genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.380.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  380  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117056050--117056143	49	1.9	49	88	0	143	25	22	7	44	1.78
117059221--117059302	31	2.6	31	92	0	137	25	19	13	41	1.88
117059490--117059632	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
117059490--117059631	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
117059489--117059632	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
117059683--117059742	20	3.0	20	87	0	93	35	20	11	33	1.88
117059785--117059832	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
117060990--117061054	27	2.4	27	87	5	87	21	27	20	30	1.98
117061113--117061390	27	10.3	27	81	6	123	37	8	18	35	1.81
117061260--117061525	81	3.3	81	83	4	322	43	8	20	27	1.80
117061260--117061525	27	9.9	27	88	3	286	43	8	20	27	1.80
117061502--117061593	27	3.4	27	83	4	123	29	9	22	38	1.86
117069615--117069925	49	6.4	49	97	0	563	29	8	31	29	1.87
117070027--117070111	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
117079180--117079405	40	5.7	40	87	4	280	28	26	19	25	1.99
117080001--117080128	38	3.4	38	95	0	238	34	27	11	26	1.91
117086302--117086486	39	4.7	40	77	11	121	27	23	25	23	2.00
117086302--117086507	40	5.2	39	78	10	177	25	23	26	24	2.00
117086343--117086507	79	2.1	80	84	5	210	24	24	27	23	2.00
117093714--117093920	40	5.2	40	83	1	209	25	23	26	25	2.00
117093714--117093920	79	2.6	79	83	2	245	25	23	26	25	2.00
117098007--117098228	40	5.6	40	89	4	290	26	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117098828--117098981	38	4.4	38	81	18	224	33	28	12	25	1.92
117098884--117098938	26	2.1	26	100	0	110	29	27	14	29	1.95
117098846--117098976	64	2.0	64	100	0	262	32	28	12	27	1.92
117098888--117098954	26	2.6	25	86	9	64	31	28	11	28	1.92
117106645--117106817	46	3.7	46	76	10	172	21	18	27	31	1.97
117106642--117106812	93	1.8	93	88	2	263	21	18	28	30	1.97
117108723--117108869	40	3.7	40	85	1	177	24	27	21	26	1.99
117108755--117108868	41	2.8	40	89	2	138	23	27	21	27	1.99
117112776--117112848	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
117120712--117120784	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
117124999--117125434	47	9.3	47	92	0	710	28	28	8	34	1.86
117128308--117128405	28	3.5	28	70	5	99	27	34	19	18	1.95
117128304--117128434	56	2.3	56	94	0	244	29	33	19	18	1.95
117128336--117128433	28	3.5	28	70	10	92	29	30	20	19	1.97
117128640--117128782	40	3.6	40	95	0	250	25	27	23	23	2.00
117128678--117128744	23	3.2	23	64	24	65	25	26	23	23	2.00
117128818--117128927	38	2.9	38	78	2	96	28	28	16	27	1.97
117128846--117128960	38	3.0	38	81	0	140	25	26	16	31	1.96
117130908--117131305	47	8.5	47	91	0	625	27	29	8	34	1.86
117132993--117133143	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
117133030--117133159	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
117140992--117141142	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117141029--117141158	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
117145284--117145327	22	2.0	22	95	0	79	59	15	4	20	1.54
117146777--117146887	57	1.9	57	85	5	152	30	18	8	43	1.79
117153618--117153690	27	2.7	27	95	0	128	27	16	16	39	1.90
117156059--117156215	43	3.7	42	81	7	165	33	27	15	24	1.95
117157011--117157039	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
117157782--117158125	38	9.1	38	88	1	462	37	24	20	18	1.94
117159802--117160022	124	1.8	121	83	4	291	32	11	23	33	1.90
117159979--117160162	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
117160019--117160207	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
117167893--117168113	124	1.8	121	83	4	291	32	11	23	33	1.90
117168070--117168253	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
117168110--117168298	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
117181438--117181567	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
117188666--117188796	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
117192081--117192342	47	5.6	45	76	11	219	25	26	18	29	1.98
117192081--117192343	93	2.8	92	80	10	268	25	26	18	29	1.98
117193566--117193625	26	2.3	27	91	2	95	23	21	21	33	1.97
117197962--117198050	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
117197962--117198041	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
117197973--117198050	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
117205393--117205455	28	2.3	26	81	5	63	25	23	25	25	2.00
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117205863--117205986	27	4.6	27	79	1	124	25	24	20	30	1.98
117205877--117205982	54	2.0	53	84	1	140	26	25	16	32	1.96
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117209827--117210008	78	2.3	81	86	6	266	25	22	27	24	2.00
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117217839--117218017	78	2.3	80	84	6	231	25	20	28	25	1.99
117219987--117220484	249	2.0	249	96	0	915	32	22	12	31	1.91
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117228650--117228707	25	2.3	25	88	5	82	25	13	27	32	1.94
117228696--117228777	25	3.3	25	87	0	119	29	18	20	31	1.96
117230478--117230723	132	1.9	132	93	0	429	39	9	17	33	1.82
117232465--117232661	27	7.3	27	81	5	132	29	14	18	37	1.90
117232507--117232792	27	10.6	27	84	3	294	28	10	22	38	1.88
117243606--117243668	28	2.2	28	83	5	74	30	33	14	22	1.93
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117250732--117250811	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
117263418--117263532	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
117263443--117263532	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
117263638--117263728	28	3.3	28	89	6	141	28	7	29	34	1.85
117270438--117270523	43	2.0	43	88	0	127	32	27	17	22	1.96
117272542--117272698	42	3.8	42	74	6	131	31	15	24	28	1.95
117272557--117272674	41	2.9	41	75	6	112	32	14	24	28	1.94
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117273772--117273913	56	2.5	56	87	1	203	27	13	24	34	1.93
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117280710--117280838	49	2.6	50	82	4	156	27	18	28	24	1.98
117287759--117287891	51	2.6	51	83	4	153	30	28	14	27	1.95
117287806--117288034	51	4.5	51	81	1	217	31	27	15	24	1.96
117287846--117288034	50	3.7	50	81	3	200	32	26	16	23	1.96
117291309--117291349	21	2.0	21	90	4	66	39	0	19	41	1.52
117295619--117295790	93	1.8	93	88	0	263	22	21	29	26	1.99
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117298830--117298997	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
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117305177--117305388	94	2.3	94	96	0	388	32	13	29	25	1.93
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117310913--117310994	39	2.0	40	95	4	148	46	7	13	32	1.71
117316858--117317030	93	1.9	92	89	3	267	21	19	30	28	1.98
117319973--117320041	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
117319964--117320051	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117322421--117322596	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
117322417--117322588	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
117325456--117325582	40	3.3	38	80	9	134	22	25	29	23	1.99
117325459--117325566	40	2.8	41	86	10	140	22	26	29	21	1.99
117336505--117336612	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
117336464--117336612	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
117339556--117339625	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
117339556--117339637	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
117342315--117342409	27	3.5	28	86	2	131	33	23	24	18	1.97
117342297--117342410	27	4.2	27	81	7	117	35	21	22	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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