genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.634.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  634  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198929786--198929980	39	4.9	39	87	2	221	24	32	20	23	1.98
198929786--198929969	78	2.3	79	87	1	253	23	32	20	23	1.98
198929818--198929980	39	4.2	39	88	3	238	24	32	19	23	1.97
198939928--198940057	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
198939944--198940095	40	3.8	40	80	6	139	21	26	24	26	1.99
198943428--198943482	24	2.3	24	93	0	92	21	14	29	34	1.93
198943452--198943601	63	2.4	63	81	0	165	26	19	22	32	1.97
198954279--198954459	40	4.5	40	88	4	267	27	28	19	23	1.99
198956951--198957052	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
198962948--198963157	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
198972665--198972824	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
198980661--198980820	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
198982446--198982578	60	2.3	58	81	5	142	24	30	15	28	1.96
198982496--198982578	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
198983737--198983790	21	2.8	20	81	10	58	5	14	1	77	1.03
198987191--198987314	43	2.9	43	92	0	203	33	23	15	28	1.95
198987155--198987314	86	1.9	85	84	5	214	33	21	16	28	1.95
198991218--198991377	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
198991218--198991377	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
198996933--198997104	46	3.7	46	77	14	201	22	21	27	29	1.99
198996930--198997099	92	1.8	93	94	1	306	21	21	28	28	1.99
199000062--199000116	15	3.7	15	87	4	85	12	16	9	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199015694--199016035	45	7.8	45	67	12	172	28	19	27	25	1.99
199015695--199016072	133	2.9	130	88	2	555	28	19	26	25	1.99
199016031--199016114	42	2.0	43	85	2	116	32	23	15	28	1.95
199016113--199016351	133	1.8	132	80	6	286	30	18	26	24	1.98
199016252--199016658	178	2.3	179	86	0	548	31	17	25	25	1.97
199016665--199017145	45	10.7	44	69	15	270	31	17	22	29	1.96
199016752--199017043	93	3.2	92	72	13	287	31	17	20	29	1.96
199016659--199017139	181	2.7	180	88	4	689	31	17	21	29	1.96
199018605--199018653	3	16.3	3	91	8	82	32	2	0	65	1.04
199021193--199021237	4	11.2	4	100	0	90	0	24	0	75	0.80
199022933--199022974	22	1.9	22	85	0	57	47	4	2	45	1.36
199025416--199025459	2	22.5	2	83	4	54	52	2	2	43	1.26
199025539--199025666	2	67.0	2	69	17	58	51	6	3	38	1.46
199025610--199025663	24	2.3	23	90	6	90	53	7	0	38	1.29
199026186--199026222	18	2.1	18	89	0	56	48	0	51	0	1.00
199026491--199026530	14	2.9	14	92	7	64	17	5	17	60	1.54
199026490--199026557	15	4.5	15	72	24	63	14	5	19	60	1.54
199026498--199026559	32	1.9	33	86	3	90	16	6	20	56	1.62
199026877--199026921	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
199031473--199031517	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
199031756--199031860	35	3.0	35	94	1	185	22	12	48	16	1.79
199032569--199032711	54	2.8	50	81	15	170	34	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199032871--199033721	70	11.9	70	92	5	1409	31	20	15	32	1.94
199032794--199033721	216	4.3	216	95	2	1611	31	20	15	32	1.94
199032771--199033721	147	6.6	143	93	4	1537	31	19	15	32	1.94
199043958--199044124	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
199043958--199044124	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
199044948--199044993	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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199053909--199054131	39	5.7	40	86	7	264	26	26	21	26	1.99
199058348--199058477	40	3.2	40	83	4	156	23	24	28	23	2.00
199060555--199060721	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
199068533--199068699	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
199072289--199072486	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
199072355--199072472	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
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199079850--199080047	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
199079916--199080033	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
199079884--199080047	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
199082800--199082837	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
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199084355--199085329	300	3.2	301	92	3	1596	21	32	17	28	1.96
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199114791--199114975	40	4.7	40	74	6	153	24	23	26	25	2.00
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199117354--199117539	75	2.5	76	88	7	281	24	21	32	21	1.98
199117354--199117569	37	5.6	39	87	6	264	24	22	31	21	1.98
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199126086--199126303	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
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199141980--199142168	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
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199149270--199149421	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
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199151124--199154385	969	3.3	969	88	3	4631	33	19	12	33	1.90
199151124--199154385	989	3.3	983	88	3	4780	33	19	12	33	1.90
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199165786--199166063	89	3.0	89	93	4	439	28	8	33	29	1.87
199165732--199166084	138	2.5	143	93	4	581	29	9	32	29	1.88
199165808--199166094	89	3.1	90	84	11	377	29	8	32	29	1.86
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199183452--199183711	47	5.5	48	92	3	395	28	20	22	28	1.98
199183473--199183711	71	3.4	71	93	2	401	29	19	22	28	1.98
199183769--199183825	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
199183757--199183827	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
199183762--199183816	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
199183864--199183911	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
199185869--199185989	39	3.1	39	88	4	190	20	22	30	26	1.98
199188232--199188332	28	3.6	28	82	5	132	15	16	36	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199188230--199188360	57	2.2	58	90	6	203	16	15	36	31	1.90
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199195512--199195597	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
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199205157--199205274	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
199205125--199205288	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
199209279--199209311	16	2.1	16	100	0	66	30	33	18	18	1.94
199212198--199212395	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
199212264--199212381	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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