genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.458.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  458  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141216550--141216750	39	5.1	40	82	10	229	24	21	28	24	1.99
141216550--141216729	77	2.3	80	83	8	228	24	22	28	25	1.99
141224750--141224928	76	2.3	80	86	6	251	25	21	27	25	1.99
141224750--141224930	40	4.6	39	87	7	244	24	20	28	25	1.99
141233727--141233893	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
141233743--141233893	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
141235086--141235195	56	2.0	54	82	10	134	28	16	18	37	1.92
141239288--141239375	45	2.0	45	93	0	149	25	12	23	38	1.90
141240328--141240400	27	2.7	26	81	8	83	39	21	8	30	1.83
141240385--141240604	27	8.2	27	89	3	336	35	19	20	25	1.96
141240393--141240606	107	2.0	108	90	4	344	34	19	20	25	1.96
141240385--141240632	54	4.6	53	85	8	299	34	19	20	25	1.96
141240385--141240631	134	1.8	134	90	5	401	34	19	21	25	1.96
141241013--141241128	6	18.8	6	71	15	76	18	15	14	50	1.77
141241013--141241083	31	2.3	31	97	0	133	19	14	15	50	1.77
141241039--141241128	25	3.7	24	79	5	92	18	16	14	50	1.79
141241094--141241137	12	3.7	12	87	6	63	18	9	15	56	1.65
141241094--141241137	18	2.4	18	81	7	54	18	9	15	56	1.65
141242464--141242515	26	2.0	26	81	7	61	21	5	26	46	1.74
141262031--141262145	29	4.0	29	91	4	117	26	23	14	35	1.93
141262043--141262145	29	3.5	29	97	2	197	24	25	14	35	1.93
141262042--141262175	59	2.2	60	90	1	216	25	26	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141268209--141268243	17	2.0	18	88	5	54	42	0	20	37	1.52
141272476--141272611	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
141272451--141272610	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
141273254--141273548	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
141280429--141280558	28	4.6	28	85	2	152	24	31	15	28	1.95
141280400--141280557	57	2.8	57	81	0	172	24	33	15	26	1.95
141286419--141286448	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
141286899--141286944	19	2.4	19	96	0	83	26	21	30	21	1.99
141290227--141290308	39	2.1	39	95	0	146	19	23	31	25	1.98
141309912--141309951	21	2.0	20	90	5	62	57	2	10	30	1.45
141312031--141312058	10	2.8	10	100	0	56	17	17	21	42	1.89
141314523--141314572	20	2.5	20	83	3	55	48	2	14	36	1.55
141315882--141315950	28	2.5	28	92	2	113	18	10	26	44	1.81
141323140--141323303	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
141323140--141323337	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
141330700--141330863	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
141330700--141330897	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
141334188--141334256	28	2.5	28	92	2	113	20	10	24	44	1.82
141338357--141338533	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
141346318--141346486	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
141349165--141349353	40	4.7	40	88	1	263	23	22	29	24	1.99
141349165--141349380	80	2.7	80	85	5	251	24	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141349165--141349380	120	1.8	120	81	6	276	24	23	28	24	2.00
141353288--141353348	29	2.1	28	85	8	79	29	13	29	27	1.94
141353305--141353373	28	2.4	29	82	2	77	28	11	28	30	1.92
141357112--141357328	40	5.5	39	91	2	310	24	22	25	27	2.00
141357108--141357328	79	2.8	80	92	2	349	25	21	24	27	1.99
141360793--141360916	55	2.3	55	82	0	140	33	28	24	13	1.93
141366405--141366488	44	1.9	44	87	0	123	36	10	25	27	1.89
141366640--141366666	10	2.7	10	100	0	54	37	22	18	22	1.95
141366650--141366758	47	2.3	47	93	0	182	35	12	23	27	1.92
141366738--141366934	55	3.6	54	83	6	238	35	17	24	22	1.96
141366738--141366946	53	3.9	53	82	5	231	34	17	24	23	1.95
141370029--141370116	45	2.0	45	90	0	140	23	18	29	28	1.98
141370031--141370149	45	2.6	44	81	7	130	26	17	26	28	1.98
141375883--141376319	47	9.3	47	91	0	671	31	8	31	28	1.88
141375884--141376319	94	4.6	94	95	0	766	31	8	31	28	1.88
141381093--141381254	38	4.2	39	93	3	265	23	21	32	22	1.98
141381093--141381254	77	2.1	78	94	1	281	23	21	32	22	1.98
141381093--141381284	38	4.9	39	88	2	253	23	22	31	22	1.98
141388640--141388779	39	3.9	37	78	17	152	24	20	30	25	1.99
141393198--141393235	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
141399506--141399574	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
141401680--141401789	26	4.2	26	96	0	184	35	24	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141408455--141408556	28	3.5	27	71	21	80	25	19	29	25	1.99
141414629--141414783	43	3.6	41	73	16	127	29	27	19	23	1.98
141421619--141421716	43	2.3	43	79	11	103	30	24	16	28	1.96
141424939--141424971	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
141425267--141425516	46	5.4	46	87	0	315	20	23	14	42	1.88
141425267--141425516	92	2.7	92	88	0	365	20	23	14	42	1.88
141425267--141425516	138	1.8	138	86	1	367	20	23	14	42	1.88
141425479--141425550	35	2.1	35	97	0	135	22	20	19	37	1.94
141427803--141427872	27	2.5	28	90	2	106	30	14	24	31	1.94
141427803--141427884	27	3.0	27	83	5	76	30	15	21	31	1.95
141433399--141433450	27	2.0	26	84	3	68	17	28	21	32	1.96
141433483--141433508	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
141448059--141448218	29	5.6	29	81	5	157	25	16	33	25	1.95
141448055--141448188	57	2.3	58	82	2	155	26	15	33	24	1.95
141456131--141456231	29	3.5	28	78	5	94	24	17	34	22	1.96
141459320--141459478	27	5.9	27	76	5	108	35	10	16	37	1.84
141461519--141461550	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
141472972--141473073	29	3.6	29	85	4	118	27	30	16	25	1.97
141472963--141473073	58	1.9	57	83	1	141	27	30	15	26	1.96
141474432--141474462	16	1.9	16	100	0	62	16	6	25	51	1.68
141478422--141478577	39	4.1	39	80	9	164	37	16	30	15	1.90
141478425--141478574	77	2.0	74	83	8	187	36	17	30	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141481211--141481364	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
141481211--141481364	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
141481211--141481314	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
141490437--141490620	40	4.6	40	77	4	138	22	23	29	23	1.99
141498526--141498669	40	3.7	38	79	8	137	24	23	28	23	2.00
141498527--141498709	79	2.3	81	79	5	194	22	24	29	22	1.99
141508396--141508882	72	6.5	72	75	11	356	30	16	21	31	1.95
141508931--141509189	140	1.8	141	90	2	423	26	17	20	35	1.94
141509167--141509394	77	2.9	78	83	7	284	28	17	19	34	1.94
141509608--141509878	77	3.5	76	79	10	246	31	17	18	32	1.94
141509686--141509881	77	2.5	78	84	6	256	30	16	19	33	1.95
141511089--141511119	16	1.9	16	100	0	62	0	58	0	41	0.98
141511636--141511684	22	2.3	22	79	13	57	30	6	12	51	1.64
141512258--141512294	18	2.0	19	89	5	58	35	5	0	59	1.20
141513280--141513329	11	4.5	11	80	5	57	86	8	6	0	0.72
141513276--141513315	21	2.0	21	95	5	73	85	5	10	0	0.75
141513274--141513329	21	2.7	21	77	5	60	85	7	7	0	0.73
141515226--141515335	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
141516884--141516923	21	1.9	21	90	10	64	17	15	20	47	1.83
141517119--141517403	136	2.1	136	97	0	543	24	18	24	31	1.97
141518160--141518283	64	1.9	64	93	0	212	29	18	16	35	1.93
141518623--141519297	178	3.8	178	89	2	1025	30	19	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141519001--141519099	45	2.2	46	80	5	112	32	19	21	27	1.97
141519155--141519420	134	2.0	134	86	1	372	30	18	20	30	1.96
141518621--141519342	355	2.0	357	88	2	1085	30	19	21	28	1.97
141518976--141519596	312	2.0	311	89	1	940	30	19	21	28	1.97
141519285--141519664	177	2.1	178	82	3	435	30	18	20	30	1.96
141519869--141519903	17	2.1	17	100	0	70	28	54	0	17	1.43
141519921--141519946	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
141520492--141520581	18	5.1	18	66	15	62	30	1	5	63	1.24
141520479--141520521	22	2.0	22	86	9	61	34	0	0	65	0.93
141520529--141520586	17	3.3	17	77	15	64	25	1	6	65	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770