genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  41  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11723200--11723365	88	1.9	88	82	0	206	29	21	21	28	1.98
11726076--11726408	131	2.6	132	83	2	404	27	16	19	36	1.93
11727900--11727946	19	2.5	19	86	6	60	23	23	10	42	1.85
11731106--11731441	131	2.6	130	87	3	462	27	16	20	35	1.94
11735714--11735740	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
11736169--11736201	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
11741299--11741355	6	9.5	6	83	11	64	15	5	0	78	0.91
11741300--11741375	5	14.8	5	73	22	52	18	5	0	76	0.97
11741299--11741375	36	2.1	37	85	2	102	18	5	0	76	0.96
11741300--11741375	25	3.2	24	83	12	77	18	5	0	76	0.97
11744287--11744319	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
11749267--11749385	46	2.6	45	82	5	143	30	21	21	26	1.99
11749370--11749399	14	2.1	14	93	0	51	26	13	40	20	1.89
11749324--11749458	60	2.2	60	93	2	227	35	17	24	22	1.95
11750448--11750493	4	11.5	4	100	0	92	26	23	0	50	1.50
11750491--11750521	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
11751187--11751525	126	2.7	127	84	4	398	27	13	18	41	1.88
11753031--11753215	40	4.6	39	81	6	176	24	27	22	25	2.00
11753033--11753215	79	2.3	80	79	9	178	24	26	22	25	2.00
11756018--11756059	21	2.0	20	82	13	50	35	23	16	23	1.95
11764965--11765046	40	2.1	40	88	2	121	46	3	41	8	1.52
11770048--11770095	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11770090--11770152	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
11770119--11770148	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
11770723--11770753	9	3.4	9	95	0	53	0	12	0	87	0.55
11771767--11771833	6	11.5	6	80	19	72	77	0	1	20	0.85
11771767--11771833	23	2.9	23	82	17	86	77	0	1	20	0.85
11771767--11771831	17	3.8	17	84	15	89	78	0	1	20	0.83
11775518--11775549	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
11775574--11775603	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
11776215--11776757	177	3.1	178	86	2	682	28	23	18	29	1.98
11776572--11776668	44	2.2	45	80	7	108	30	24	16	27	1.96
11777892--11777916	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
11787896--11787952	28	2.0	28	96	0	105	31	12	38	17	1.87
11792270--11792296	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11795279--11795334	25	2.2	26	87	9	87	46	28	12	12	1.78
11795286--11795334	25	2.0	25	95	0	89	42	30	12	14	1.82
11802850--11802887	18	2.1	18	90	0	58	36	18	7	36	1.80
11802856--11802892	18	2.1	18	89	0	56	37	18	8	35	1.81
11812647--11812703	27	2.1	28	84	15	75	64	8	1	24	1.31
11814423--11814448	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
11823145--11823354	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
11826825--11826914	42	2.1	43	87	2	128	26	36	18	17	1.94
11826850--11826936	43	2.0	43	84	4	113	27	31	21	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11829490--11829559	30	2.4	30	85	7	90	21	28	10	40	1.85
11829490--11829710	29	7.6	29	74	14	127	22	27	12	38	1.90
11832788--11832869	40	2.0	40	100	0	164	40	12	9	37	1.76
11835152--11835307	44	3.6	42	77	10	165	24	18	26	30	1.98
11835149--11835302	43	3.6	42	80	6	132	24	18	24	31	1.98
11837287--11837509	40	5.7	40	86	7	228	25	26	21	27	1.99
11837315--11837509	77	2.5	79	87	8	281	24	25	21	28	1.99
11845350--11845575	40	5.7	40	89	4	273	24	25	21	28	1.99
11854433--11854532	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
11854433--11854539	54	2.0	54	81	7	128	37	21	10	30	1.87
11854435--11854551	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
11854528--11854737	27	7.8	27	84	5	248	28	24	8	39	1.84
11854690--11854937	27	9.1	27	78	7	146	38	19	8	32	1.83
11854636--11854750	53	2.1	54	82	1	133	31	21	7	39	1.82
11854730--11854968	54	4.4	54	75	6	203	38	18	10	32	1.84
11854729--11854946	27	8.0	27	79	6	163	39	18	10	32	1.84
11854999--11855063	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
11856202--11856249	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
11856288--11856344	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
11856286--11856356	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
11856297--11856351	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
11856402--11856612	23	9.0	23	88	6	293	28	22	22	26	1.99
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11859664--11859761	27	3.7	27	81	8	112	39	20	10	29	1.85
11859666--11859768	53	2.0	52	83	9	129	37	21	10	30	1.87
11859666--11859780	53	2.2	53	81	9	128	38	21	11	28	1.88
11859758--11859964	27	7.8	27	89	2	296	27	23	9	39	1.85
11859758--11859964	53	3.9	54	87	3	296	27	23	9	39	1.85
11859863--11860162	27	11.1	27	80	8	121	36	20	9	34	1.84
11859943--11860162	54	4.1	54	81	4	212	40	20	8	31	1.82
11859943--11860080	52	2.6	54	87	4	199	39	21	7	31	1.82
11859958--11860110	79	1.9	81	84	7	206	39	20	9	30	1.83
11859943--11860170	27	8.4	27	78	7	151	38	19	9	32	1.83
11860224--11860288	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
11861425--11861471	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
11861510--11861566	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
11861508--11861578	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
11861519--11861573	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
11861623--11861812	24	8.0	24	84	7	246	28	22	22	26	1.99
11861624--11861791	70	2.4	71	92	2	284	29	21	21	27	1.98
11862004--11862069	31	2.1	31	91	0	105	36	15	24	24	1.93
11862056--11862083	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
11862401--11862513	57	2.0	57	100	0	226	30	14	22	33	1.93
11864253--11864433	6	29.8	6	72	16	133	48	13	17	20	1.81
11864253--11864399	24	5.8	24	79	15	154	47	13	17	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11864253--11864433	85	2.2	80	90	5	274	48	13	17	20	1.81
11864277--11864433	85	1.8	85	95	0	287	47	13	17	21	1.81
11864551--11864616	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
11864551--11864624	27	2.8	27	74	13	73	37	21	22	17	1.94
11864575--11864632	27	2.1	27	81	6	64	37	27	18	15	1.92
11864762--11864820	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
11864908--11864977	27	2.6	26	86	6	95	37	18	22	21	1.94
11865189--11865411	27	8.3	27	89	0	320	25	21	19	33	1.97
11865189--11865411	54	4.1	54	92	0	356	25	21	19	33	1.97
11865396--11865708	27	11.6	27	82	2	272	31	8	21	38	1.84
11865447--11865708	134	2.0	134	83	1	337	31	9	20	38	1.85
11865431--11865708	54	5.2	54	82	3	310	31	9	20	38	1.84
11868300--11868470	45	3.9	45	73	8	133	33	28	16	21	1.95
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11877797--11877825	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
11881630--11881744	42	2.7	43	78	9	128	24	18	25	32	1.97
11881630--11881753	43	2.9	41	79	10	133	23	17	25	33	1.97
11883813--11883934	43	2.8	44	85	4	151	27	15	23	32	1.95
11891060--11891235	46	3.8	45	79	10	203	21	21	28	28	1.98
11891056--11891227	93	1.8	93	93	0	299	20	22	29	27	1.98
11893487--11893617	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
11893486--11893617	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11897405--11897581	50	3.5	50	88	3	257	35	15	22	27	1.94
11897557--11897704	31	4.8	31	84	3	199	25	17	29	27	1.97
11897776--11897909	42	3.1	42	82	8	137	31	15	26	26	1.96
11897866--11897978	56	2.0	56	98	0	217	32	16	21	29	1.95
11901164--11901361	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
11901230--11901347	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
11901198--11901361	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
11907269--11907452	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	22	1.97
11909117--11909176	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
11909131--11909202	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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