genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.650.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  650  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204214916--204215069	80	2.0	78	82	8	188	24	20	28	25	1.99
204232676--204232715	13	3.0	13	92	3	62	65	0	0	35	0.93
204236596--204236624	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
204240780--204240848	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
204243214--204243307	18	5.4	18	91	3	122	29	9	24	36	1.87
204247461--204247498	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
204251912--204251939	12	2.3	12	100	0	56	32	10	0	57	1.33
204254452--204254601	40	3.8	40	82	5	162	28	22	26	23	1.99
204254448--204254633	40	4.8	38	76	10	155	27	22	26	23	1.99
204262457--204262636	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
204265752--204265895	39	3.7	39	86	1	182	24	22	27	26	2.00
204265759--204265911	78	2.0	78	83	5	193	24	21	28	26	1.99
204268675--204268718	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
204271353--204271545	50	3.9	50	85	4	246	29	20	29	21	1.98
204271358--204271545	100	1.9	100	89	2	297	28	20	28	21	1.98
204274184--204274316	29	4.6	29	78	5	135	27	30	15	27	1.96
204282270--204282369	29	3.6	29	78	8	116	28	32	14	26	1.94
204282300--204282370	26	2.6	28	88	6	110	30	30	14	23	1.94
204292811--204292951	40	3.5	40	80	2	140	26	27	21	24	1.99
204301366--204301396	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
204302351--204302460	42	2.6	42	91	2	168	25	31	27	15	1.96
204303952--204304021	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204307232--204307400	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
204315327--204315495	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
204326568--204326616	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
204327439--204327605	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
204334566--204334614	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
204335437--204335603	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
204338080--204338264	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
204338081--204338272	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
204340168--204340339	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
204340160--204340335	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
204342720--204342808	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
204342720--204342799	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
204342731--204342808	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
204345758--204345929	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
204345750--204345925	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
204350420--204350602	78	2.3	80	87	7	259	24	22	27	25	2.00
204350420--204350602	40	4.7	39	87	7	255	24	22	27	25	2.00
204350421--204350625	78	2.6	77	84	9	220	25	21	27	25	2.00
204358564--204358746	40	4.7	39	84	9	239	24	22	27	25	2.00
204358564--204358744	78	2.3	79	85	7	244	24	22	27	25	2.00
204366711--204366890	77	2.3	80	84	7	235	25	22	28	24	1.99
204366712--204366893	40	4.6	39	80	11	212	24	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204369754--204370060	27	11.4	27	86	1	323	35	19	20	24	1.96
204370308--204370389	38	2.2	38	90	0	137	14	17	34	34	1.90
204370452--204370506	28	2.0	28	85	0	74	25	20	23	30	1.98
204381826--204382004	40	4.4	40	80	3	180	26	23	26	24	2.00
204381826--204382004	80	2.2	81	85	3	236	26	23	26	24	2.00
204381860--204382044	80	2.3	80	79	6	196	28	23	24	23	1.99
204387615--204387712	28	3.5	27	79	5	99	28	15	26	29	1.96
204395249--204395346	28	3.5	27	79	5	99	28	15	26	29	1.96
204400345--204400524	40	4.5	40	82	6	204	26	23	25	24	2.00
204400347--204400524	79	2.2	81	85	4	236	25	24	25	24	2.00
204400467--204400550	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
204408380--204408558	40	4.4	40	83	3	207	25	24	26	24	2.00
204408380--204408558	80	2.2	81	86	3	245	25	24	26	24	2.00
204408414--204408598	80	2.3	80	80	4	203	28	23	24	23	2.00
204408501--204408584	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
204409836--204409892	18	3.2	18	87	0	78	24	15	10	49	1.76
204418014--204418084	28	2.5	28	90	6	108	29	26	14	29	1.95
204425114--204425138	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
204425571--204425686	24	4.8	24	88	0	169	20	14	30	34	1.93
204425572--204425728	72	2.2	73	80	7	178	22	14	29	33	1.93
204430399--204430517	23	5.1	23	96	3	213	29	21	21	28	1.98
204430576--204430652	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204430572--204430654	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
204430572--204430643	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
204430691--204430738	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
204431897--204431964	27	2.5	27	90	4	102	22	25	19	33	1.97
204432016--204432067	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
204432106--204432231	54	2.3	54	86	2	173	31	7	19	41	1.80
204432024--204432299	27	10.1	27	78	8	150	34	7	18	38	1.80
204432076--204432230	81	1.9	81	85	7	217	32	8	18	40	1.81
204432222--204432355	27	5.0	27	86	5	182	41	7	22	29	1.81
204432223--204432356	53	2.5	55	86	3	184	41	8	22	28	1.82
204432312--204432389	38	2.1	38	87	0	111	35	7	32	24	1.84
204432350--204432417	27	2.5	27	82	0	91	36	5	29	27	1.80
204432295--204432414	65	1.9	64	87	6	181	36	7	29	26	1.84
204432423--204432512	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
204432423--204432527	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
204436056--204436173	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
204436024--204436187	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
204444595--204444778	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
204444635--204444823	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
204452509--204452729	124	1.8	121	83	4	291	32	11	23	33	1.90
204452686--204452869	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
204452726--204452914	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204460650--204460801	40	3.8	40	79	3	144	28	22	25	23	1.99
204463740--204463865	40	3.2	39	78	6	130	22	24	23	29	1.99
204476969--204477121	40	3.8	40	86	0	207	24	22	27	25	2.00
204476970--204477162	40	4.8	40	82	0	206	24	21	27	26	1.99
204476970--204477162	80	2.4	80	85	0	260	24	21	27	26	1.99
204480307--204480370	30	2.1	30	91	0	101	18	20	35	25	1.95
204483267--204483301	18	1.9	18	94	0	61	17	22	17	42	1.88
204483270--204483313	18	2.4	18	84	0	52	20	22	20	36	1.95
204491307--204491429	48	2.7	46	75	13	119	60	1	3	34	1.23
204491355--204491458	18	5.8	18	71	14	63	59	0	4	34	1.25
204493064--204493239	83	2.1	83	84	0	235	30	18	15	35	1.92
204493161--204493684	119	4.4	119	92	0	818	28	20	18	33	1.96
204498063--204498236	86	2.0	86	98	0	339	37	6	23	31	1.81
204502271--204502379	37	3.0	37	90	8	179	24	31	18	25	1.98
204502419--204502570	48	3.2	48	88	0	241	30	27	6	34	1.82
204502562--204502752	49	3.9	49	97	2	368	30	28	8	32	1.86
204502562--204502752	96	2.0	97	97	2	366	30	28	8	32	1.86
204506900--204506939	21	1.9	21	84	0	53	47	5	15	32	1.66
204509210--204509292	18	4.4	18	74	19	55	61	2	3	32	1.26
204509209--204509292	20	4.2	20	79	11	75	60	2	3	33	1.27
204511084--204511316	87	2.7	87	89	0	349	30	25	16	28	1.97
204511191--204511488	44	6.8	44	81	8	322	27	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204513448--204513611	43	3.8	43	92	0	274	29	34	23	12	1.91
204513604--204513686	38	2.2	37	80	6	96	32	25	19	22	1.97
204514733--204514771	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
204521712--204521845	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
204521712--204521845	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
204524740--204524764	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
204527460--204527593	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
204527460--204527593	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
204528974--204529117	39	3.7	39	87	1	200	28	27	20	22	1.99
204537721--204537765	23	2.0	22	83	8	56	20	15	31	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770