genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.509.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  509  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157545019--157545047	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
157549938--157549973	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
157550589--157550688	38	2.5	40	73	11	107	22	20	29	29	1.98
157550591--157550699	38	2.8	39	75	6	105	21	21	27	30	1.98
157551933--157551968	18	2.0	18	100	0	72	55	0	22	22	1.44
157560889--157560932	23	1.9	23	95	0	79	22	13	11	52	1.72
157562574--157562631	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
157564127--157564371	86	2.8	86	84	4	273	20	22	19	36	1.95
157564481--157564980	43	11.5	42	76	8	393	19	23	21	36	1.96
157564520--157565027	260	2.0	260	92	2	842	19	22	21	36	1.96
157577466--157577632	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
157578457--157578502	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
157585438--157585604	40	4.2	40	84	2	194	25	26	21	26	1.99
157586426--157586471	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
157592241--157592375	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
157592187--157592376	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
157592647--157592937	144	2.0	144	97	0	557	39	28	9	21	1.85
157599823--157599957	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
157599769--157599958	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
157600603--157600901	144	2.1	143	98	0	580	38	29	10	21	1.87
157609606--157609837	116	2.0	116	96	0	428	38	21	21	17	1.93
157617810--157617892	29	2.9	29	98	0	157	26	27	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157619044--157619096	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
157623555--157623618	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
157629881--157629944	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
157637615--157637819	40	5.1	40	82	4	182	27	27	20	23	1.99
157639704--157639728	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
157648488--157648572	27	3.1	27	86	5	102	15	24	23	36	1.93
157649620--157649653	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
157657036--157657265	39	5.9	39	85	3	300	29	27	22	20	1.99
157657004--157657265	118	2.2	118	83	3	323	29	26	22	21	1.99
157659114--157659264	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
157659151--157659280	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
157667047--157667197	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
157667084--157667213	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
157672020--157672186	40	4.2	40	78	6	160	23	26	23	25	2.00
157672035--157672184	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
157680001--157680168	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
157680017--157680166	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
157681819--157681863	22	2.0	22	100	0	90	20	17	31	31	1.96
157688261--157688389	48	2.7	48	97	0	240	32	20	16	31	1.94
157690727--157690951	40	5.6	40	83	2	272	26	24	26	23	2.00
157690727--157690987	80	3.3	80	82	3	285	26	24	25	23	2.00
157690727--157690987	120	2.2	120	83	6	325	26	24	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157694138--157694267	45	3.0	45	92	3	212	25	28	20	25	1.99
157702625--157702665	13	3.2	13	89	0	55	19	34	26	19	1.96
157702651--157702762	47	2.3	48	83	6	129	22	18	33	25	1.97
157707296--157707424	40	3.2	40	77	6	138	24	24	27	24	2.00
157716747--157716870	39	3.2	40	80	12	125	24	29	24	21	1.99
157723470--157723720	40	6.3	40	95	1	445	22	21	26	29	1.99
157723470--157723720	79	3.2	80	95	2	454	22	21	26	29	1.99
157723470--157723720	119	2.1	119	96	2	461	22	21	26	29	1.99
157731777--157732097	48	6.7	48	84	2	385	26	18	30	24	1.98
157731777--157732142	144	2.5	144	83	0	428	26	18	29	24	1.98
157731777--157732144	96	3.8	95	80	4	373	26	18	29	24	1.98
157738925--157739011	45	1.9	45	95	0	156	35	25	13	25	1.93
157740417--157740563	40	3.6	39	84	7	161	26	17	23	33	1.96
157745968--157746146	39	4.5	39	79	6	157	25	25	25	24	2.00
157746004--157746146	40	3.6	40	82	7	157	25	24	25	25	2.00
157755043--157755203	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
157762520--157762679	29	5.6	29	87	3	207	25	32	16	25	1.96
157765901--157766079	39	4.6	40	84	7	181	27	21	26	24	1.99
157765893--157766094	78	2.6	78	78	7	212	27	22	26	24	2.00
157765894--157766120	39	5.8	39	79	9	178	27	22	26	23	1.99
157773983--157774172	80	2.4	79	82	1	218	26	22	26	24	2.00
157773982--157774172	40	4.8	39	82	7	186	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157773983--157774205	40	5.6	38	78	12	137	27	23	25	23	2.00
157774143--157774226	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
157779109--157779458	49	7.3	49	95	1	577	32	8	30	29	1.86
157797022--157797053	11	2.9	11	95	0	55	34	18	18	28	1.95
157807500--157807530	16	1.9	16	93	0	53	35	6	0	58	1.24
157813374--157813541	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
157813390--157813539	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
157821379--157821546	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
157821395--157821544	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
157831758--157831848	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
157831954--157832018	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
157839549--157839636	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
157839744--157839808	28	2.4	27	89	5	103	33	7	24	33	1.84
157843609--157843682	28	2.7	27	85	6	94	29	25	16	28	1.97
157845607--157845665	20	3.0	20	69	0	55	35	23	20	20	1.96
157845654--157845780	60	2.1	60	82	2	157	39	19	18	22	1.93
157845655--157845780	20	6.3	20	68	3	74	38	19	19	22	1.93
157845999--157846027	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
157847170--157847262	43	2.2	41	84	3	114	24	18	26	30	1.98
157847193--157847274	41	2.0	43	85	4	114	26	18	24	30	1.98
157849453--157849522	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
157857379--157857448	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157857379--157857460	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
157862580--157862711	39	3.4	39	95	0	228	22	28	20	28	1.99
157863852--157863909	2	29.0	2	81	6	64	46	3	3	46	1.36
157870559--157870687	39	3.3	39	92	0	204	23	26	20	30	1.98
157871831--157871894	2	33.0	2	82	6	69	48	4	1	45	1.32
157874679--157875726	48	22.1	48	90	2	1618	35	6	26	31	1.81
157874815--157874886	36	2.0	36	88	0	108	31	2	26	38	1.71
157875771--157875915	37	3.9	37	91	0	236	24	19	31	24	1.98
157880414--157880471	7	8.3	7	84	0	62	39	36	1	22	1.64
157884466--157884631	43	3.9	42	74	5	136	35	25	14	24	1.93
157893524--157893593	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
157901554--157901623	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
157915481--157915566	24	3.5	24	85	7	104	25	31	15	27	1.95
157918341--157918518	78	2.2	81	84	6	231	24	28	21	24	1.99
157918335--157918518	40	4.7	40	82	8	225	26	28	21	24	1.99
157923949--157924410	40	11.6	40	77	3	342	20	25	17	36	1.94
157923949--157924379	120	3.6	118	78	5	422	21	25	17	36	1.95
157924063--157924371	158	2.0	158	83	3	390	21	24	17	36	1.94
157926588--157926811	40	5.6	40	84	5	263	24	21	27	26	1.99
157926592--157926811	83	2.7	80	85	6	259	23	22	27	26	1.99
157934456--157934516	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
157940917--157941255	40	8.5	40	79	1	320	20	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157941151--157941255	20	5.2	20	64	4	68	18	30	18	33	1.94
157940917--157941275	120	3.0	120	79	1	378	20	26	17	34	1.95
157948134--157948260	40	3.2	40	81	2	157	22	24	29	23	1.99
157960443--157960572	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
157960443--157960606	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
157963786--157963843	30	1.9	31	86	10	84	36	12	25	25	1.91
157964607--157964727	47	2.6	47	93	2	199	37	14	22	26	1.92
157964740--157964884	55	2.7	53	80	6	175	36	17	25	20	1.94
157964740--157964898	53	3.0	53	81	5	185	36	17	25	20	1.94
157966058--157966292	27	8.7	27	91	0	355	28	22	9	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770