genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.370.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  370  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113797127--113797344	80	2.7	79	78	6	206	26	23	26	23	2.00
113797247--113797330	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
113805179--113805357	40	4.5	40	79	6	184	25	24	26	24	2.00
113805180--113805357	79	2.2	81	81	5	209	25	24	26	23	2.00
113805300--113805383	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
113812205--113812368	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
113812205--113812402	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
113819271--113819424	43	3.7	41	80	6	141	29	25	14	29	1.95
113822052--113822142	45	2.0	45	82	0	110	35	20	13	30	1.91
113826615--113826674	30	2.0	29	90	3	93	26	20	20	33	1.97
113837535--113837578	22	2.0	22	81	0	52	54	0	2	43	1.12
113837559--113837610	27	1.9	27	84	7	70	42	1	7	48	1.43
113842772--113842957	50	3.8	49	80	6	214	31	25	16	25	1.96
113848987--113849088	40	2.5	40	83	0	123	26	27	22	23	2.00
113849031--113849129	40	2.5	40	83	1	117	27	25	23	24	2.00
113854474--113854560	45	1.9	45	83	0	111	40	24	11	24	1.88
113859044--113859107	30	2.2	29	91	2	101	26	17	23	32	1.96
113866317--113867138	409	2.0	409	95	0	1473	30	13	21	34	1.92
113874267--113874422	43	3.7	42	78	11	165	26	18	23	30	1.98
113875266--113875327	28	2.2	28	100	0	124	20	25	30	22	1.98
113877088--113877114	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
113878024--113878087	33	1.9	33	100	0	128	31	32	9	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113882514--113882549	19	1.9	18	94	5	63	41	25	5	27	1.77
113883607--113883667	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
113887880--113888065	39	4.8	39	87	3	214	24	31	21	23	1.98
113887916--113888066	39	3.9	39	90	4	234	23	31	20	23	1.98
113887885--113888065	76	2.3	78	87	3	249	23	30	22	23	1.99
113895900--113896087	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
113895936--113896088	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
113895905--113896087	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
113899715--113899744	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
113900066--113900141	40	1.9	40	86	0	107	31	15	21	31	1.94
113901431--113901513	40	2.1	39	86	2	112	25	15	26	32	1.96
113902689--113902800	54	2.1	54	81	6	129	32	21	8	38	1.83
113902714--113902844	27	4.9	27	91	1	174	29	19	8	41	1.81
113902768--113902885	27	4.4	27	85	0	110	32	22	8	37	1.84
113902749--113902870	54	2.3	54	86	0	163	31	18	9	40	1.81
113902722--113902870	81	1.8	81	80	5	176	31	18	8	41	1.80
113902768--113902885	54	2.2	54	81	0	128	32	22	8	37	1.84
113902822--113903068	27	9.2	27	80	6	223	40	21	8	30	1.82
113902822--113903090	81	3.3	80	80	6	274	40	20	8	30	1.82
113903211--113903304	27	3.5	26	83	9	93	35	18	23	23	1.96
113904104--113904225	26	4.8	26	92	2	178	26	22	23	27	1.99
113905899--113905972	29	2.6	29	93	0	103	25	35	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113913610--113913683	29	2.6	29	93	0	103	25	35	16	22	1.95
113915435--113915513	31	2.5	31	91	0	122	29	18	24	27	1.98
113917757--113917886	27	4.8	27	89	0	179	28	22	8	40	1.83
113917732--113917844	54	2.1	54	84	0	145	30	23	7	37	1.84
113917757--113917886	54	2.4	54	93	0	215	28	22	8	40	1.83
113917744--113917924	81	2.2	81	75	3	177	33	22	7	36	1.83
113917879--113918219	27	12.7	27	79	7	302	39	20	9	29	1.85
113918341--113918420	27	3.0	27	92	3	126	32	22	26	18	1.97
113919195--113919330	26	5.3	26	87	3	181	29	19	22	27	1.98
113919463--113919550	42	2.1	42	85	4	115	32	13	17	36	1.89
113919578--113919656	31	2.5	31	97	0	149	29	18	25	26	1.98
113932414--113932543	50	2.6	50	81	4	147	31	18	29	20	1.96
113932559--113932658	43	2.3	43	77	3	112	28	17	27	28	1.97
113937297--113937329	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
113948736--113948821	40	2.2	39	85	6	111	25	17	27	29	1.97
113956562--113956635	26	2.9	26	87	2	105	27	24	20	28	1.99
113958671--113958837	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113967209--113967390	40	4.6	40	81	5	163	23	26	22	28	1.99
113975222--113975351	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
113978103--113978165	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
113983551--113983616	30	2.3	28	84	10	80	36	7	21	34	1.82
113990015--113990064	22	2.2	23	83	16	61	66	0	2	32	1.03
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113997333--113997447	43	2.7	43	82	4	144	32	13	22	31	1.93
113997390--113997505	58	2.0	58	96	0	214	29	18	24	27	1.98
114001200--114001329	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
114001200--114001363	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
114009250--114009379	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
114009250--114009412	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
114011200--114011373	46	3.8	45	78	13	185	21	20	29	28	1.98
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114025178--114025336	85	1.9	85	82	5	205	24	20	27	27	1.99
114025179--114025336	43	3.7	42	75	8	142	24	20	27	27	1.99
114029339--114029425	42	2.1	42	97	0	165	29	5	20	43	1.75
114037499--114037661	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
114044940--114048370	536	6.4	542	97	1	6421	33	10	18	36	1.86
114051403--114051450	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
114051493--114051553	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
114051603--114051743	24	5.9	24	90	5	198	29	21	22	26	1.99
114051603--114051743	47	3.0	47	89	6	196	29	21	22	26	1.99
114051936--114051998	30	2.1	31	87	3	92	36	15	23	23	1.94
114052711--114056217	542	6.5	542	96	0	6265	33	10	18	36	1.85
114060426--114060644	40	5.4	40	84	0	231	25	22	26	24	2.00
114060426--114060644	120	1.8	121	83	4	291	25	22	26	24	2.00
114060517--114060670	80	1.9	80	79	0	173	25	23	26	24	2.00
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114067113--114067177	12	5.4	12	80	10	62	27	0	49	23	1.50
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114099497--114099572	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
114099771--114099959	37	5.1	37	94	0	297	22	19	32	25	1.97
114110442--114110481	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
114110471--114110500	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
114110476--114110550	14	5.3	14	73	10	55	64	0	4	32	1.12
114110532--114110565	17	2.0	17	88	11	52	64	0	8	26	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114118284--114118397	40	2.8	39	84	2	138	25	28	22	22	1.99
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114125597--114125746	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
114133600--114133766	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
114140683--114140722	20	2.0	20	85	4	55	50	0	7	42	1.30
114145879--114145916	18	2.1	18	100	0	76	44	15	15	23	1.85
114147336--114147424	41	2.1	42	91	6	146	31	3	11	53	1.52
114148530--114148594	24	2.7	24	78	7	69	33	20	21	24	1.97
114156256--114156333	24	3.2	25	78	12	90	32	16	25	25	1.96
114156248--114156358	49	2.3	49	84	6	145	31	18	25	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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