genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  304  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92875682--92875865	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
92876943--92876976	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
92877785--92877893	54	2.0	54	100	0	218	20	11	23	44	1.83
92879577--92879601	13	1.9	13	100	0	50	40	24	24	12	1.88
92882176--92882230	28	2.0	28	85	0	74	27	23	25	23	2.00
92882380--92882437	27	2.1	28	81	9	75	41	22	17	18	1.90
92882393--92882472	27	3.0	26	82	8	90	36	21	20	22	1.95
92888582--92888628	22	2.1	22	92	0	76	38	8	8	44	1.65
92888612--92888655	22	2.0	22	81	0	52	34	0	22	43	1.54
92890733--92890781	25	2.0	25	91	0	80	36	16	8	38	1.78
92891163--92891229	20	3.3	19	82	14	64	41	17	26	13	1.87
92891173--92891232	20	3.0	20	83	13	79	40	16	30	13	1.87
92898025--92898065	20	2.0	20	90	0	64	36	2	17	43	1.62
92905156--92905513	138	2.6	138	91	2	585	38	8	6	46	1.59
92905390--92905732	121	2.7	123	82	8	404	40	9	4	46	1.56
92905253--92905732	259	1.9	258	90	1	773	40	9	4	45	1.57
92911915--92912119	51	4.0	51	83	5	227	28	27	15	28	1.96
92912138--92912232	28	3.5	28	78	11	117	28	23	12	35	1.91
92914221--92914283	27	2.3	27	88	0	90	19	36	9	34	1.84
92916491--92916580	42	2.1	42	87	0	126	28	12	25	33	1.92
92919944--92920151	40	5.2	39	81	3	211	25	25	22	26	2.00
92919944--92920150	80	2.6	80	83	2	245	25	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92922627--92922687	30	2.0	30	83	0	77	29	24	3	42	1.70
92928766--92928846	38	2.1	38	88	0	117	22	23	23	30	1.99
92929264--92929352	45	2.0	43	82	8	108	25	23	26	23	2.00
92934909--92934993	41	2.1	41	100	0	170	28	22	9	40	1.85
92938702--92938865	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
92946226--92946388	71	2.3	70	98	1	317	34	17	28	19	1.94
92950090--92950216	40	3.2	40	77	6	143	24	25	27	22	2.00
92958144--92958353	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
92973741--92973800	30	2.0	30	83	0	75	35	25	1	38	1.66
92978641--92978773	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
92978671--92978773	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
92982455--92982508	27	2.0	27	85	0	72	38	12	5	42	1.67
92984631--92984753	43	2.9	42	81	11	160	32	25	19	22	1.97
92991332--92991373	15	2.8	15	79	13	50	59	16	9	14	1.60
92994494--92994592	28	3.5	29	78	6	96	31	25	15	28	1.95
92996774--92997005	49	4.7	49	81	5	223	28	27	18	25	1.98
92996774--92996952	49	3.6	49	89	2	225	29	28	17	24	1.97
93001391--93001532	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
93001430--93001558	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
93009409--93009550	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
93009448--93009576	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
93013251--93013318	34	2.0	34	100	0	136	29	8	8	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93013863--93013916	27	2.0	27	88	0	81	35	31	12	20	1.90
93019728--93019838	43	2.6	43	78	12	120	33	27	15	23	1.95
93020118--93020583	232	2.0	234	93	0	792	33	21	7	38	1.81
93022979--93023143	43	3.9	41	78	7	141	30	25	18	25	1.98
93024373--93024414	22	1.9	22	85	0	57	28	16	26	28	1.97
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93024779--93024972	81	2.4	81	86	5	261	31	9	20	38	1.84
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93030459--93030746	142	2.0	143	93	1	497	34	6	28	30	1.82
93030459--93030737	94	2.9	94	93	1	486	34	6	27	30	1.82
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93083829--93084053	79	2.8	77	83	9	267	24	28	24	23	2.00
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93193351--93193532	14	12.7	14	69	14	113	19	0	33	46	1.54
93193469--93193532	7	9.0	7	83	10	76	15	0	42	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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93193601--93193638	17	2.2	17	90	4	58	44	0	0	55	0.99
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93193891--93194276	115	3.4	113	75	7	336	27	19	18	33	1.96
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93196703--93196793	39	2.4	39	90	5	141	42	1	4	51	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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