genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  305  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93196761--93196815	15	3.7	15	75	22	62	45	0	1	52	1.11
93196759--93196825	29	2.3	29	89	7	100	44	0	1	53	1.09
93196999--93197224	9	25.8	9	72	11	105	45	16	1	36	1.58
93196999--93197243	52	4.7	52	82	6	298	45	16	2	35	1.59
93197061--93197210	45	3.2	43	81	10	147	45	16	1	36	1.56
93197103--93197218	45	2.6	45	84	2	155	43	18	1	36	1.61
93202576--93202604	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
93203279--93203360	31	2.5	33	84	7	114	9	8	21	59	1.55
93221953--93222043	29	3.1	29	81	4	112	26	28	16	28	1.97
93222279--93222321	16	2.7	16	92	0	68	11	23	16	48	1.78
93227769--93227839	26	2.7	26	80	0	88	9	30	7	52	1.61
93230890--93231057	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
93238862--93238965	39	2.6	40	84	6	140	25	22	28	24	1.99
93238862--93239028	40	4.2	40	75	7	160	24	20	29	25	1.99
93242402--93242432	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
93243587--93243639	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
93243700--93243812	38	2.9	39	89	2	174	45	11	9	33	1.73
93244031--93244074	15	3.0	14	84	15	54	72	2	0	25	0.96
93243995--93244053	3	19.7	3	78	13	59	62	5	3	28	1.32
93249718--93249766	20	2.5	20	89	0	71	30	24	16	28	1.96
93250676--93250706	15	2.1	15	100	0	62	25	22	6	45	1.76
93251592--93251623	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93255073--93255152	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
93262987--93263066	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
93275139--93275289	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
93275176--93275305	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
93283161--93283311	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
93283198--93283327	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
93287279--93287370	46	2.0	46	87	2	132	27	14	14	44	1.83
93290063--93290229	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
93298066--93298232	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
93300656--93300689	18	1.9	17	88	5	50	52	17	11	17	1.73
93300677--93300807	6	21.3	6	71	21	94	48	14	18	18	1.81
93300677--93300807	31	4.3	31	81	12	146	48	14	18	18	1.81
93300741--93300804	19	3.7	19	67	26	61	48	15	17	18	1.81
93301209--93301458	27	9.3	27	86	2	306	26	19	18	35	1.95
93301209--93301458	54	4.6	54	86	2	340	26	19	18	35	1.95
93301209--93301458	81	3.1	80	87	3	340	26	19	18	35	1.95
93301440--93301501	27	2.3	27	83	5	81	32	8	20	38	1.82
93301237--93301485	81	3.1	78	78	9	250	26	18	18	36	1.93
93301480--93301648	27	6.3	27	88	1	241	37	7	23	31	1.83
93301653--93301739	27	3.2	27	76	12	97	27	9	21	41	1.84
93303589--93303691	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
93310076--93310264	79	2.4	80	85	5	249	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93310034--93310280	40	6.2	40	83	4	257	25	22	27	25	2.00
93313564--93313771	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
93313564--93313769	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
93321380--93321603	125	1.8	122	87	6	335	30	10	24	34	1.89
93321561--93321661	39	2.5	40	83	1	123	28	22	24	23	1.99
93321602--93321790	79	2.4	81	86	4	244	24	24	28	22	1.99
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93451229--93451458	100	2.3	100	84	2	293	30	25	17	26	1.98
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93459557--93459602	24	2.0	22	87	8	65	52	0	34	13	1.40
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93551749--93551796	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
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93551785--93551817	14	2.3	15	89	5	50	15	3	45	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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