genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.597.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  597  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186863888--186863952	27	2.4	27	86	0	103	26	27	7	38	1.83
186863791--186863967	97	1.8	97	91	0	291	29	23	7	39	1.82
186863919--186864058	54	2.6	54	82	2	147	40	22	7	29	1.81
186863960--186864085	27	4.7	27	77	3	101	40	22	8	28	1.83
186864070--186864347	27	10.3	27	93	0	412	34	19	21	24	1.96
186864748--186864850	31	3.4	31	91	2	165	21	15	15	47	1.82
186867581--186867685	27	3.9	28	81	9	119	16	24	21	37	1.93
186867581--186867692	54	2.1	54	83	3	136	16	24	22	37	1.93
186869543--186869580	14	2.7	14	100	0	76	15	13	39	31	1.86
186873581--186873710	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
186881558--186881687	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
186890516--186890735	40	5.6	40	85	5	288	26	26	22	24	2.00
186890516--186890735	79	2.8	80	86	6	299	26	26	22	24	2.00
186890516--186890735	119	1.8	119	91	3	363	26	26	22	24	2.00
186898687--186898877	40	4.8	40	88	3	296	25	27	23	24	2.00
186898659--186898877	80	2.8	80	86	7	306	26	26	22	24	2.00
186908679--186908747	27	2.5	28	90	2	113	26	13	27	33	1.93
186916645--186916740	29	3.5	27	87	7	124	25	13	28	33	1.93
186918216--186918320	38	2.8	38	76	16	110	27	26	21	23	1.99
186922828--186923035	40	5.2	40	83	2	220	26	22	25	25	2.00
186922830--186923035	80	2.6	79	84	3	243	26	22	26	24	2.00
186930798--186931005	40	5.2	40	83	2	220	26	21	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186930800--186931005	80	2.6	80	85	1	252	26	21	26	25	2.00
186934603--186934746	43	3.4	43	78	7	150	27	15	23	33	1.95
186935536--186935595	21	2.9	21	97	2	113	21	30	38	10	1.86
186936530--186936613	42	2.0	42	97	0	159	36	20	7	35	1.80
186942979--186943017	21	1.9	21	89	5	62	20	23	41	15	1.90
186945128--186945152	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
186950001--186950317	47	6.7	47	87	5	433	32	7	31	29	1.84
186950001--186950317	96	3.3	93	86	8	424	32	7	31	29	1.84
186952241--186952452	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
186952435--186952655	43	5.1	43	96	0	388	14	21	32	31	1.93
186956394--186956708	47	6.7	47	88	5	440	31	6	31	29	1.84
186956394--186956708	96	3.3	93	86	8	431	31	6	31	29	1.84
186960245--186960347	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
186980322--186980489	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
186986848--186986915	28	2.4	28	80	7	84	27	13	29	29	1.94
186996590--186996738	38	3.8	39	80	5	149	27	22	26	22	1.99
186996590--186996770	40	4.6	38	77	8	143	27	22	27	23	1.99
186996629--186996815	80	2.4	79	78	6	189	23	22	29	23	1.99
187004592--187004762	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
187007808--187008074	27	9.9	27	83	2	284	31	21	7	39	1.80
187007808--187008074	81	3.3	80	85	2	318	31	21	7	39	1.80
187008312--187008363	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187013930--187014058	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
187017707--187017774	28	2.4	28	85	0	91	23	13	30	32	1.93
187020699--187020814	52	2.2	52	93	0	196	35	16	23	25	1.95
187020699--187020814	24	4.4	27	80	15	145	35	16	23	25	1.95
187020844--187021084	51	4.7	51	87	4	335	29	13	25	31	1.94
187023860--187023924	22	3.0	21	78	13	69	33	23	23	20	1.97
187024064--187024184	41	2.9	42	85	3	174	27	32	21	19	1.97
187026475--187026647	40	4.3	40	80	3	188	25	26	21	26	2.00
187034873--187035040	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
187040838--187040866	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
187043796--187043834	6	6.5	6	90	0	60	82	0	5	12	0.83
187043801--187043836	18	2.0	18	100	0	72	83	0	5	11	0.80
187058052--187058121	35	2.0	35	100	0	140	45	11	8	34	1.71
187063880--187064688	44	18.7	44	68	9	401	28	19	24	28	1.98
187063763--187064597	130	6.4	130	88	0	1181	29	19	24	27	1.98
187063723--187064597	388	2.2	390	88	2	1265	28	19	24	27	1.98
187064437--187064707	86	3.1	86	85	3	269	26	21	22	28	1.99
187064694--187064816	45	2.8	43	76	7	140	27	21	25	26	1.99
187067602--187067753	39	3.8	40	79	9	143	29	22	24	23	1.99
187069832--187069930	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
187077496--187077594	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
187079779--187079893	55	2.1	56	80	8	128	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187079804--187079893	28	3.2	27	81	7	101	33	22	23	21	1.97
187079812--187079892	27	2.9	27	80	7	83	33	20	23	22	1.97
187082845--187083240	46	8.5	47	76	10	217	23	29	18	28	1.98
187082923--187083280	46	7.7	46	76	15	301	23	29	18	28	1.98
187082923--187083289	139	2.6	139	94	2	621	23	29	18	28	1.98
187082923--187083236	93	3.4	89	78	13	305	23	29	19	28	1.98
187090529--187090638	40	2.8	40	92	0	175	33	26	15	24	1.95
187107434--187107680	40	6.2	40	88	4	358	21	28	23	25	1.99
187107434--187107680	79	3.1	79	90	3	356	21	28	23	25	1.99
187119284--187119380	40	2.4	40	81	13	119	27	23	15	32	1.95
187120898--187121053	27	5.8	27	83	0	152	32	19	6	41	1.77
187120978--187121336	27	13.3	27	75	6	208	38	18	8	33	1.82
187120885--187121189	54	5.7	54	77	6	217	37	19	7	35	1.79
187121036--187121262	54	4.2	53	83	3	251	40	19	8	31	1.81
187121072--187121251	81	2.2	81	89	2	274	41	20	8	30	1.82
187121036--187121334	54	5.5	54	78	8	243	40	19	9	31	1.83
187121394--187121485	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
187122281--187122415	51	2.7	51	91	5	213	28	20	22	28	1.99
187122281--187122403	26	4.8	26	87	3	178	26	21	22	28	1.99
187122548--187122636	41	2.1	41	87	2	124	29	13	21	35	1.91
187124961--187125020	27	2.2	27	78	0	66	33	18	10	38	1.84
187124960--187125144	54	3.4	54	79	3	140	32	18	8	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187124972--187125102	27	4.9	27	85	5	167	28	17	9	45	1.79
187125080--187125323	27	9.2	27	74	13	161	40	22	8	29	1.83
187124972--187125127	81	1.9	81	79	5	172	30	17	8	42	1.80
187125080--187125295	27	8.2	27	79	8	212	40	22	8	29	1.83
187125121--187125295	77	2.2	80	89	6	277	41	21	8	28	1.82
187125121--187125321	53	3.8	53	77	13	143	41	21	8	27	1.83
187125080--187125385	27	11.4	27	73	10	148	39	20	8	31	1.83
187125439--187125530	27	3.4	27	87	3	123	34	20	25	19	1.96
187126332--187126506	26	6.8	26	86	0	237	28	22	21	28	1.99
187126332--187126506	52	3.4	52	91	1	273	28	22	21	28	1.99
187126651--187126742	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
187129612--187129705	28	3.3	28	85	2	125	26	14	30	27	1.95
187135714--187135774	27	2.3	27	88	2	88	27	16	16	39	1.90
187135730--187135830	26	3.9	26	85	5	107	28	9	18	42	1.83
187135846--187136164	27	11.8	27	82	9	348	39	8	22	28	1.84
187135846--187136164	55	5.9	54	86	5	396	39	8	22	28	1.84
187135846--187136164	108	3.0	107	83	7	394	39	8	22	28	1.84
187135846--187136164	135	2.4	137	84	8	406	39	8	22	28	1.84
187136170--187136258	27	3.3	27	85	3	117	31	10	17	40	1.83
187136153--187136258	54	2.0	54	81	7	126	30	10	20	38	1.86
187136188--187136269	27	3.0	27	85	7	94	32	9	17	40	1.82
187136429--187136474	18	2.6	18	82	3	58	15	36	26	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187138367--187138533	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
187144468--187144627	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
187152552--187152711	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
187160182--187160244	30	2.1	30	84	0	81	17	17	14	50	1.78
187166407--187166469	30	2.1	30	84	0	81	17	17	14	50	1.78
187172878--187172951	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
187172935--187173010	29	2.6	30	77	6	84	23	19	34	22	1.97
187172878--187173010	58	2.3	58	81	2	142	25	17	32	24	1.97
187183690--187183854	39	4.2	39	82	4	172	24	27	22	26	2.00
187188044--187188173	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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