genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  269  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81044709--81044863	38	4.0	38	93	1	247	21	31	20	25	1.98
81066153--81066317	46	3.6	46	76	11	176	23	19	29	28	1.98
81066148--81066318	93	1.8	92	89	1	270	22	19	29	28	1.98
81071743--81071794	24	2.1	25	96	3	97	34	3	7	53	1.48
81079095--81079143	25	2.0	25	84	8	64	30	8	4	57	1.47
81085370--81085511	42	3.3	42	80	11	164	30	23	19	26	1.98
81097227--81097263	18	2.1	18	89	0	56	43	16	21	18	1.88
81097574--81097786	27	8.0	27	83	3	261	42	19	12	25	1.86
81102151--81102325	40	4.4	40	81	9	171	24	25	22	28	2.00
81110208--81110426	40	5.5	38	80	9	163	24	26	23	26	2.00
81110235--81110427	80	2.4	81	81	7	223	24	26	22	25	2.00
81114316--81114540	47	4.7	48	88	3	303	29	29	8	32	1.87
81116077--81116119	16	2.7	17	82	10	56	39	16	0	44	1.48
81120167--81120384	40	5.5	40	91	2	307	22	23	28	24	2.00
81132191--81132295	27	3.9	26	85	9	131	17	25	21	35	1.95
81132191--81132302	54	2.1	54	86	6	156	16	25	22	35	1.95
81140084--81140172	27	3.3	27	81	7	110	20	22	17	39	1.92
81147308--81147474	46	3.7	45	85	4	203	25	20	31	22	1.98
81147257--81147468	92	2.3	90	83	4	246	26	20	31	21	1.98
81147308--81147511	46	4.5	43	82	11	171	25	20	30	23	1.98
81147308--81147474	90	1.8	91	84	5	221	25	20	31	22	1.98
81152706--81152742	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81153387--81153496	42	2.6	43	79	4	134	25	18	24	31	1.97
81153387--81153496	43	2.6	42	75	15	118	25	18	24	31	1.97
81157865--81157898	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
81159683--81159847	40	4.2	40	88	2	235	23	20	27	28	1.99
81161294--81161384	32	2.8	32	76	12	87	29	6	25	38	1.81
81161525--81161673	27	5.6	26	75	4	138	26	14	27	31	1.95
81161525--81161672	53	2.8	53	90	2	226	26	14	27	31	1.95
81171019--81171265	101	2.4	98	85	4	314	25	19	26	28	1.98
81171016--81171265	49	4.9	50	82	4	297	25	18	27	28	1.98
81175166--81175348	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
81182599--81182781	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
81186152--81186188	17	2.1	18	90	5	58	35	21	13	29	1.92
81192135--81192231	28	3.4	28	84	4	106	29	15	24	29	1.96
81199737--81199857	40	3.0	40	82	1	127	26	30	21	21	1.98
81208735--81208919	79	2.3	81	83	7	227	27	27	21	24	1.99
81208718--81208919	40	5.1	40	80	7	232	27	26	21	24	2.00
81213795--81214007	27	7.9	27	85	3	250	35	18	20	25	1.95
81220003--81220092	45	2.0	45	93	0	153	32	28	16	22	1.96
81224071--81224102	16	2.0	16	93	0	55	34	37	9	18	1.83
81225707--81225744	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81225974--81226144	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
81225969--81226141	46	3.7	47	77	13	196	30	27	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81225967--81226160	46	4.2	46	72	16	152	29	28	19	22	1.98
81228423--81228536	42	2.7	42	78	10	124	34	22	15	27	1.95
81228423--81228523	42	2.3	43	85	6	125	34	22	14	27	1.94
81230531--81230569	14	2.6	16	88	8	55	38	2	20	38	1.66
81230791--81230893	45	2.3	45	81	3	127	22	13	30	33	1.92
81232786--81232949	76	2.2	76	90	0	265	25	18	28	27	1.98
81234757--81234836	15	5.3	15	81	1	79	15	13	16	55	1.70
81234767--81234823	30	1.9	30	88	0	87	15	15	12	56	1.68
81235335--81235388	25	2.2	25	100	0	108	33	7	20	38	1.80
81235341--81235394	25	2.2	25	93	0	90	35	7	16	40	1.77
81241180--81241294	45	2.6	45	81	0	140	26	14	24	33	1.94
81243751--81243801	24	2.1	24	85	7	68	52	15	17	13	1.74
81244025--81244126	29	3.6	29	78	1	107	24	14	31	29	1.95
81249820--81249852	16	2.1	16	94	0	57	51	27	3	18	1.60
81251338--81251450	29	4.0	29	77	2	104	25	15	30	29	1.95
81253595--81253770	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
81253592--81253763	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
81257205--81257242	15	2.5	15	100	0	76	50	21	5	23	1.69
81261809--81261991	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
81269920--81270102	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
81278920--81278968	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
81279791--81279957	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81281982--81282042	29	2.1	29	96	0	113	27	29	16	26	1.97
81292316--81292446	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
81292315--81292446	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
81300255--81300385	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
81300254--81300385	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
81310496--81310522	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
81311758--81311783	11	2.4	11	100	0	52	34	7	19	38	1.80
81313204--81313242	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
81323508--81323637	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
81323524--81323675	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
81323524--81323673	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
81332670--81332743	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
81332611--81332743	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
81334635--81334758	42	2.9	41	81	7	131	29	25	14	31	1.95
81346136--81346160	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
81347057--81347176	56	2.2	55	92	1	195	27	12	23	36	1.91
81347784--81347828	19	2.4	19	96	0	81	40	8	17	33	1.81
81353575--81353641	27	2.5	27	85	7	84	31	28	19	20	1.97
81354164--81354228	27	2.4	27	84	5	78	30	15	21	32	1.94
81354195--81354535	27	12.7	27	85	4	370	32	10	19	37	1.85
81354851--81354906	28	2.0	28	86	3	78	25	37	16	21	1.93
81356075--81356157	29	2.9	29	94	0	139	27	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81356047--81356199	29	5.4	29	82	3	134	26	29	15	29	1.96
81359355--81359421	30	2.2	30	97	2	125	25	17	29	26	1.98
81360480--81360541	27	2.3	27	83	5	72	29	17	16	37	1.92
81360518--81360815	27	11.1	27	81	3	246	31	10	21	37	1.87
81360520--81360812	54	5.5	54	82	6	310	30	10	21	37	1.86
81360520--81360815	81	3.7	80	81	4	339	31	10	21	37	1.86
81361145--81361208	28	2.3	28	88	0	92	26	35	18	18	1.94
81363130--81363186	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
81363236--81363346	26	4.4	26	90	3	165	28	18	22	30	1.97
81363921--81363955	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
81370769--81370805	17	2.2	17	95	0	65	16	32	27	24	1.96
81371139--81371213	20	3.8	20	87	6	102	38	9	17	34	1.82
81371263--81371347	26	3.4	26	88	4	122	30	18	22	28	1.97
81373752--81373776	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
81375546--81375634	27	3.2	27	79	10	101	32	21	24	21	1.98
81375740--81375804	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
81379077--81379240	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81379077--81379274	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
81386656--81386819	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81386656--81386853	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
81393751--81393865	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
81393776--81393865	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81393973--81394029	27	2.1	27	90	6	89	29	8	28	33	1.87
81395821--81395941	56	2.2	56	92	0	197	28	14	23	33	1.94
81400418--81400522	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
81409830--81409964	23	5.9	24	71	15	99	35	17	21	25	1.95
81409830--81409965	45	3.0	45	77	13	154	35	16	21	26	1.95
81409826--81409903	22	3.5	22	76	10	86	35	16	21	25	1.94
81409907--81409989	24	3.4	24	77	9	71	36	18	21	24	1.95
81412832--81413056	40	5.7	40	83	5	242	26	26	22	25	2.00
81412834--81413049	119	1.8	120	82	7	278	26	25	21	26	2.00
81418539--81418683	43	3.4	43	81	10	163	23	19	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770