genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.523.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  523  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162369676--162369824	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
162369717--162369824	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
162377792--162377940	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
162377833--162377940	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
162389386--162389489	34	3.1	32	84	2	118	26	23	23	26	2.00
162401050--162401299	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
162409223--162409432	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
162414217--162414798	27	21.6	27	86	3	753	27	22	9	40	1.85
162416022--162416068	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
162416107--162416163	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
162416105--162416175	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
162416116--162416170	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
162416217--162416383	24	7.0	24	90	4	241	28	22	21	27	1.99
162416217--162416383	47	3.5	47	88	6	239	28	22	21	27	1.99
162416217--162416383	71	2.3	71	92	3	273	28	22	21	27	1.99
162416575--162416637	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
162419460--162420041	27	21.6	27	85	3	706	28	21	9	41	1.84
162421020--162421076	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
162421018--162421088	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
162421029--162421083	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
162421135--162421299	23	7.1	23	91	5	253	28	21	20	29	1.98
162421133--162421306	47	3.7	47	87	7	246	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162423646--162423813	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
162431432--162431460	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
162435626--162435694	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
162438060--162438153	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
162446401--162446428	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
162446425--162446503	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
162446426--162446507	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
162446462--162446507	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
162454680--162454741	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
162462035--162462062	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
162480661--162480818	39	4.1	39	92	0	262	26	22	24	26	2.00
162483144--162483250	27	3.9	27	77	13	103	37	21	22	18	1.94
162483146--162483249	54	1.9	54	86	3	147	37	21	22	19	1.94
162487422--162487448	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
162493134--162493306	43	4.0	43	76	11	183	24	18	24	31	1.97
162493835--162493880	23	2.0	24	82	4	58	17	4	26	52	1.63
162495601--162495639	19	2.1	19	100	0	78	33	15	5	46	1.68
162495826--162495872	10	4.6	10	82	12	51	34	0	2	63	1.06
162495828--162495863	12	3.3	11	88	11	56	33	0	0	66	0.92
162497957--162498108	41	3.7	41	80	2	198	28	28	22	19	1.98
162500358--162500546	29	6.5	29	84	3	229	26	16	30	26	1.97
162510435--162510610	46	3.8	46	78	11	189	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162519817--162520170	49	7.4	49	94	3	546	30	9	30	29	1.88
162520272--162520391	36	3.3	37	94	3	208	25	20	33	20	1.97
162522476--162522752	29	9.6	29	97	0	491	26	15	31	25	1.96
162526294--162526609	49	6.5	49	93	2	480	31	8	30	29	1.88
162526711--162526795	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
162531256--162531426	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.98
162531251--162531423	46	3.7	46	79	13	219	29	27	20	21	1.98
162536852--162537059	40	5.2	40	84	2	240	26	26	21	25	1.99
162544956--162545163	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
162553061--162553268	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
162561143--162561344	39	5.2	38	79	10	164	27	24	22	25	2.00
162568334--162568407	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
162570062--162570125	26	2.4	26	78	5	65	31	21	14	32	1.93
162570233--162570341	27	4.0	27	84	3	121	17	23	22	35	1.95
162570227--162570341	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
162574310--162574667	26	13.2	26	80	9	331	34	5	23	36	1.78
162574310--162574718	222	1.8	222	97	0	773	34	5	22	37	1.77
162576112--162576364	40	6.7	41	82	13	253	25	26	20	26	1.99
162576112--162576290	39	4.5	40	91	4	251	25	26	20	27	1.99
162576112--162576290	79	2.3	79	86	8	249	25	26	20	27	1.99
162576213--162576351	68	2.0	68	90	5	219	26	25	19	28	1.99
162576257--162576319	29	2.2	29	100	0	126	26	25	17	30	1.97
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162584323--162584547	40	5.7	40	90	5	291	25	26	21	26	1.99
162584323--162584547	79	2.8	80	86	7	316	25	26	21	26	1.99
162587921--162588056	27	5.0	27	88	2	175	18	24	22	34	1.96
162587921--162588056	54	2.5	55	89	2	195	18	24	22	34	1.96
162605967--162606130	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
162605967--162606164	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
162609521--162609600	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
162617399--162617471	29	2.6	28	86	6	94	26	32	15	26	1.95
162620547--162620571	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
162621576--162621624	24	2.0	24	92	0	80	40	2	16	40	1.60
162628586--162628631	14	3.3	14	87	0	65	28	23	21	26	1.99
162629511--162629537	9	3.0	9	100	0	54	33	0	44	22	1.53
162641245--162641347	29	3.6	29	92	2	163	27	17	30	25	1.97
162644829--162644995	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
162644845--162644995	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
162645820--162645865	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
162649014--162649221	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
162649014--162649220	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
162657585--162657633	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
162658455--162658621	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
162665585--162665633	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
162666455--162666621	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162667986--162668093	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
162670095--162670261	29	5.7	30	88	7	227	27	25	13	33	1.93
162670095--162670261	59	2.9	57	89	4	237	27	25	13	33	1.93
162677796--162677830	17	2.2	15	90	10	52	34	34	0	31	1.58
162678000--162678100	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
162687238--162687338	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
162689383--162689540	29	5.4	30	87	8	209	28	24	13	33	1.93
162689383--162689510	59	2.2	57	93	5	213	27	24	13	35	1.92
162689383--162689540	59	2.7	57	88	5	174	28	24	13	33	1.93
162692400--162692524	50	2.5	50	88	1	180	29	25	17	27	1.98
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162716666--162716743	26	3.0	26	86	5	86	37	23	15	24	1.93
162716656--162716784	27	4.8	27	80	5	118	38	18	15	27	1.91
162716775--162716888	54	2.1	53	82	4	131	17	16	21	44	1.86
162716775--162716888	27	4.3	26	74	7	95	17	16	21	44	1.86
162722534--162722733	48	4.2	48	96	0	364	32	27	6	34	1.82
162722749--162722784	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
162722646--162722891	123	2.0	123	99	0	483	32	26	8	32	1.87
162722810--162723139	49	6.4	55	90	6	343	29	27	9	33	1.89
162722848--162723141	49	5.9	49	91	5	448	29	26	9	34	1.88
162724340--162724377	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162725995--162726063	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
162729808--162730024	40	5.5	39	80	6	195	26	28	20	23	1.99
162731927--162732017	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
162732057--162732256	48	4.2	48	96	0	364	32	28	6	33	1.83
162732272--162732307	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
162732169--162732414	123	2.0	123	96	0	456	32	26	8	32	1.86
162732325--162732664	49	6.6	54	88	6	234	30	26	8	34	1.87
162732371--162732664	100	2.9	98	90	4	439	29	26	8	34	1.87
162732371--162732664	49	5.9	49	90	5	439	29	26	8	34	1.87
162734293--162734394	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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