
35
1.75
5578520--5578553
11
3.2
11
83
8
52
64
0
8
26
1.22
5580395--5580458
29
2.2
29
83
8
78
40
12
4
42
1.64
5596114--5596228
44
2.6
43
80
10
126
26
28
20
24
1.99
5596347--5596418
28
2.6
28
86
0
90
27
27
12
31
1.93
5599393--5599509
43
2.7
43
90
0
171
24
16
26
32
1.96
5602709--5602762
28
2.0
27
82
10
65
42
22
3
31
1.71
5604190--5604307
43
2.8
41
79
7
128
33
24
16
25
1.96
5605630--5606027
128
3.2
125
80
5
444
30
17
14
36
1.90
5606106--5606205
34
2.9
35
81
10
125
40
16
0
44
1.47
5606240--5606340
34
3.0
33
85
8
150
43
24
0
30
1.61
5606240--5606335
33
2.9
34
86
10
135
43
26
1
29
1.61
5614585--5614617
17
1.9
17
93
0
57
51
12
12
24
1.73
5616031--5616494
230
2.0
230
94
0
811
31
18
18
31
1.95
5623036--5623143
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
5630415--5630522
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
5636253--5636304
25
2.1
25
85
0
68
32
3
11
51
1.56
5637971--5638024
19
2.8
19
91
0
81
51
0
0
48
1.00
5637993--5638032
19
2.1
19
85
0
53
57
0
0
42
0.98
5639237--5639265
8
3.6
8
100
0
58
37
0
10
51
1.36
5641949--5641976
2
14.0
2
100
0
56
0
50
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5643317--5643404
29
3.2
29
66
26
75
44
6
1
47
1.37
5643811--5643880
19
3.6
19
77
7
61
58
5
4
31
1.41
5643814--5643886
10
7.7
9
72
7
56
61
4
4
30
1.33
5643814--5643886
29
2.6
29
80
6
78
61
4
4
30
1.33
5644755--5644971
9
22.3
9
66
21
57
32
3
5
57
1.40
5644918--5644991
18
4.1
18
73
25
66
27
0
5
67
1.12
5644921--5644994
29
2.6
30
80
16
88
25
0
5
68
1.10
5663480--5663518
16
2.4
16
95
0
69
58
20
5
15
1.55
5663489--5663525
16
2.2
16
90
4
56
56
18
5
18
1.60
5666946--5666985
16
2.5
16
100
0
80
37
10
52
0
1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770