genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  276  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83411682--83411848	45	3.7	45	84	1	165	23	19	17	38	1.93
83416135--83416288	40	3.8	40	85	1	175	23	26	22	27	2.00
83416135--83416288	80	1.9	80	85	2	211	23	26	22	27	2.00
83417022--83417086	32	2.0	32	100	0	130	47	21	3	27	1.65
83418183--83418241	29	2.0	29	96	0	109	44	11	30	13	1.80
83427166--83427311	77	1.9	80	84	7	201	24	23	27	24	2.00
83427167--83427367	40	5.1	40	75	9	139	23	23	27	24	2.00
83427166--83427348	77	2.3	80	79	9	196	24	24	27	24	2.00
83435251--83435452	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
83435250--83435401	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
83438512--83438601	45	2.0	44	86	2	126	25	11	24	38	1.88
83440777--83440801	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
83442059--83442298	40	6.0	40	90	4	346	23	22	28	25	1.99
83450121--83450377	40	6.5	40	88	3	335	24	22	26	26	2.00
83451813--83451851	17	2.3	17	86	8	53	28	2	2	66	1.18
83454906--83454960	19	2.8	20	75	13	60	60	1	3	34	1.25
83465757--83465855	42	2.3	42	79	5	110	31	22	19	27	1.98
83470235--83470308	13	5.6	13	73	12	62	45	13	0	40	1.43
83475572--83475599	13	2.2	13	100	0	56	39	17	7	35	1.78
83478797--83478897	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
83485762--83485797	19	1.9	18	88	5	54	25	0	13	61	1.33
83487796--83487861	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83487813--83487873	19	3.1	19	95	4	104	36	16	9	37	1.82
83491188--83491319	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
83491237--83491319	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
83492480--83492534	19	3.1	17	78	16	58	5	14	1	78	1.02
83499139--83499219	29	2.8	29	92	0	108	24	29	14	30	1.95
83499165--83499235	29	2.7	26	89	10	101	26	28	14	30	1.95
83507424--83507524	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
83513364--83513584	46	4.8	46	76	11	177	24	28	18	28	1.98
83520066--83520289	40	5.6	40	85	6	301	25	27	22	24	2.00
83520066--83520289	83	2.8	80	86	6	301	25	27	22	24	2.00
83525502--83525566	29	2.2	29	100	0	130	29	15	27	27	1.96
83531402--83531622	40	5.6	40	90	0	327	26	25	22	25	2.00
83536979--83537009	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
83536977--83537015	20	2.0	20	84	0	51	35	23	0	41	1.55
83537202--83537456	55	4.8	53	79	10	247	22	25	16	35	1.95
83537247--83537449	108	1.9	110	85	4	286	24	26	17	32	1.97
83538330--83538529	27	7.4	27	81	2	215	37	19	19	24	1.94
83538359--83538512	80	1.9	80	81	5	186	37	20	18	24	1.94
83538332--83538528	107	1.8	107	84	2	270	37	18	18	24	1.94
83544313--83544506	26	7.4	27	81	7	195	36	19	20	24	1.95
83544313--83544506	52	3.7	53	84	6	234	36	19	20	24	1.95
83544313--83544506	78	2.5	78	84	5	230	36	19	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83545235--83545260	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83551155--83551216	11	5.6	11	74	0	52	12	3	48	35	1.58
83551155--83551215	22	2.7	23	80	7	72	13	3	47	36	1.59
83556613--83556682	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
83565333--83565394	24	2.6	24	87	10	83	27	24	16	32	1.96
83573964--83574170	44	4.7	43	73	12	143	27	24	19	28	1.99
83573966--83574170	89	2.3	90	80	7	222	27	23	20	28	1.99
83575857--83576041	40	4.7	40	79	6	189	26	26	22	24	2.00
83575824--83576041	79	2.8	80	78	7	196	26	26	21	26	2.00
83578838--83579020	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
83586267--83586410	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
83588905--83588962	29	2.0	29	100	0	116	31	24	13	31	1.94
83599696--83599961	47	5.7	45	76	15	220	28	20	28	22	1.98
83599696--83599948	94	2.7	91	80	12	282	28	20	28	22	1.99
83605757--83605820	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
83607552--83607649	28	3.5	28	94	1	171	28	13	26	31	1.94
83609082--83609209	24	5.4	24	94	5	217	28	21	20	29	1.98
83609082--83609209	47	2.7	48	92	7	217	28	21	20	29	1.98
83609260--83609306	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
83609812--83609839	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
83617566--83617626	22	2.8	22	87	0	86	14	31	27	26	1.95
83619228--83619394	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83627231--83627397	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
83630721--83630756	16	2.2	16	90	9	56	0	30	0	69	0.89
83631041--83631078	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
83640054--83640114	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
83641444--83641619	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
83641440--83641611	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
83644530--83644598	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
83644521--83644608	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
83646993--83647168	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
83646989--83647160	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
83649214--83649270	28	2.0	28	96	0	105	31	24	12	31	1.92
83649452--83649543	40	2.3	39	85	7	114	31	26	10	31	1.90
83657856--83657947	40	2.3	40	81	9	107	30	13	26	30	1.93
83659823--83659953	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
83666546--83666591	24	1.9	24	81	0	56	73	0	17	8	1.07
83667879--83668009	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
83671070--83671386	48	6.6	48	83	5	329	21	27	19	30	1.98
83678311--83678425	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
83678336--83678425	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
83683544--83683613	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
83683544--83683625	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
83689380--83689449	27	2.5	28	88	4	97	34	21	24	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83689380--83689469	27	3.2	27	81	7	92	33	21	23	22	1.97
83697777--83697961	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
83697770--83697961	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
83705817--83705999	79	2.3	80	82	9	216	24	27	23	24	2.00
83705810--83705999	39	4.8	40	79	6	183	23	28	23	24	2.00
83713293--83713504	43	4.9	43	74	9	144	30	26	16	25	1.97
83714041--83714071	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
83715644--83715773	46	2.8	48	76	15	139	30	18	30	21	1.97
83716926--83716966	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
83723977--83724001	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
83725500--83725629	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
83732709--83732838	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
83739925--83740054	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
83749837--83750086	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
83753036--83753068	15	2.2	15	100	0	66	6	39	0	54	1.25
83755624--83755701	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
83760474--83760604	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
83760474--83760604	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
83769882--83770064	39	4.6	39	86	0	231	24	21	30	23	1.99
83783822--83783971	41	3.7	41	82	1	203	28	28	22	21	1.99
83790079--83790263	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
83790079--83790266	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83798055--83798239	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
83798055--83798242	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
83803027--83803176	41	3.7	41	83	1	212	28	28	22	20	1.98
83804893--83804986	29	3.3	29	86	1	127	31	28	13	25	1.94
83810066--83810102	19	1.9	19	100	0	74	21	43	21	13	1.87
83812700--83812794	29	3.3	29	80	1	102	32	29	12	25	1.93
83814545--83814614	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
83816588--83816940	57	6.2	57	92	0	571	16	17	35	30	1.93
83821761--83821830	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
83833556--83833771	40	5.4	40	88	2	278	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770