genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  310  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94721956--94722113	29	5.5	29	87	6	223	35	13	24	25	1.93
94721956--94722115	85	1.9	85	87	3	234	35	13	25	25	1.93
94724554--94724627	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
94731684--94731719	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
94733052--94733183	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
94733022--94733183	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
94733052--94733183	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
94737229--94737334	42	2.5	42	95	1	187	29	14	33	22	1.93
94737342--94737411	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
94744443--94744549	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
94744557--94744626	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
94749698--94749722	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
94752395--94752524	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
94761077--94761124	23	2.1	23	84	7	62	35	8	16	39	1.79
94771496--94771543	23	2.1	23	84	7	62	33	8	16	41	1.78
94778387--94778554	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
94778403--94778554	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
94786347--94786513	40	4.2	40	81	3	158	23	26	23	26	2.00
94786363--94786513	79	1.9	79	83	5	198	23	26	23	26	2.00
94820804--94820848	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
94823153--94823190	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
94824817--94824885	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94831154--94831191	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
94832820--94832888	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
94837514--94837583	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
94837514--94837595	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
94840402--94840552	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
94840439--94840568	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
94846205--94846388	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
94846245--94846433	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
94854274--94854457	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
94854318--94854466	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
94854314--94854485	80	2.1	81	77	5	179	23	24	29	22	1.99
94858741--94858938	42	4.6	42	73	8	137	28	26	17	27	1.98
94858741--94858906	90	1.8	90	84	2	226	27	27	18	26	1.98
94858914--94859034	48	2.5	47	80	7	120	28	24	19	28	1.98
94858959--94859093	48	2.8	48	86	2	164	26	28	17	27	1.98
94865633--94865842	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
94869286--94869323	19	2.0	19	94	0	67	26	10	23	39	1.87
94869948--94870065	46	2.5	46	82	8	132	27	21	29	21	1.98
94873666--94873911	100	2.5	98	93	4	429	32	8	28	31	1.86
94873666--94873911	51	4.9	49	94	2	429	32	8	28	31	1.86
94873925--94874054	48	2.7	48	91	0	206	34	7	27	30	1.85
94874094--94874184	37	2.4	37	90	1	137	25	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94876010--94876213	40	4.8	40	82	13	255	25	20	27	25	1.99
94876099--94876126	12	2.3	12	100	0	56	21	28	25	25	1.99
94876059--94876166	52	2.1	52	98	0	207	25	22	25	26	2.00
94876019--94876195	92	1.9	92	98	0	345	24	20	27	27	1.99
94880085--94880330	100	2.5	98	93	4	429	32	8	28	31	1.86
94880085--94880330	51	4.9	49	94	2	429	32	8	28	31	1.86
94880344--94880473	48	2.7	48	91	0	206	34	7	27	30	1.85
94880513--94880603	37	2.4	37	90	1	137	25	17	30	26	1.97
94882430--94882633	40	4.8	40	82	13	255	25	20	27	25	1.99
94882519--94882546	12	2.3	12	100	0	56	21	28	25	25	1.99
94882479--94882586	52	2.1	52	98	0	207	25	22	25	26	2.00
94882439--94882615	92	1.9	92	98	0	345	24	20	27	27	1.99
94886511--94886647	51	2.7	51	96	0	256	29	8	29	32	1.86
94888106--94888274	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
94889137--94889248	49	2.3	49	96	0	215	33	8	28	29	1.86
94889262--94889391	48	2.7	48	91	0	206	34	7	27	30	1.85
94889431--94889521	37	2.4	37	90	1	137	25	17	30	26	1.97
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94896834--94896892	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
94897278--94897352	21	3.5	21	85	3	87	13	21	28	37	1.91
94897514--94897554	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
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94903976--94904085	47	2.3	48	81	9	129	29	18	28	24	1.98
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94917613--94917737	45	2.8	45	86	2	153	35	27	15	22	1.94
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94930223--94930351	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
94933611--94933720	53	2.1	53	94	0	193	23	20	12	42	1.87
94936744--94936937	40	4.9	40	90	0	309	22	27	23	26	1.99
94936718--94936937	80	2.8	80	87	2	320	21	26	24	27	1.99
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94954043--94954225	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
94954082--94954270	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
94961335--94961518	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
94961379--94961527	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
94963629--94963689	30	2.0	30	84	6	79	29	22	6	40	1.79
94968911--94968952	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
94969899--94969943	22	2.0	22	100	0	90	31	8	8	51	1.64
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94972204--94972248	22	2.0	22	100	0	90	31	8	8	51	1.64
94973460--94973519	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
94975642--94975780	60	2.3	59	84	8	165	26	26	20	26	1.99
94975773--94975818	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
94977918--94977956	20	2.0	20	85	10	53	43	10	0	46	1.37
94977912--94977968	23	2.4	25	75	24	61	50	10	0	38	1.37
94980169--94980307	60	2.3	59	84	8	165	26	26	20	26	1.99
94980300--94980355	19	2.8	20	81	2	60	33	21	16	28	1.95
94981471--94981503	11	3.3	10	88	12	50	69	0	27	3	1.03
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94992343--94992377	18	1.9	18	100	0	70	45	17	0	37	1.48
94993825--94993905	19	4.2	19	93	3	135	35	18	9	35	1.84
94994600--94995293	84	8.3	84	89	3	1051	24	21	22	30	1.99
94997105--94997204	26	4.0	26	88	3	152	29	21	22	28	1.99
94998484--94998527	22	2.0	22	86	8	63	61	20	15	2	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94999165--94999210	7	6.6	7	83	16	60	2	13	0	84	0.71
94999166--94999219	14	3.9	14	85	2	74	1	14	0	83	0.73
94999166--94999219	28	2.0	28	92	3	92	1	14	0	83	0.73
94999174--94999221	19	2.5	18	80	12	51	2	14	0	83	0.74
95003875--95003906	15	2.1	15	100	0	64	37	31	12	18	1.88
95004345--95004402	26	2.3	26	80	11	68	60	12	8	18	1.57
95004897--95004947	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
95004895--95004937	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
95006772--95006869	28	3.5	28	87	0	133	33	9	26	30	1.88
95013609--95013709	43	2.3	43	88	3	141	32	32	15	18	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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