genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.529.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  529  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164184946--164185126	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
164184948--164185118	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
164188041--164188256	48	4.5	48	77	4	220	28	16	26	27	1.97
164188037--164188256	96	2.3	96	90	1	361	28	17	26	27	1.97
164195727--164196187	48	9.6	48	76	0	427	27	16	28	27	1.97
164195729--164196203	96	4.9	96	88	1	664	27	17	29	26	1.97
164199026--164199115	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
164199211--164199376	49	3.4	49	94	0	287	28	32	9	28	1.89
164211714--164211765	15	3.5	15	79	10	70	59	13	15	11	1.61
164214174--164214243	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
164214174--164214255	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
164223362--164223474	47	2.4	47	80	4	122	42	13	15	29	1.84
164223501--164223858	54	6.7	54	77	5	323	35	11	23	29	1.90
164223515--164223826	108	2.9	107	84	5	382	35	11	23	28	1.90
164223501--164223858	108	3.3	107	82	5	361	35	11	23	29	1.90
164234606--164234737	54	2.4	54	83	0	165	39	13	19	27	1.89
164234842--164234870	13	2.2	13	100	0	58	44	10	13	31	1.78
164243031--164243261	50	4.8	49	74	18	161	27	18	29	24	1.98
164242992--164243256	96	2.8	93	76	14	267	27	17	29	24	1.97
164246612--164246777	39	3.9	39	78	19	179	23	19	32	24	1.98
164246673--164246700	13	2.2	13	100	0	56	25	14	39	21	1.91
164246634--164246739	52	2.0	52	96	0	194	25	18	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164246686--164246808	40	3.1	40	86	1	167	22	21	31	24	1.98
164254638--164254798	39	3.9	39	80	14	187	23	19	31	24	1.98
164254639--164254799	87	1.8	88	93	1	279	23	19	31	24	1.98
164254714--164254835	40	3.1	40	85	1	156	20	20	31	27	1.97
164259149--164259190	21	2.0	21	81	9	50	69	4	0	26	1.08
164259245--164259284	21	1.9	21	94	0	71	42	5	7	45	1.54
164262373--164262533	29	5.6	29	80	7	150	24	16	34	25	1.95
164268927--164269039	40	2.8	40	89	2	156	23	22	28	25	1.99
164277220--164277467	40	6.2	40	80	4	277	25	22	27	24	2.00
164277220--164277467	80	3.1	80	91	1	374	25	22	27	24	2.00
164277220--164277447	120	1.9	120	87	1	332	25	23	27	23	2.00
164282400--164282426	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
164283518--164283623	27	3.9	27	79	8	117	33	12	22	32	1.91
164283753--164283835	27	3.1	27	92	0	139	38	9	25	26	1.86
164284762--164284855	47	2.0	47	97	0	179	40	18	6	35	1.76
164287543--164287612	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
164289468--164289597	46	2.8	48	79	13	155	30	28	20	20	1.98
164289473--164289616	46	3.1	44	75	15	132	29	28	20	21	1.98
164296976--164297045	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
164301383--164301602	112	2.0	112	88	1	334	43	5	9	42	1.58
164301718--164301866	79	1.9	79	87	2	219	28	14	8	47	1.74
164305886--164306052	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164305886--164306052	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
164306877--164306922	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
164311901--164312030	58	2.2	58	83	5	156	25	31	15	27	1.96
164311948--164312030	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
164313187--164313226	20	2.1	19	85	4	53	7	17	2	72	1.19
164315847--164315976	68	2.0	65	89	8	203	51	19	2	26	1.59
164316665--164316693	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
164321836--164322002	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
164329846--164330012	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
164332572--164332684	28	4.1	27	82	5	136	38	19	23	18	1.93
164333915--164333971	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
164336050--164336163	38	3.0	38	79	5	140	19	22	20	37	1.94
164338034--164338186	43	3.6	43	70	15	111	32	22	16	29	1.95
164338035--164338135	42	2.4	44	78	9	111	31	22	15	29	1.95
164339048--164339076	12	2.4	12	100	0	58	37	17	0	44	1.49
164344826--164345000	77	2.2	78	82	8	214	26	26	19	26	1.99
164344807--164345007	39	5.1	39	83	7	221	25	27	20	26	1.99
164352921--164353106	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
164372386--164372461	31	2.5	31	93	0	125	26	27	19	26	1.99
164372485--164372576	42	2.2	42	94	3	159	39	20	11	28	1.88
164372720--164372893	26	6.8	26	90	2	228	29	21	21	27	1.99
164372720--164372893	51	3.4	52	89	2	264	29	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164372943--164372997	20	2.8	20	86	10	71	34	18	9	38	1.82
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164374272--164374338	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
164374272--164374327	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
164374375--164374421	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
164379558--164379747	103	1.9	101	87	4	283	30	13	24	31	1.94
164379558--164379778	103	2.2	102	82	6	261	29	14	24	31	1.94
164391988--164392089	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
164402889--164402987	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
164411801--164411984	40	4.6	41	86	4	218	26	24	27	21	1.99
164411841--164411991	40	3.8	40	91	1	223	23	25	28	23	1.99
164419040--164419181	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
164419078--164419207	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
164420567--164420635	28	2.5	28	88	4	95	27	15	24	31	1.96
164428809--164428950	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
164428847--164428976	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
164436007--164436148	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
164436045--164436174	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
164437531--164437599	28	2.5	28	88	4	95	27	15	24	31	1.96
164445885--164446064	40	4.5	40	79	8	188	24	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164445913--164446064	39	3.8	40	84	2	189	25	26	22	25	2.00
164445885--164446062	79	2.2	81	84	5	227	24	26	23	25	2.00
164453925--164454104	40	4.5	40	81	6	204	24	25	23	26	2.00
164453925--164454102	79	2.2	81	85	4	236	24	25	24	25	2.00
164457078--164457115	17	2.0	20	85	14	55	50	5	13	31	1.63
164458143--164458195	24	2.2	24	86	0	70	45	16	16	20	1.86
164460721--164460826	53	2.0	53	98	0	203	30	6	12	50	1.65
164461772--164461801	13	2.2	14	94	5	53	33	26	13	26	1.93
164468745--164468782	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
164468759--164468783	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
164468865--164468941	9	8.6	9	83	0	91	25	7	19	46	1.76
164469980--164470064	43	2.0	43	97	0	161	36	18	17	27	1.94
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164480536--164480703	40	4.2	40	78	4	153	23	26	24	25	2.00
164480551--164480701	80	1.9	80	82	8	191	21	27	25	25	2.00
164480661--164480884	124	1.8	124	83	1	297	32	23	11	32	1.90
164488530--164488659	40	3.2	40	81	2	163	25	27	24	22	2.00
164488530--164488696	40	4.2	40	78	5	153	23	26	23	25	2.00
164499460--164499514	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
164499660--164499792	25	5.6	25	67	15	75	56	3	5	35	1.37
164500072--164500110	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
164500268--164500335	30	2.3	30	94	0	118	17	5	51	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164500645--164500684	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
164502095--164502145	18	2.8	18	93	0	93	49	5	21	23	1.71
164502095--164502167	33	2.1	33	85	12	94	50	6	20	21	1.71
164502657--164502708	25	2.0	26	88	3	79	55	1	5	36	1.35
164504780--164504825	24	1.9	24	86	0	65	43	10	28	17	1.82
164509237--164509372	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
164510535--164510570	8	4.5	8	92	0	63	52	22	22	2	1.59
164512134--164512197	28	2.3	28	94	2	112	7	35	9	46	1.65
164512587--164512622	10	3.8	9	86	13	54	83	0	11	5	0.80
164518103--164518151	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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