genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  261  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78415293--78415334	21	2.0	21	90	0	66	42	11	4	40	1.63
78421298--78421364	25	2.7	25	97	0	125	38	14	8	37	1.78
78421301--78421364	13	5.1	13	68	21	55	37	15	9	37	1.80
78424716--78424876	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
78439398--78439444	20	2.2	22	88	7	71	14	14	2	68	1.31
78440395--78440565	89	1.9	89	83	4	220	46	15	18	19	1.84
78445623--78445841	29	7.5	30	89	6	324	26	24	13	34	1.93
78445623--78445791	59	2.9	59	100	0	338	26	23	13	36	1.92
78450842--78450934	19	5.1	19	72	12	77	31	8	13	46	1.74
78450816--78450944	54	2.4	54	93	0	213	33	8	15	42	1.77
78450991--78451054	9	6.6	9	78	18	58	23	1	20	54	1.53
78453079--78453191	44	2.6	43	72	14	106	23	17	24	34	1.96
78458707--78458731	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
78461806--78461890	33	2.6	33	90	0	134	22	24	23	29	1.99
78462370--78462458	27	3.3	27	83	11	94	30	11	15	42	1.82
78462384--78462486	54	1.9	54	84	4	136	31	8	19	40	1.82
78462384--78462486	27	3.8	27	88	7	122	31	8	19	40	1.82
78462703--78462736	18	1.9	18	88	5	52	20	41	23	14	1.89
78465450--78465575	33	4.0	33	86	6	172	26	23	22	28	1.99
78466007--78466088	28	2.6	33	70	18	84	32	23	19	24	1.97
78466231--78466295	27	2.4	27	82	2	78	43	20	20	16	1.89
78466487--78466573	27	3.3	26	76	12	79	31	14	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78466499--78466599	27	3.7	27	84	5	123	31	9	17	40	1.83
78468261--78468446	40	4.6	41	76	9	152	25	23	22	28	1.99
78470207--78470253	18	2.7	18	86	3	69	29	25	17	27	1.97
78474981--78475186	40	5.2	40	91	1	308	22	21	27	28	1.99
78479017--78479222	40	5.1	40	78	7	123	23	26	24	25	2.00
78479029--78479221	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
78479071--78479222	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
78487083--78487275	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
78487083--78487275	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
78487125--78487276	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
78494245--78494450	40	5.2	40	94	1	326	22	21	28	27	1.99
78499932--78500105	40	4.3	40	95	0	312	22	21	25	30	1.99
78507987--78508109	46	2.6	45	81	8	140	23	28	19	28	1.98
78511494--78511647	40	3.8	40	92	0	254	26	27	23	22	1.99
78513534--78513772	40	6.2	39	78	10	197	26	25	22	25	2.00
78513568--78513630	31	2.0	31	100	0	126	31	26	22	19	1.97
78513534--78513670	71	1.9	71	86	0	193	28	27	22	21	1.99
78521561--78521801	120	2.1	113	82	8	288	24	25	23	25	2.00
78521561--78521801	40	6.2	40	80	9	221	24	25	23	25	2.00
78531443--78531572	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
78534380--78534469	23	3.8	23	74	12	69	36	20	18	24	1.95
78534402--78534495	47	1.9	49	85	6	129	36	20	19	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78534402--78534469	24	2.9	23	76	8	75	38	20	17	23	1.93
78547745--78547814	25	2.8	25	86	4	97	22	22	28	25	1.99
78548019--78548235	27	8.0	27	84	3	276	24	20	18	35	1.95
78548019--78548241	81	2.8	81	88	1	322	25	20	18	36	1.95
78548223--78548404	27	6.8	27	81	9	142	29	8	21	40	1.82
78548254--78548431	54	3.3	54	83	4	207	28	7	21	42	1.79
78548238--78548431	81	2.4	81	81	5	223	29	7	20	41	1.80
78548276--78548436	27	6.0	27	84	4	155	28	6	22	41	1.79
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78548306--78548456	81	1.9	81	80	5	180	29	5	23	41	1.78
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78549996--78550034	18	2.1	19	90	4	62	82	2	2	12	0.89
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78561881--78562058	81	2.2	81	85	4	234	28	6	21	42	1.78
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78561933--78562202	81	3.3	82	76	6	228	34	7	22	35	1.81
78565799--78565846	20	2.5	19	76	6	51	52	0	4	43	1.20
78566227--78566266	21	1.9	21	85	10	55	47	17	10	25	1.78
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78577405--78577580	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
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78591589--78591619	14	2.2	14	94	0	53	45	25	0	29	1.54
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78593213--78593396	40	4.6	40	79	8	196	25	27	22	24	2.00
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78602368--78602471	23	4.4	24	95	3	176	28	20	22	28	1.98
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78602678--78602741	31	2.1	31	87	0	92	37	12	23	26	1.90
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78613579--78613724	20	7.3	20	65	17	79	33	19	29	17	1.95
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78633745--78633886	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
78633783--78633912	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
78637715--78637749	8	4.5	8	92	3	54	68	0	0	31	0.90
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78643424--78643465	18	2.4	18	92	4	68	73	2	4	19	1.12
78646139--78646327	40	4.7	40	80	2	191	33	23	14	28	1.94
78646139--78646322	81	2.3	80	83	2	217	34	23	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78655690--78655899	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
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78668492--78668658	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
78676476--78676626	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
78680165--78680272	32	3.4	31	75	13	85	35	20	20	24	1.96
78680246--78680348	27	3.8	27	75	3	82	40	20	17	21	1.91
78680759--78681212	81	5.6	79	81	6	416	31	9	18	40	1.82
78680759--78681211	27	16.9	27	78	9	376	31	9	18	40	1.82
78683766--78683825	30	2.0	29	96	3	111	26	20	21	31	1.98
78685440--78685484	15	2.9	15	96	3	81	37	13	0	48	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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