genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.727.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  727  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230034173--230034339	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
230035576--230035602	13	2.1	13	100	0	54	14	37	14	33	1.88
230042157--230042322	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
230043680--230043796	40	3.0	40	86	3	166	23	20	29	27	1.99
230048459--230048621	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
230048459--230048652	39	4.9	39	90	0	253	23	21	31	23	1.98
230053290--230053483	42	4.8	41	84	9	222	22	22	28	26	1.99
230053293--230053508	42	5.4	39	81	10	165	23	21	28	26	1.99
230056160--230056340	79	2.3	81	83	7	228	22	27	24	25	2.00
230056161--230056340	40	4.5	40	76	8	152	22	27	24	25	2.00
230057477--230057508	12	2.7	12	100	0	64	12	46	0	40	1.42
230058367--230058608	50	4.8	50	83	3	297	25	18	26	29	1.98
230058371--230058555	101	1.8	101	89	0	289	24	18	26	30	1.98
230060198--230060352	40	3.9	40	82	4	179	25	30	20	23	1.98
230068101--230068254	79	1.9	79	85	2	211	24	32	20	22	1.98
230068101--230068254	39	3.9	39	89	0	209	24	32	20	22	1.98
230075023--230075066	21	2.0	21	83	12	54	22	20	11	45	1.83
230075934--230076048	39	2.9	39	91	5	162	26	32	20	20	1.98
230078824--230078990	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
230086814--230086955	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
230086853--230086981	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
230095868--230096050	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230095847--230096050	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
230100881--230101065	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
230100880--230101086	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
230100879--230101086	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
230108862--230109046	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
230108861--230109067	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
230108860--230109067	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
230111619--230111683	28	2.3	28	89	0	94	32	26	9	32	1.88
230111789--230111878	28	3.2	27	82	7	110	20	23	23	33	1.97
230111789--230111912	55	2.2	56	80	9	146	19	23	21	35	1.96
230119449--230119513	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
230119619--230119708	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
230119619--230119733	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
230123207--230123348	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
230123246--230123374	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
230131264--230131393	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
230139791--230139870	31	2.5	31	86	9	101	22	26	18	32	1.97
230140085--230140246	23	7.1	23	96	2	285	29	21	21	27	1.99
230140085--230140247	45	3.6	47	94	5	291	28	21	21	28	1.99
230140085--230140246	68	2.4	68	94	4	283	29	21	21	27	1.99
230140292--230140342	20	2.5	20	96	0	93	33	21	9	35	1.86
230140378--230140425	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230145121--230145330	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
230150658--230150802	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
230150659--230150847	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
230158703--230158849	39	3.8	39	81	7	156	27	24	25	21	1.99
230158703--230158849	78	1.9	78	84	5	199	27	24	25	21	1.99
230162637--230162856	39	5.6	38	88	6	264	25	26	22	25	2.00
230162637--230162856	79	2.8	76	84	6	262	25	26	22	25	2.00
230169439--230169645	40	5.2	40	82	2	193	25	23	26	25	2.00
230169480--230169645	80	2.1	80	85	4	219	24	24	27	23	2.00
230173617--230173665	20	2.5	20	100	0	98	38	10	4	46	1.57
230178497--230178690	39	5.0	39	93	0	325	23	29	25	20	1.99
230180265--230180319	21	2.6	21	97	0	101	23	29	18	29	1.98
230185749--230185952	40	5.1	40	84	5	252	23	22	29	25	1.99
230185745--230185952	80	2.6	80	88	1	310	23	22	28	25	1.99
230189497--230189670	45	3.8	45	77	15	194	20	21	29	28	1.98
230197067--230197242	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
230197064--230197235	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
230198543--230199021	29	16.5	29	96	1	854	24	33	17	24	1.96
230201352--230201474	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
230207284--230207357	29	2.6	29	86	0	85	24	33	16	25	1.95
230213339--230213389	20	2.5	20	96	0	93	35	13	19	31	1.91
230213439--230213625	24	8.0	23	88	7	256	28	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230213438--230213603	47	3.6	47	90	6	268	28	22	21	27	1.99
230213438--230213624	71	2.7	70	89	7	274	27	22	21	27	1.99
230213815--230213909	31	3.1	31	96	0	172	38	16	22	22	1.93
230218006--230218109	29	3.8	26	81	11	118	24	32	18	25	1.97
230218006--230218138	55	2.4	55	82	6	142	24	30	18	26	1.97
230218066--230218162	29	3.4	29	88	6	139	25	27	17	28	1.98
230225475--230225608	29	4.6	29	85	1	101	26	31	16	26	1.96
230225474--230225633	58	2.7	59	86	3	200	25	30	16	27	1.96
230225534--230225633	29	3.4	29	100	0	200	27	28	15	30	1.96
230229818--230229930	38	2.9	39	86	2	156	23	30	21	23	1.99
230233966--230234136	45	3.8	45	79	13	197	21	20	28	29	1.98
230233963--230234131	92	1.8	92	92	2	286	21	20	28	28	1.98
230241517--230241689	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
230241514--230241684	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
230241914--230241951	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
230244328--230244388	24	2.5	24	100	0	122	19	18	36	26	1.94
230251867--230251892	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
230255467--230255529	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
230263481--230263543	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
230265774--230265835	31	2.0	31	90	6	99	35	14	20	29	1.93
230273779--230273840	31	2.0	31	90	6	99	35	14	20	29	1.93
230277345--230277385	2	21.0	2	90	5	66	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230283361--230283419	29	2.2	26	82	14	66	30	25	3	40	1.72
230289055--230289252	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
230289121--230289238	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
230289089--230289252	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
230296614--230296811	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
230296680--230296797	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
230296648--230296811	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
230302979--230303077	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
230306960--230307183	40	5.7	40	84	8	255	25	25	21	27	1.99
230306979--230307183	80	2.6	80	83	7	281	24	25	21	28	1.99
230311621--230311941	47	6.8	47	74	11	273	25	18	30	25	1.98
230311573--230311972	142	2.8	141	81	5	436	26	19	29	25	1.98
230311669--230311934	95	2.8	94	79	8	274	25	18	29	25	1.98
230314925--230315036	37	3.1	36	96	2	199	22	32	17	27	1.97
230315156--230315413	49	5.4	49	95	2	420	29	33	8	28	1.87
230318661--230318795	29	4.7	29	98	0	252	24	33	16	25	1.96
230322421--230322609	39	4.8	38	80	8	166	24	29	22	24	1.99
230322421--230322609	40	4.8	40	82	7	158	24	29	22	24	1.99
230322396--230322610	79	2.7	80	79	7	226	25	28	21	24	1.99
230330418--230330606	40	4.7	39	76	8	166	24	28	22	25	1.99
230332565--230332724	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
230340725--230340884	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230343399--230343451	17	2.9	19	86	13	85	35	11	15	37	1.83
230353638--230353799	89	1.8	87	81	7	202	29	18	24	27	1.98
230353789--230353871	43	1.9	43	85	2	112	34	18	22	24	1.96
230353858--230354019	88	1.9	87	84	3	218	31	18	24	25	1.97
230353521--230354095	219	2.6	220	93	0	954	32	18	22	26	1.97
230354052--230354498	78	5.8	78	86	3	634	31	19	23	25	1.98
230354440--230354711	45	6.1	45	77	7	259	31	16	26	25	1.97
230354512--230354711	89	2.2	90	84	3	269	33	16	27	23	1.95
230354440--230354686	134	1.8	134	81	9	306	30	17	25	26	1.97
230359647--230360041	40	10.0	40	93	1	672	27	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770