genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.575.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  575  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179308251--179308304	28	1.9	28	84	0	72	29	12	25	31	1.93
179314089--179314307	40	5.6	40	81	4	241	24	26	24	24	2.00
179314089--179314307	79	2.8	80	81	6	243	24	26	24	24	2.00
179322151--179322335	40	4.6	40	85	0	253	23	25	24	25	2.00
179322117--179322335	80	2.8	78	84	4	255	24	26	24	25	2.00
179326847--179327014	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
179326863--179327012	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
179334827--179334915	40	2.2	40	82	5	119	25	29	21	23	1.99
179340015--179340069	15	3.6	15	75	20	60	43	1	16	38	1.58
179345077--179345166	44	2.0	44	100	0	180	50	15	6	27	1.69
179346715--179346789	35	2.1	35	92	0	123	33	28	20	18	1.96
179347265--179347332	18	3.7	18	98	2	127	11	35	36	16	1.85
179350491--179350540	24	2.1	24	85	7	66	58	4	0	38	1.17
179351486--179351520	12	2.9	12	86	0	52	34	25	5	34	1.80
179356147--179356181	17	2.0	17	88	5	52	11	28	45	14	1.79
179356645--179356681	4	9.5	4	94	5	67	75	0	24	0	0.80
179366109--179366182	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
179366166--179366241	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
179366109--179366241	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
179373975--179374106	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
179378468--179378663	40	4.9	40	83	7	254	27	28	20	24	1.99
179385188--179385245	14	4.3	13	80	10	64	25	0	29	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179385163--179385238	27	2.8	26	81	15	91	30	1	27	40	1.64
179394047--179394115	26	2.5	28	86	4	97	31	26	14	27	1.95
179394047--179394115	28	2.6	27	81	9	79	31	26	14	27	1.95
179402122--179402190	26	2.5	28	86	4	97	31	26	14	27	1.95
179402122--179402190	28	2.6	27	81	9	79	31	26	14	27	1.95
179410160--179410367	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
179410161--179410367	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
179412838--179413063	40	5.6	39	87	5	258	26	21	26	26	1.99
179412838--179413061	81	2.8	81	82	8	280	26	21	25	25	1.99
179417983--179418208	40	5.7	40	90	4	282	26	22	26	25	2.00
179421315--179421348	17	1.9	18	94	5	61	38	44	0	17	1.49
179427369--179427430	30	2.1	29	96	3	115	24	20	25	29	1.99
179434875--179435016	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
179434914--179435042	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
179438137--179438320	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
179438177--179438365	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
179444479--179444517	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
179444952--179445042	28	3.2	28	90	4	139	32	23	23	20	1.98
179445151--179445211	28	2.2	28	93	0	104	31	8	27	32	1.86
179446283--179446315	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
179453638--179453707	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
179462247--179462452	39	5.2	39	84	4	245	25	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179462247--179462452	79	2.6	77	83	6	252	25	27	21	24	1.99
179470228--179470432	40	5.2	40	88	3	265	27	29	20	22	1.99
179470228--179470432	80	2.6	78	88	6	299	27	29	20	22	1.99
179478106--179478273	40	4.2	40	83	2	205	26	27	21	25	1.99
179480691--179480760	27	2.5	28	97	2	133	28	14	27	30	1.95
179484960--179485121	40	4.1	40	93	1	256	23	20	27	28	1.99
179492960--179493103	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
179492997--179493126	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
179498206--179498410	40	5.2	40	96	1	360	22	22	27	27	1.99
179501970--179502141	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
179501962--179502137	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
179504520--179504608	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
179504520--179504599	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
179504531--179504608	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
179507558--179507729	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
179507550--179507725	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
179511984--179512088	56	1.9	56	84	5	142	35	20	24	20	1.96
179512009--179512088	27	2.9	27	88	5	115	32	21	25	21	1.98
179512204--179512271	28	2.4	28	95	0	118	32	7	26	33	1.84
179512515--179512546	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
179519835--179519904	27	2.5	28	90	4	106	34	22	24	18	1.96
179520030--179520096	28	2.4	28	94	0	116	32	7	26	32	1.84
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179520348--179520377	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
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179527464--179527536	22	3.3	22	64	21	62	28	28	12	30	1.93
179527393--179527755	49	7.6	49	92	4	573	28	28	9	33	1.89
179526805--179527985	590	2.0	587	96	1	2186	32	25	8	33	1.86
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179532196--179532228	12	2.8	12	86	4	50	36	3	9	51	1.49
179542041--179542207	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
179542041--179542207	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
179543033--179543078	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
179544970--179545142	46	3.8	45	79	13	199	22	20	27	29	1.99
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179548257--179548438	54	3.4	54	88	3	269	28	24	7	39	1.83
179548257--179548438	27	6.8	27	88	3	242	28	24	7	39	1.83
179548160--179548610	27	16.7	27	82	4	178	35	21	8	33	1.84
179548416--179548612	81	2.4	79	81	8	252	39	21	9	30	1.84
179548430--179548584	54	2.9	54	87	1	213	40	20	8	30	1.82
179548425--179548671	27	9.1	27	80	6	77	39	18	9	32	1.83
179548725--179548816	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
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179549924--179550002	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
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179566634--179566706	24	3.0	24	88	4	103	52	6	23	17	1.69
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179569534--179569663	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
179569496--179569663	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
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179576707--179576874	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
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179584234--179584363	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
179584196--179584363	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
179589363--179589395	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
179591684--179591834	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
179591721--179591850	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
179591683--179591850	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179598064--179598215	40	3.8	40	76	13	134	26	24	26	22	2.00
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179598063--179598231	80	2.1	81	81	7	202	26	23	27	23	2.00
179600620--179600674	28	2.0	28	100	0	110	21	30	18	29	1.97
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179607019--179607282	49	5.4	49	96	0	456	29	33	9	28	1.88
179615521--179615686	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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