genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  139  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40884262--40884400	40	3.5	39	81	4	138	25	21	27	25	1.99
40887630--40887689	31	1.9	32	93	3	104	26	25	10	38	1.87
40887797--40887896	28	3.6	28	79	2	112	23	26	20	31	1.98
40887762--40887923	56	2.9	56	81	7	186	24	28	17	29	1.98
40887822--40887923	28	3.6	28	79	10	109	23	30	17	28	1.97
40893157--40893200	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
40893214--40893238	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
40897443--40897486	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
40898786--40898817	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
40902274--40902391	28	4.2	28	73	13	107	30	13	28	27	1.94
40902278--40902387	57	1.9	56	85	5	150	29	14	30	25	1.95
40906848--40906880	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
40912168--40912232	28	2.3	28	89	0	94	32	26	7	33	1.85
40912338--40912428	28	3.2	28	84	4	121	23	23	21	31	1.98
40913753--40913800	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
40913830--40913883	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
40913929--40914001	26	2.8	26	89	2	112	27	24	21	26	2.00
40913940--40914014	26	2.9	26	83	13	93	26	24	21	28	1.99
40914186--40914268	31	2.7	31	88	1	123	32	15	28	22	1.95
40919182--40919378	50	4.0	49	81	5	243	28	25	19	26	1.98
40919197--40919379	101	1.8	99	88	2	276	29	25	19	25	1.98
40922598--40922698	29	3.5	28	83	6	96	29	26	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40922598--40922698	28	3.5	28	82	6	96	29	26	14	28	1.95
40922627--40922698	30	2.5	28	86	4	90	31	27	15	25	1.95
40924569--40924638	15	4.8	14	80	13	70	62	17	11	8	1.52
40924569--40924638	30	2.4	30	81	15	92	62	17	11	8	1.52
40927591--40927780	50	3.8	49	83	2	218	28	26	18	25	1.98
40927605--40927788	101	1.8	99	85	2	260	28	27	19	25	1.98
40933200--40933247	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
40933377--40933448	26	2.8	26	87	2	101	26	26	22	25	2.00
40933387--40933461	26	2.9	26	81	13	84	26	25	21	26	1.99
40933633--40933728	31	3.1	31	92	1	149	31	14	28	26	1.95
40934944--40934986	22	2.0	22	100	0	86	46	0	32	20	1.51
40952301--40952545	40	6.2	40	89	2	318	25	27	22	24	2.00
40972748--40972807	30	2.0	30	100	0	120	33	20	23	23	1.97
40973513--40973610	49	2.0	49	97	0	187	48	17	10	23	1.77
40981840--40981875	17	2.1	17	100	0	72	30	11	22	36	1.89
40990626--40990785	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
40990626--40990785	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
40997167--40997385	29	7.5	30	90	6	324	26	24	13	34	1.93
40997167--40997356	59	3.3	59	96	2	341	26	24	13	35	1.93
41004841--41004922	28	3.0	28	82	8	107	24	24	19	31	1.98
41010756--41010957	49	4.1	49	94	0	350	30	27	8	33	1.86
41013177--41013272	40	2.4	40	87	3	131	26	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41013149--41013327	40	4.5	39	73	9	128	25	26	22	26	2.00
41014028--41014419	40	9.8	40	94	0	667	25	27	21	25	1.99
41016353--41016554	49	4.1	49	95	0	350	30	27	8	33	1.87
41025591--41025675	32	2.7	32	87	3	109	27	18	24	29	1.98
41037796--41037972	37	4.8	37	93	0	300	24	31	19	23	1.98
41038113--41038580	48	9.9	48	94	2	829	30	28	6	34	1.82
41042159--41042349	40	4.8	40	85	3	222	25	23	26	25	2.00
41042158--41042391	80	2.9	79	78	5	220	26	23	25	24	2.00
41042159--41042391	120	1.9	121	80	2	272	26	23	25	24	2.00
41050154--41050345	40	4.8	40	83	4	217	26	22	26	25	2.00
41050154--41050387	80	2.9	80	81	2	245	26	23	25	23	2.00
41050155--41050387	40	5.8	39	81	7	191	27	23	25	23	2.00
41050155--41050387	120	1.9	121	80	2	272	27	23	25	23	2.00
41051349--41051509	38	4.4	38	84	12	223	22	22	16	37	1.94
41051372--41051509	31	4.1	31	80	17	143	23	21	15	38	1.92
41051701--41051795	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
41051701--41051794	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
41051846--41051905	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
41051948--41051995	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
41059889--41060055	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
41067874--41068040	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
41069729--41069795	33	2.0	34	85	2	91	29	20	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41078198--41078364	40	4.2	40	76	4	142	23	25	23	27	2.00
41094625--41094791	49	3.4	49	81	3	217	29	25	17	26	1.98
41097121--41097252	48	2.8	48	92	0	219	36	7	26	29	1.84
41097393--41097495	37	2.8	37	93	0	170	24	19	31	25	1.98
41098773--41099131	40	9.0	40	94	0	619	20	22	30	26	1.98
41099295--41099345	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
41102799--41102898	37	2.7	37	96	0	182	24	19	33	24	1.97
41105978--41106025	2	23.5	2	87	4	69	45	0	2	52	1.12
41107463--41107490	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
41111076--41111210	46	2.9	47	81	10	179	21	20	29	28	1.98
41116251--41116275	8	3.1	8	100	0	50	24	40	12	24	1.88
41122962--41122998	19	1.9	19	94	0	65	21	27	40	10	1.86
41128965--41129146	39	4.7	40	81	10	207	24	21	26	26	2.00
41128965--41129144	77	2.3	80	83	8	219	25	22	26	26	2.00
41129018--41129178	77	2.1	76	80	9	175	26	21	26	26	1.99
41136998--41137181	40	4.7	40	82	9	218	23	22	27	26	2.00
41136999--41137179	78	2.3	81	83	9	230	24	22	27	25	2.00
41140711--41140902	40	4.8	39	82	5	172	24	23	28	23	2.00
41140711--41140902	79	2.4	81	83	6	232	24	23	28	23	2.00
41140711--41140928	79	2.7	77	80	8	206	24	22	27	24	2.00
41148573--41148764	40	4.8	40	80	6	194	23	22	28	25	1.99
41148573--41148764	79	2.4	81	81	6	223	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41148573--41148790	79	2.7	77	79	8	197	23	22	27	26	1.99
41151101--41151284	55	3.3	58	95	3	324	36	14	25	23	1.93
41151101--41151284	85	2.2	84	98	1	350	36	14	25	23	1.93
41151101--41151284	29	6.5	29	93	6	324	36	14	25	23	1.93
41158702--41158862	29	5.5	29	96	1	295	37	14	23	24	1.92
41158672--41158862	58	3.2	59	92	2	303	36	14	24	25	1.93
41158702--41158862	88	1.8	87	95	1	295	37	14	23	24	1.92
41164245--41164276	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
41165596--41165729	27	5.0	27	72	3	90	38	25	8	27	1.86
41165657--41166069	81	5.1	82	82	7	418	36	21	19	23	1.95
41165714--41166069	27	13.1	27	87	0	469	34	20	21	23	1.96
41166272--41166341	25	2.8	25	91	0	104	27	22	22	27	1.99
41166297--41166368	25	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
41181939--41182039	25	4.1	25	70	11	66	28	21	18	30	1.97
41182008--41182086	25	3.2	25	72	16	74	29	22	18	29	1.98
41182928--41182976	24	2.0	24	100	0	98	46	12	8	32	1.71
41183224--41183253	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
41187593--41187718	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
41187532--41187718	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
41195668--41195793	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
41195607--41195793	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
41199484--41199603	44	2.8	44	82	6	122	30	16	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41200469--41200564	30	3.2	30	73	8	106	21	27	26	25	2.00
41206756--41207089	50	6.6	50	77	2	328	26	17	25	31	1.97
41206757--41207048	101	2.9	101	86	1	397	26	18	24	31	1.97
41206814--41207097	151	1.9	152	86	0	408	26	17	24	30	1.97
41212073--41212265	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
41212103--41212265	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
41219603--41219795	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
41219633--41219795	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
41222582--41222669	44	2.0	43	91	2	140	38	19	6	35	1.78
41228149--41228332	40	4.6	39	81	9	185	25	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770