genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.454.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  454  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139808436--139808495	26	2.3	26	83	8	79	33	25	6	35	1.82
139808436--139808507	26	2.8	26	81	10	78	34	25	8	31	1.85
139808768--139808890	21	5.9	21	72	3	77	44	17	21	17	1.86
139808756--139808912	42	3.7	42	84	3	181	44	15	22	17	1.86
139808842--139808907	21	3.2	20	76	8	69	45	15	19	19	1.85
139815426--139815488	28	2.3	28	86	2	83	15	33	7	42	1.76
139817813--139817841	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
139821956--139821988	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
139824895--139825068	48	3.7	47	79	9	183	25	30	18	24	1.98
139824892--139825130	95	2.5	96	82	6	286	25	29	19	25	1.98
139832049--139832325	50	5.7	49	72	11	187	23	27	20	29	1.99
139836807--139836881	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
139836865--139836938	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
139844739--139844812	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
139844680--139844812	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
139849813--139849863	26	2.0	26	85	7	70	15	11	1	70	1.25
139851089--139851221	50	2.6	51	78	4	151	36	12	15	34	1.86
139851622--139851667	22	2.1	21	84	15	58	19	15	2	63	1.41
139851855--139852064	58	3.6	57	83	3	217	36	22	17	24	1.95
139851839--139852081	87	2.8	86	82	2	252	38	21	16	24	1.93
139851879--139852085	29	7.1	29	89	1	227	37	22	15	24	1.93
139852077--139852151	26	2.9	26	79	0	96	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139855508--139855621	39	3.0	39	86	7	137	21	21	28	28	1.99
139855548--139855629	39	2.1	38	95	2	146	23	19	25	31	1.98
139855607--139855650	21	2.0	22	91	4	72	27	11	25	36	1.90
139855568--139855680	60	1.9	60	94	3	201	23	18	27	30	1.97
139855629--139855712	38	2.2	38	93	4	143	23	19	27	29	1.98
139863563--139863740	38	4.7	38	86	6	256	23	21	25	30	1.99
139863563--139863740	72	2.4	72	90	6	266	23	21	25	30	1.99
139868723--139868812	27	3.3	27	85	3	119	40	16	10	33	1.82
139868723--139868828	54	2.0	53	81	9	126	38	18	10	32	1.85
139868818--139869028	27	7.9	27	86	5	277	27	23	9	39	1.84
139868818--139869056	81	3.0	79	77	11	236	29	22	8	38	1.84
139869006--139869229	54	4.1	55	69	10	154	39	20	7	32	1.81
139868764--139869065	81	3.7	80	75	8	218	31	22	8	37	1.85
139868952--139869231	27	10.3	27	76	7	129	37	20	8	34	1.82
139869008--139869228	110	2.0	109	80	4	248	39	20	7	31	1.81
139870488--139870535	25	1.9	25	86	0	69	37	25	12	25	1.91
139870574--139870630	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
139870572--139870634	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
139870689--139870864	24	7.4	24	92	2	284	29	23	21	25	1.99
139870689--139870857	47	3.6	47	92	1	284	29	23	20	26	1.99
139870688--139870864	71	2.5	71	90	4	284	29	23	21	25	1.99
139871072--139871135	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139877730--139877765	15	2.4	15	100	0	72	13	27	19	38	1.90
139880852--139880969	29	4.1	29	81	10	125	30	18	16	34	1.93
139880917--139881114	58	3.4	58	79	4	168	26	18	18	36	1.94
139880903--139881186	29	9.8	29	71	9	127	25	17	18	37	1.93
139883266--139883420	42	3.7	41	81	5	193	29	24	14	31	1.95
139890960--139891173	46	4.6	45	79	11	195	23	30	20	25	1.98
139890906--139891181	94	2.9	93	79	9	303	23	29	19	26	1.99
139892832--139892958	63	2.0	63	93	0	218	24	23	10	41	1.85
139894799--139894834	18	1.9	19	88	5	56	30	5	19	44	1.73
139894846--139895062	40	5.4	40	83	6	219	23	22	27	26	2.00
139899559--139899775	40	5.4	40	86	4	226	27	25	20	25	1.99
139905461--139905530	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
139905461--139905542	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
139913462--139913596	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
139913408--139913597	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
139921539--139921673	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
139921485--139921674	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
139924586--139924658	27	2.6	28	91	2	112	27	16	27	28	1.97
139926422--139926574	40	3.8	40	81	6	159	25	26	22	24	2.00
139928937--139928975	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
139929431--139929548	47	2.6	46	85	6	161	29	14	19	36	1.91
139933603--139933775	27	6.4	27	81	5	165	37	20	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139933574--139933733	54	3.0	54	81	3	182	38	21	9	30	1.85
139933582--139933760	81	2.2	78	80	7	198	38	22	9	29	1.86
139933582--139933774	54	3.6	54	81	5	180	38	20	9	30	1.85
139933643--139933812	81	2.1	81	80	4	182	38	20	9	32	1.84
139933805--139934421	27	23.0	27	87	0	781	36	17	21	24	1.95
139934563--139934593	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
139935035--139935105	27	2.7	26	84	4	97	18	23	19	38	1.93
139935229--139935272	18	2.4	18	84	0	61	20	15	11	52	1.74
139938011--139938166	47	3.3	47	95	0	276	27	30	8	33	1.86
139938061--139938139	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
139938086--139938161	22	3.3	22	69	16	73	25	30	11	32	1.91
139947744--139947894	43	3.5	42	75	6	133	28	15	23	33	1.95
139953864--139953944	29	2.8	29	88	5	119	23	14	34	27	1.94
139966105--139966275	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
139968818--139969126	49	6.3	49	96	0	550	30	29	7	32	1.85
139975407--139975444	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
139988940--139989198	68	3.9	64	78	9	229	30	15	28	25	1.96
139988991--139989171	67	2.7	64	83	6	211	32	16	27	24	1.96
139994811--139994869	30	1.9	31	86	3	84	37	8	23	30	1.85
139995200--139995379	48	3.8	48	80	2	209	28	17	29	24	1.97
139995200--139995373	96	1.8	96	88	0	267	28	17	29	24	1.97
139998381--139998451	26	2.8	25	91	4	115	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139998499--139998547	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
140004013--140004186	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
140004021--140004191	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
140004018--140004205	46	4.1	45	75	12	168	29	28	21	20	1.98
140006568--140006656	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
140006568--140006650	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
140006579--140006656	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
140009605--140009776	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
140009597--140009772	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
140011098--140011191	29	3.2	29	96	0	170	26	26	17	29	1.97
140019323--140019532	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
140023152--140023327	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.98
140023149--140023320	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
140025217--140025274	20	2.9	20	94	0	107	12	31	36	20	1.89
140026070--140026203	52	2.6	51	84	5	153	28	26	18	26	1.98
140031716--140031768	25	2.2	24	86	3	70	16	20	22	39	1.92
140035933--140035987	27	2.0	27	100	0	110	36	18	7	38	1.78
140036030--140036081	19	2.8	18	80	5	59	21	1	3	73	1.10
140036030--140036102	18	4.0	18	77	13	60	21	2	6	68	1.26
140040013--140040078	18	3.3	18	74	22	69	31	0	6	62	1.20
140043047--140043072	13	2.0	13	100	0	52	7	15	0	76	0.99
140046942--140046980	11	3.5	11	78	0	51	58	2	12	25	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140050738--140050815	41	1.9	39	89	5	120	24	12	1	61	1.39
140052329--140052406	33	2.4	34	82	6	106	39	24	11	24	1.88
140053798--140053845	5	10.2	5	83	16	59	33	0	0	66	0.92
140053791--140053847	3	20.0	3	73	22	52	31	0	0	68	0.90
140053789--140053854	15	4.5	15	80	14	66	28	1	0	69	0.97
140053787--140053854	6	10.0	7	76	23	58	29	1	0	69	0.98
140056650--140056739	3	30.0	3	100	0	180	66	0	0	33	0.92
140057663--140057743	40	2.0	40	100	0	162	22	24	17	35	1.95
140060553--140060614	29	2.2	27	88	5	88	45	8	4	41	1.55
140060553--140060614	28	2.2	28	86	11	83	45	8	4	41	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770