genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  177  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52920369--52920659	24	12.1	24	97	0	519	20	17	25	36	1.94
52923890--52923949	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
52924718--52924898	27	6.7	27	87	0	263	23	20	19	36	1.95
52931090--52931125	17	2.1	17	89	5	54	11	33	38	16	1.84
52931743--52931794	24	2.2	24	100	0	104	28	19	9	42	1.82
52932162--52932232	33	2.1	34	89	2	108	25	26	22	25	2.00
52932584--52932755	27	6.4	27	91	0	281	23	21	20	34	1.97
52932584--52932796	81	2.6	82	83	7	204	26	19	19	34	1.96
52932733--52932898	27	6.2	27	78	4	183	30	12	20	36	1.89
52932735--52932891	53	2.9	53	81	0	170	30	11	19	38	1.87
52933103--52933138	17	2.1	18	89	5	56	19	38	25	16	1.92
52942694--52942733	21	1.9	21	85	10	55	27	7	12	52	1.66
52947682--52947741	30	2.0	30	87	6	86	36	8	25	30	1.85
52953167--52953236	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
52953244--52953350	42	2.5	42	95	0	187	22	33	14	29	1.93
52961132--52961201	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
52961209--52961315	42	2.5	42	95	0	187	22	33	14	29	1.93
52963944--52964013	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
52963944--52964025	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
52971150--52971342	39	4.9	39	89	0	242	24	31	20	23	1.98
52971180--52971342	39	4.2	39	92	0	254	25	31	19	23	1.98
52975094--52975384	24	12.1	24	97	0	528	20	17	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52983149--52983439	24	12.1	24	97	0	528	20	17	25	36	1.94
52990462--52990623	39	4.1	38	91	4	225	24	30	20	24	1.98
52990462--52990612	78	1.9	79	94	1	268	23	30	21	24	1.99
52999181--52999247	33	2.0	33	100	0	134	23	14	29	31	1.95
53004030--53004197	43	4.0	42	77	7	153	23	16	26	33	1.96
53009854--53009932	28	2.9	28	87	5	101	39	20	20	20	1.93
53010499--53010587	44	2.0	44	97	0	169	22	35	10	31	1.87
53011991--53012016	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
53016975--53017326	49	7.3	49	93	3	554	29	30	8	31	1.86
53016975--53017326	96	3.7	95	91	3	519	29	30	8	31	1.86
53016975--53017328	145	2.5	146	92	2	565	29	30	8	31	1.86
53020220--53020371	40	3.8	40	91	0	241	24	27	21	26	1.99
53022494--53022845	49	7.3	49	93	3	554	29	30	8	31	1.86
53022494--53022845	96	3.7	95	91	3	519	29	30	8	31	1.86
53022494--53022847	145	2.5	146	92	2	565	29	30	8	31	1.86
53025537--53025584	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
53025628--53025689	19	3.3	19	91	6	99	35	9	22	32	1.87
53025627--53025686	20	3.0	20	92	4	104	35	10	21	33	1.87
53025736--53025878	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
53025736--53025878	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
53025736--53025879	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
53026067--53026129	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53032262--53032309	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
53032352--53032412	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
53032462--53032604	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
53032462--53032604	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
53032462--53032605	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
53032796--53032859	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
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53043291--53043494	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
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53049925--53050011	37	2.3	36	88	5	129	25	32	20	21	1.98
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53157052--53157147	29	3.3	29	88	1	104	25	32	14	28	1.95
53157033--53157167	29	4.8	28	77	7	103	28	29	13	28	1.94
53157385--53157421	16	2.3	16	85	0	56	8	21	21	48	1.76
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53176895--53176969	30	2.5	31	78	6	91	64	2	21	12	1.39
53182241--53182278	18	2.1	18	100	0	76	42	10	21	26	1.85
53191195--53191305	27	4.1	27	83	5	136	34	21	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53191195--53191305	54	2.1	53	86	1	150	34	21	24	19	1.97
53192736--53192837	24	4.2	24	91	0	159	19	40	3	36	1.70
53199125--53199191	27	2.5	26	88	4	98	37	20	22	19	1.95
53199125--53199208	27	3.1	27	81	11	93	35	22	22	19	1.96
53200635--53200736	24	4.2	24	89	0	159	21	40	2	35	1.69
53205436--53205672	38	6.2	38	94	0	384	20	21	27	31	1.98
53205666--53205793	46	2.9	45	86	10	160	23	22	29	24	1.99
53210730--53210961	27	8.6	28	86	6	309	27	21	10	40	1.85
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53210729--53210961	81	2.9	81	90	2	353	27	21	10	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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