genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.679.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  679  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213847781--213847958	39	4.5	40	79	9	186	24	26	23	25	2.00
213847781--213847957	79	2.2	80	85	5	234	23	26	23	25	2.00
213847808--213847958	40	3.8	39	83	6	178	24	27	23	25	2.00
213863055--213863169	43	2.7	42	76	9	108	24	15	22	37	1.93
213870701--213870825	43	2.9	42	78	5	126	26	12	22	38	1.90
213874324--213874453	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
213881473--213881603	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
213881472--213881603	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
213889424--213889554	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
213889423--213889554	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
213897375--213897505	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
213897374--213897505	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
213900050--213900226	47	3.8	46	81	13	227	20	19	29	29	1.97
213902671--213902840	46	3.7	45	82	6	191	25	20	31	22	1.98
213902720--213902880	46	3.6	44	84	8	184	24	20	31	24	1.98
213906273--213906447	45	3.8	46	78	12	191	21	20	29	29	1.98
213912909--213913075	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
213915352--213915454	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
213920263--213920300	20	1.9	20	94	0	67	52	0	5	42	1.24
213923823--213923986	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
213926442--213926473	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
213927127--213927392	49	5.5	49	93	2	450	30	29	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213928650--213928678	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
213929041--213929066	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
213929247--213929271	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
213930743--213930845	29	3.6	29	71	10	93	25	32	18	24	1.97
213930709--213930861	58	2.7	58	90	3	238	26	28	20	24	1.99
213930905--213931117	43	5.0	43	98	0	399	31	32	23	13	1.92
213931096--213931269	40	4.2	42	71	10	133	25	28	22	23	1.99
213932446--213932477	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
213933132--213933397	49	5.5	49	93	2	450	30	29	7	33	1.84
213934654--213934686	2	17.5	2	87	12	52	54	0	0	45	0.99
213935047--213935076	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
213943787--213943887	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
213943787--213943969	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
213948780--213949005	41	5.5	41	86	2	310	18	29	17	34	1.94
213948940--213949024	20	4.2	20	70	8	64	17	24	20	37	1.93
213950956--213951053	28	3.5	27	81	5	108	27	15	26	30	1.96
213959496--213959705	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
213969548--213969671	39	3.2	39	91	1	194	25	32	19	22	1.97
213977335--213977527	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
213977365--213977527	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
213983825--213984073	40	6.2	40	90	2	376	21	28	24	25	1.99
213983825--213984073	79	3.1	80	91	1	376	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213983825--213984073	119	2.1	120	90	0	392	21	28	24	25	1.99
213991992--213992238	40	6.2	40	88	4	358	22	29	23	24	1.99
213991992--213992238	117	2.1	120	87	4	358	22	29	23	24	1.99
213995510--213995682	40	4.4	39	75	7	136	27	22	27	22	1.99
214003610--214003793	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
214003650--214003838	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
214008400--214008543	40	3.6	40	84	7	177	25	25	26	22	2.00
214011834--214012015	40	4.6	39	81	7	172	27	22	26	23	2.00
214019720--214019899	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
214023987--214024157	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
214032012--214032182	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
214034586--214034636	3	16.7	3	84	11	68	64	1	0	33	1.05
214036091--214036308	84	2.5	88	86	7	331	21	23	20	34	1.97
214036072--214036610	44	12.5	44	69	16	265	21	22	20	35	1.96
214036195--214036613	131	3.2	131	88	4	573	21	21	21	36	1.96
214049238--214049294	3	18.7	3	85	10	80	64	1	0	33	1.04
214060960--214061127	40	4.2	40	78	6	153	26	22	26	24	2.00
214066330--214066355	12	2.2	12	100	0	52	34	23	30	11	1.90
214068099--214068308	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
214076232--214076400	40	4.2	40	85	3	223	21	28	24	24	1.99
214080588--214080689	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
214088476--214088577	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214091602--214091765	43	3.8	42	75	10	152	25	18	26	28	1.98
214096595--214096724	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
214096595--214096761	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
214104636--214104765	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
214104636--214104802	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
214117240--214117273	11	3.0	11	86	4	50	88	5	5	0	0.64
214117268--214117304	16	2.3	16	85	0	56	62	29	0	8	1.24
214119920--214119954	12	2.9	12	95	0	61	31	22	2	42	1.68
214125033--214125206	70	2.5	69	86	3	235	28	14	22	33	1.94
214125206--214125646	72	6.1	71	69	10	315	25	16	21	36	1.94
214125436--214125647	74	2.9	73	84	6	250	26	17	23	32	1.97
214125637--214125670	13	2.5	14	90	4	52	17	17	5	58	1.57
214125651--214125812	74	2.1	77	88	4	240	28	19	20	30	1.97
214125490--214126147	165	4.0	165	90	3	940	27	18	20	33	1.96
214126004--214126509	79	6.5	73	75	13	413	29	16	19	34	1.94
214126003--214126719	88	9.0	76	73	14	434	28	16	19	35	1.94
214126491--214126552	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
214125830--214126595	395	1.9	382	81	9	847	29	17	19	34	1.94
214126143--214126720	253	2.3	247	85	5	758	28	16	18	36	1.93
214127364--214127397	11	3.1	11	87	12	52	88	8	2	0	0.62
214127365--214127396	16	2.0	16	93	0	55	93	3	3	0	0.40
214127392--214127426	15	2.3	15	85	0	52	65	28	0	5	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214130338--214131335	70	13.5	76	84	11	1027	30	16	20	32	1.95
214130338--214131335	217	4.5	218	84	11	1259	30	16	20	32	1.95
214130338--214130926	147	4.1	140	92	4	971	32	16	19	31	1.94
214130358--214131335	147	6.7	142	80	14	707	30	16	20	32	1.95
214131049--214131077	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
214130926--214131152	91	2.6	86	82	7	276	24	19	20	34	1.96
214131064--214131413	72	4.7	72	87	5	454	31	16	19	32	1.94
214131728--214131826	44	2.2	45	80	3	103	38	17	15	29	1.90
214132141--214132207	34	2.0	34	90	0	107	19	44	10	25	1.82
214132624--214132662	19	2.0	20	90	5	62	48	28	10	12	1.74
214132613--214132670	13	3.6	16	70	27	50	63	18	6	10	1.47
214132629--214132671	20	2.3	19	84	8	52	62	18	6	11	1.50
214133496--214133560	2	34.0	2	81	9	73	41	0	6	52	1.26
214133605--214133635	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
214136532--214136579	11	4.6	11	80	12	57	35	12	18	33	1.89
214136890--214137002	31	3.7	31	86	6	144	30	18	25	24	1.98
214141102--214141286	40	4.7	40	86	6	227	25	27	22	25	2.00
214149132--214149317	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
214157160--214157345	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
214173380--214173442	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
214173895--214173920	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
214177964--214178034	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214177964--214178057	48	1.9	48	83	10	120	35	3	37	24	1.72
214180648--214180840	40	4.8	39	75	6	138	25	23	27	22	2.00
214182748--214182859	27	4.2	26	85	7	143	15	22	23	39	1.91
214189107--214189170	23	2.7	23	92	2	101	35	0	39	25	1.56
214190571--214190680	54	2.1	52	87	3	157	15	22	23	38	1.92
214190571--214190680	26	4.2	26	86	6	141	15	22	23	38	1.92
214194805--214194907	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
214202813--214202915	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
214206633--214206658	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
214208389--214208460	34	2.2	33	82	7	83	23	22	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770