genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.409.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  409  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125622020--125622117	26	3.8	26	94	2	171	29	21	24	24	1.99
125624035--125624133	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
125628271--125628419	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
125628312--125628419	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
125636382--125636530	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
125636423--125636530	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
125652303--125652369	32	2.1	32	91	0	107	31	26	7	34	1.84
125652434--125652557	42	3.0	42	85	2	169	33	27	16	23	1.95
125658438--125658638	42	4.8	42	85	2	251	32	16	23	27	1.96
125662897--125663388	69	7.1	69	79	3	387	18	21	22	37	1.94
125662897--125663388	207	2.4	207	82	2	567	18	21	22	37	1.94
125666198--125666347	38	3.9	38	81	6	160	23	22	24	30	1.99
125666171--125666347	76	2.3	78	83	6	227	23	22	24	29	1.99
125669907--125670009	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
125677589--125677756	75	2.2	77	82	8	218	23	22	23	30	1.99
125677600--125677770	38	4.5	37	78	7	166	20	22	25	32	1.98
125683261--125683335	27	2.8	27	85	0	105	40	22	9	28	1.85
125683318--125683391	27	2.8	25	78	10	76	39	27	4	29	1.75
125683374--125683623	27	9.3	27	88	1	331	36	18	21	24	1.95
125683861--125683912	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
125684143--125684325	6	29.8	6	68	16	99	19	17	14	49	1.80
125684143--125684305	61	2.7	61	86	2	220	19	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125686044--125686108	28	2.3	28	89	5	96	33	27	7	30	1.85
125686214--125686303	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
125686226--125686314	27	3.2	28	82	4	81	23	26	17	31	1.97
125686214--125686328	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
125698245--125698407	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
125698245--125698441	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
125700563--125700626	24	2.6	25	82	4	78	34	31	14	20	1.92
125700650--125700699	24	2.1	24	84	0	64	32	32	12	24	1.91
125700655--125700891	94	2.5	94	93	0	411	38	20	11	29	1.88
125700849--125700936	24	3.5	24	75	11	95	37	23	14	23	1.92
125700839--125700943	52	2.0	52	100	0	210	38	22	13	25	1.91
125711078--125711175	47	2.1	47	100	0	196	42	12	14	30	1.82
125711398--125711585	79	2.4	80	93	0	315	23	21	27	28	1.99
125711398--125711602	40	5.2	40	91	1	315	23	20	27	27	1.99
125719934--125720154	48	4.6	47	79	2	192	25	14	29	29	1.95
125726424--125726531	27	4.0	27	76	8	103	37	22	23	17	1.94
125726424--125726529	54	2.0	54	84	3	142	36	22	22	17	1.95
125726948--125726977	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
125727949--125727995	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
125733331--125733450	36	3.3	36	95	2	213	21	34	18	25	1.96
125733552--125733766	49	4.4	49	95	0	367	29	32	9	28	1.88
125738026--125738137	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125738026--125738137	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
125739557--125739603	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
125742896--125743165	47	5.7	47	93	0	396	27	30	8	32	1.87
125745750--125745968	40	5.5	39	83	4	217	22	26	23	26	2.00
125753837--125754053	40	5.5	39	83	7	217	23	26	23	26	2.00
125753864--125754054	78	2.4	80	83	3	242	24	26	23	26	2.00
125762694--125762727	16	2.0	17	88	11	52	29	29	35	5	1.81
125763076--125763135	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
125765581--125765733	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
125765582--125765764	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
125765588--125765802	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
125769980--125770218	101	2.4	98	87	2	334	25	17	27	29	1.98
125769981--125770218	49	4.8	50	86	2	318	25	18	27	29	1.98
125775186--125775425	49	4.8	49	79	7	259	27	17	25	30	1.97
125776801--125776972	43	4.0	44	68	13	115	22	18	24	34	1.96
125779250--125779576	48	6.9	47	80	4	334	28	26	16	28	1.97
125779250--125779576	96	3.4	95	86	2	379	28	26	16	28	1.97
125779303--125779576	144	1.9	143	92	2	460	28	26	17	28	1.98
125780210--125780320	51	2.2	51	98	0	213	34	29	9	26	1.89
125786091--125786204	24	4.8	24	96	1	203	35	27	17	20	1.95
125789749--125789886	24	5.8	24	97	0	251	35	26	17	20	1.95
125789869--125789941	28	2.6	29	95	2	130	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125793459--125793572	24	4.8	24	96	1	203	35	27	17	20	1.95
125793555--125793628	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
125795214--125795336	29	4.2	29	98	0	237	26	27	15	30	1.96
125803261--125803448	29	6.5	29	85	4	238	26	30	16	27	1.97
125804912--125804943	14	2.3	14	100	0	64	40	18	9	31	1.83
125806011--125806069	29	2.0	29	96	0	109	35	13	15	35	1.87
125811247--125811403	48	3.3	48	80	0	188	28	19	28	24	1.98
125813132--125813302	39	4.3	40	91	3	233	24	21	29	25	1.99
125822332--125822529	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
125822398--125822515	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
125822366--125822529	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
125829898--125830095	71	2.8	70	91	3	294	34	17	27	20	1.95
125829932--125830095	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
125843244--125843370	45	2.9	44	81	8	118	25	29	21	23	1.99
125843700--125843897	43	4.6	43	92	0	342	30	32	24	11	1.91
125843700--125843921	86	2.6	86	90	1	322	30	32	24	12	1.92
125845888--125845960	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
125853933--125854005	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
125856323--125856357	2	18.0	2	88	5	54	51	2	0	45	1.16
125864773--125864889	40	2.9	39	94	2	198	30	25	22	21	1.98
125870108--125870224	40	2.9	40	90	0	171	31	25	20	22	1.98
125874044--125874081	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125874309--125874479	47	3.7	46	77	17	160	28	28	19	22	1.98
125874309--125874479	93	1.8	92	91	1	279	28	28	19	22	1.98
125874893--125874954	30	2.1	30	87	6	90	32	24	6	37	1.81
125881849--125882017	92	1.8	92	93	2	295	28	29	20	21	1.98
125881844--125882014	45	3.7	46	79	14	201	29	28	20	21	1.98
125883856--125883964	27	4.1	26	77	8	121	37	21	11	30	1.88
125883971--125884128	26	6.0	25	71	12	77	36	22	10	31	1.87
125884057--125884127	27	2.6	27	77	0	79	36	26	5	30	1.80
125884111--125884400	26	11.3	26	82	10	305	32	20	22	25	1.98
125884298--125884399	54	1.9	53	85	2	141	31	18	23	26	1.98
125884827--125884891	22	3.0	22	77	8	60	20	21	23	35	1.96
125885254--125885394	31	4.5	31	90	0	201	18	17	16	47	1.83
125885254--125885421	6	27.3	6	70	15	112	19	17	16	47	1.83
125886583--125886616	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
125893071--125893131	28	2.2	28	93	0	104	32	27	8	31	1.86
125893237--125893326	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
125893237--125893326	27	3.2	28	79	7	103	20	24	23	32	1.98
125893247--125893337	27	3.2	28	79	4	85	21	26	19	31	1.98
125893237--125893351	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
125912448--125912477	14	2.1	14	93	0	51	40	3	36	20	1.69
125915566--125915733	40	4.2	40	82	1	176	24	27	22	25	2.00
125915566--125915733	80	2.1	80	83	6	207	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125923577--125923736	40	4.0	40	80	8	164	25	26	21	26	2.00
125923571--125923736	80	2.1	78	83	6	201	24	27	22	25	2.00
125927165--125927191	12	2.2	12	100	0	54	18	33	7	40	1.78
125932246--125932418	46	3.7	46	77	14	194	21	19	30	28	1.98
125932240--125932410	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
125943399--125943605	40	5.3	40	90	4	316	27	29	20	23	1.99
125943399--125943605	79	2.6	78	91	3	326	27	29	20	23	1.99
125957236--125957367	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
125962988--125963088	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
125972767--125972888	45	2.8	45	77	12	110	22	23	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770